228 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4454 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4454  putative nitrate transport protein  100 
 
 		 390 aa  763    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3039  putative nitrate transport protein  49.35 
 
 		 389 aa  367  1e-100  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.58476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1662  periplasmic binding protein-like II  48.97 
 
 		 392 aa  364  1e-99  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.429682  hitchhiker  0.00361023 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0919  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  38.34 
 
 		 398 aa  246  4.9999999999999997e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1263  nitrate transporter component, nrtA  39.19 
 
 		 403 aa  246  6e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2972  nitrate transporter component, nrtA  40.46 
 
 		 402 aa  237  3e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1703  nitrate transporter  33.92 
 
 		 467 aa  233  4.0000000000000004e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.543775 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1704  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  36.27 
 
 		 410 aa  231  2e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.155862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1085  nitrate transporter component, nrtA  37.95 
 
 		 415 aa  229  4e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0589  nitrate transporter, putative  38.14 
 
 		 432 aa  228  1e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.57136  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4527  putative nitrate transport protein  36.22 
 
 		 435 aa  223  6e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1449  nitrate transporter component, nrtA  39.59 
 
 		 403 aa  219  8.999999999999998e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5899  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (nitrate)  36.36 
 
 		 423 aa  211  1e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.574642  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1454  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  36.22 
 
 		 425 aa  208  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1631  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  35.97 
 
 		 424 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0841796 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2505  putative nitrate transport protein  37.24 
 
 		 377 aa  201  1.9999999999999998e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.249861  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4138  putative nitrate transporter component, nrtA  35.61 
 
 		 384 aa  189  5e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.53503  normal  0.349195 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1152  nitrate transporter, putative  31.98 
 
 		 382 aa  189  1e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1761  nitrate transporter component, nrtA  37.9 
 
 		 386 aa  186  4e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.786473  normal  0.0141893 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1210  putative nitrate transporter component, nrtA  36.31 
 
 		 387 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4228  putative nitrate transport protein  34.73 
 
 		 386 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0904389  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1133  nitrate transporter, putative  33.25 
 
 		 406 aa  180  4e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0226657  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0056  NO3-/NO2-ABC transporter  30.38 
 
 		 405 aa  178  1e-43  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2336  NO3-/NO2-ABC transporter  32.74 
 
 		 407 aa  177  2e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2820  nitrate transporter  28.94 
 
 		 397 aa  176  8e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.571583  normal  0.694753 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3743  twin-arginine translocation pathway signal  30.53 
 
 		 431 aa  173  5.999999999999999e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.869277  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3769  nitrate transporter, putative  31.79 
 
 		 407 aa  169  1e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2528  nitrate transporter, putative  34.64 
 
 		 370 aa  168  1e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.341637  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4572  nitrate transport protein  30.32 
 
 		 442 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4960  putative nitrate transport protein  39.4 
 
 		 338 aa  163  6e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6461  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  29.22 
 
 		 437 aa  163  6e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.325074 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1760  twin-arginine translocation pathway signal  28.57 
 
 		 434 aa  162  8.000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.135938  normal  0.0152873 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4959  twin-arginine translocation pathway signal  29.44 
 
 		 430 aa  162  9e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.75278  normal  0.0837383 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3646  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  34.17 
 
 		 404 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0327  nitrate transporter periplasmic component  28.24 
 
 		 433 aa  162  1e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5012  twin-arginine translocation pathway signal  28.75 
 
 		 430 aa  161  1e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.343521 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4496  twin-arginine translocation pathway signal  29.44 
 
 		 430 aa  161  2e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2958  nitrate transporter  34.58 
 
 		 382 aa  161  2e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.899389 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2504  nitrate-binding protein nrtA precursor, periplasmic  30.4 
 
 		 450 aa  161  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.844968  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4470  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  29.47 
 
 		 437 aa  160  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.214365 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2094  nitrate-binding protein NasS, putative  34.17 
 
 		 404 aa  160  4e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.784638  normal  0.17268 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2105  hypothetical protein  33.8 
 
 		 403 aa  159  7e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.498438  hitchhiker  0.00655849 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4540  twin-arginine translocation pathway signal  29.04 
 
 		 440 aa  159  7e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2554  twin-arginine translocation pathway signal  29.91 
 
 		 414 aa  159  7e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4396  nitrate transport protein  28.85 
 
 		 444 aa  159  8e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4459  ABC transporter substrate binding protein (nitrate)  28.85 
 
 		 444 aa  159  8e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.714854  normal  0.563168 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2307  hypothetical protein  33.7 
 
 		 403 aa  158  1e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4497  putative nitrate transport protein  41.44 
 
 		 338 aa  158  1e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1084  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system  31.42 
 
 		 467 aa  158  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2320  twin-arginine translocation pathway signal  31.64 
 
 		 414 aa  157  2e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.37249  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1605  nitrate-binding protein NasS  35.39 
 
 		 421 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0550042 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2147  twin-arginine translocation pathway signal  31.07 
 
 		 414 aa  157  2e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1115  putative nitrate transport protein  30.33 
 
 		 491 aa  157  3e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2831  twin-arginine translocation pathway signal  31.64 
 
 		 414 aa  157  3e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.210569 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1239  ABC-type nitrate/nitrite transport system substrate-binding protein  29.37 
 
 		 443 aa  156  5.0000000000000005e-37  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3040  putative nitrate transport protein  30.75 
 
 		 452 aa  156  5.0000000000000005e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0757013  normal  0.570459 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2580  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  35.46 
 
 		 403 aa  156  6e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.457398  hitchhiker  0.00316434 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1785  nitrate-binding protein NasS, putative  36.45 
 
 		 403 aa  156  7e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3843  NO3-/NO2-ABC transporter  28.81 
 
 		 417 aa  155  9e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1153  nitrate transporter system, periplasmic component  29.62 
 
 		 461 aa  155  1e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1969  ABC-type nitrate/sulfonate/taurine/bicarbonate transporter, substrate binding protein  29.79 
 
 		 457 aa  155  1e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.733899  normal  0.21711 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0177  nitrate transport ATP-binding protein  30.75 
 
 		 454 aa  155  1e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.125703  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1612  nitrate-binding protein NasS  34.73 
 
 		 400 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.837424  hitchhiker  0.00000000179069 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0330  putative nitrate transporter protein  29.94 
 
 		 437 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0830  twin-arginine translocation pathway signal  29.01 
 
 		 425 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0216762 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3446  ABC nitrate transporter, periplasmic ligand binding protein  33.33 
 
 		 380 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4404  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  37.25 
 
 		 347 aa  153  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.116895 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3941  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  37.25 
 
 		 347 aa  153  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0774649  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2590  twin-arginine translocation pathway signal  28.91 
 
 		 414 aa  153  5.9999999999999996e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0514763 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1091  putative regulatory protein NasS  34.49 
 
 		 353 aa  152  8e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.224559  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0089  putative regulatory protein NasS  34.49 
 
 		 353 aa  152  8e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.964988  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0332  putative regulatory protein NasS  34.49 
 
 		 353 aa  152  8e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0240199  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1257  putative regulatory protein NasS  34.49 
 
 		 353 aa  152  8e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0276079  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3522  twin-arginine translocation pathway signal  27.01 
 
 		 414 aa  152  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1392  NO3-/NO2- ABC transporter  27.86 
 
 		 417 aa  152  1e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1047  ABC nitrate transporter, periplasmic ligand binding protein  32.86 
 
 		 385 aa  151  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.817619  normal  0.872745 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5897  ABC transporter substrate binding protein (nitrate)  29.29 
 
 		 432 aa  151  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.260088  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3267  twin-arginine translocation pathway signal  27.65 
 
 		 414 aa  150  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.159892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2817  ABC transporter nitrate-binding protein (nrtA)  26.32 
 
 		 438 aa  150  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1760  putative regulatory protein  34.49 
 
 		 353 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1414  twin-arginine translocation pathway signal  27.65 
 
 		 414 aa  150  4e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.922981 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3527  nitrate transport protein  27.79 
 
 		 442 aa  149  6e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.54237 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1166  regulatory protein NasS, putative  34.49 
 
 		 353 aa  149  6e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.241228  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2417  putative nitrate transport protein  29.57 
 
 		 466 aa  149  7e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2325  nitrate-binding proteint  33.02 
 
 		 415 aa  148  1.0000000000000001e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0381  putative nitrate transporter protein  29.1 
 
 		 420 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.492425 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05588  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems, periplasmic component  27.66 
 
 		 454 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2377  twin-arginine translocation pathway signal  29.94 
 
 		 426 aa  148  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0665  nitrate-binding protein NrtA precursor, periplasmic  29.26 
 
 		 475 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0120522  decreased coverage  0.00176089 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001607  nitrate ABC transporter nitrate-binding protein  27.39 
 
 		 449 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0237  putative nitrate transporter protein  29.01 
 
 		 426 aa  147  3e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2107  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  30.99 
 
 		 529 aa  147  3e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.287431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5013  putative nitrate transport protein  39.46 
 
 		 338 aa  147  3e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.826042 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4542  nitrate transport ATP-binding subunits C and D  29.59 
 
 		 657 aa  147  4.0000000000000006e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0258  putative nitrate transporter protein  29.01 
 
 		 426 aa  147  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.753989 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2819  putative nitrate transport protein  28.88 
 
 		 469 aa  146  5e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.469609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1339  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  36.58 
 
 		 353 aa  146  6e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.413977 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0277  putative nitrate transporter protein  29.94 
 
 		 434 aa  146  6e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.783819 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4570  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  36.4 
 
 		 668 aa  146  7.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.177412  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23460  nitrate/nitrite transport system substrate-binding protein ; NasS  31.93 
 
 		 440 aa  145  9e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.143963  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>