219 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2528 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_2528  nitrate transporter, putative  100 
 
 
370 aa  761    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.341637  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1703  nitrate transporter  40.57 
 
 
467 aa  276  4e-73  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.543775 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0589  nitrate transporter, putative  43.63 
 
 
432 aa  266  4e-70  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.57136  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1115  putative nitrate transport protein  38.85 
 
 
491 aa  243  5e-63  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1084  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system  38.32 
 
 
467 aa  241  2e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2820  nitrate transporter  37.29 
 
 
397 aa  239  4e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.571583  normal  0.694753 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2958  nitrate transporter  41.24 
 
 
382 aa  238  1e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.899389 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1133  nitrate transporter, putative  37.43 
 
 
406 aa  237  2e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0226657  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1152  nitrate transporter, putative  37.99 
 
 
382 aa  233  5e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3316  putative nitrate ABC transporter, periplasmic nitrate-binding protein  37.6 
 
 
461 aa  231  1e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.163343  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3040  putative nitrate transport protein  37.67 
 
 
452 aa  231  1e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0757013  normal  0.570459 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05588  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems, periplasmic component  38.22 
 
 
454 aa  231  1e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1153  nitrate transporter system, periplasmic component  37.99 
 
 
461 aa  229  4e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001607  nitrate ABC transporter nitrate-binding protein  38.22 
 
 
449 aa  228  2e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2417  putative nitrate transport protein  36.05 
 
 
466 aa  227  3e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3525  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  38.92 
 
 
669 aa  225  9e-58  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.769679 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2819  putative nitrate transport protein  35.96 
 
 
469 aa  224  2e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.469609  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4138  putative nitrate transporter component, nrtA  39.04 
 
 
384 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.53503  normal  0.349195 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5013  putative nitrate transport protein  38.84 
 
 
338 aa  220  3e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.826042 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1969  ABC-type nitrate/sulfonate/taurine/bicarbonate transporter, substrate binding protein  35.28 
 
 
457 aa  218  2e-55  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.733899  normal  0.21711 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4570  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  38.24 
 
 
668 aa  217  2e-55  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.177412  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4527  putative nitrate transport protein  36.39 
 
 
435 aa  216  2.9999999999999998e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1663  periplasmic binding protein-like II  36.29 
 
 
455 aa  216  4e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.550763  normal  0.0123781 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1761  nitrate transporter component, nrtA  37.93 
 
 
386 aa  216  5.9999999999999996e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.786473  normal  0.0141893 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4542  nitrate transport ATP-binding subunits C and D  37.57 
 
 
657 aa  215  9.999999999999999e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0177  nitrate transport ATP-binding protein  35.88 
 
 
454 aa  215  9.999999999999999e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.125703  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1454  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  34.83 
 
 
425 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1085  nitrate transporter component, nrtA  37.43 
 
 
415 aa  214  1.9999999999999998e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2505  putative nitrate transport protein  36.99 
 
 
377 aa  214  1.9999999999999998e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.249861  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03654  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, periplasmic component  34.91 
 
 
469 aa  213  4.9999999999999996e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2264  histidine kinase  33.68 
 
 
470 aa  212  7e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00574253  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4228  putative nitrate transport protein  36.86 
 
 
386 aa  212  7.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0904389  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4960  putative nitrate transport protein  37.28 
 
 
338 aa  211  1e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5899  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (nitrate)  36.24 
 
 
423 aa  210  3e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.574642  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0327  nitrate transporter periplasmic component  36.16 
 
 
433 aa  210  3e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1210  putative nitrate transporter component, nrtA  35.55 
 
 
387 aa  210  4e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1449  nitrate transporter component, nrtA  35.94 
 
 
403 aa  209  8e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0830  twin-arginine translocation pathway signal  35.51 
 
 
425 aa  208  1e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0216762 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0330  putative nitrate transporter protein  35.49 
 
 
437 aa  208  1e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1631  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  34.29 
 
 
424 aa  207  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0841796 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1392  NO3-/NO2- ABC transporter  35.93 
 
 
417 aa  207  3e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1734  nitrate transporter, putative  38.79 
 
 
361 aa  206  4e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0918495  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4497  putative nitrate transport protein  36.99 
 
 
338 aa  206  4e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0381  putative nitrate transporter protein  34.38 
 
 
420 aa  206  6e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.492425 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3522  twin-arginine translocation pathway signal  33.99 
 
 
414 aa  206  6e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1414  twin-arginine translocation pathway signal  33.81 
 
 
414 aa  206  8e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.922981 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0258  putative nitrate transporter protein  34.94 
 
 
426 aa  205  9e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.753989 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0237  putative nitrate transporter protein  34.94 
 
 
426 aa  205  1e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0277  putative nitrate transporter protein  35.21 
 
 
434 aa  205  1e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.783819 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3843  NO3-/NO2-ABC transporter  32.95 
 
 
417 aa  204  2e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2336  NO3-/NO2-ABC transporter  33.42 
 
 
407 aa  204  2e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2307  hypothetical protein  37.6 
 
 
403 aa  202  6e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3267  twin-arginine translocation pathway signal  33.81 
 
 
414 aa  202  6e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.159892  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2272  nitrate transporter periplasmic component  34.45 
 
 
423 aa  202  7e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2301  putative nitrate transport protein  35.84 
 
 
333 aa  202  9e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.910203 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4394  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  35.98 
 
 
668 aa  202  9e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4457  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  35.98 
 
 
668 aa  202  9e-51  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.631806 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2105  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  37.35 
 
 
427 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187135  decreased coverage  0.00370566 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2147  twin-arginine translocation pathway signal  34.66 
 
 
414 aa  200  3e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23460  nitrate/nitrite transport system substrate-binding protein ; NasS  39.08 
 
 
440 aa  200  3.9999999999999996e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.143963  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2831  twin-arginine translocation pathway signal  33.52 
 
 
414 aa  199  5e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.210569 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2105  hypothetical protein  36.77 
 
 
403 aa  199  6e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.498438  hitchhiker  0.00655849 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2320  twin-arginine translocation pathway signal  33.52 
 
 
414 aa  199  7e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.37249  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2377  twin-arginine translocation pathway signal  33.81 
 
 
426 aa  199  7.999999999999999e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3518  hypothetical protein  40.12 
 
 
402 aa  199  7.999999999999999e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.94359  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2497  nitrate-binding proteint  34.93 
 
 
418 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.722347  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2554  twin-arginine translocation pathway signal  33.24 
 
 
414 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41480  hypothetical protein  38.55 
 
 
402 aa  196  6e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1785  nitrate-binding protein NasS, putative  38.86 
 
 
403 aa  195  1e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3769  nitrate transporter, putative  34.2 
 
 
407 aa  194  3e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1047  ABC nitrate transporter, periplasmic ligand binding protein  35.23 
 
 
385 aa  193  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.817619  normal  0.872745 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5674  ABC nitrate transporter, periplasmic ligand binding protein  34.34 
 
 
383 aa  193  4e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.679378 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3646  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  39.46 
 
 
404 aa  193  5e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1263  nitrate transporter component, nrtA  35.26 
 
 
403 aa  192  6e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1166  regulatory protein NasS, putative  35.45 
 
 
353 aa  192  7e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.241228  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2094  nitrate-binding protein NasS, putative  39.46 
 
 
404 aa  192  8e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.784638  normal  0.17268 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1339  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  35.45 
 
 
353 aa  192  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.413977 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1025  nitrate transport ATP-binding subunits C and D  36.14 
 
 
667 aa  191  2e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.129474 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2590  twin-arginine translocation pathway signal  33.63 
 
 
414 aa  191  2e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0514763 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1612  nitrate-binding protein NasS  38.2 
 
 
400 aa  190  4e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.837424  hitchhiker  0.00000000179069 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1605  nitrate-binding protein NasS  38.37 
 
 
421 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0550042 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2733  nitrate-binding proteint  34.38 
 
 
419 aa  189  7e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.140784  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4923  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  35.54 
 
 
668 aa  189  8e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.502071 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2909  nitrate-binding proteint  34.38 
 
 
419 aa  188  1e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1541  nitrate-binding proteint  35.23 
 
 
419 aa  189  1e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.565329  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1760  putative regulatory protein  34.35 
 
 
353 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1091  putative regulatory protein NasS  34.35 
 
 
353 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.224559  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0089  putative regulatory protein NasS  34.35 
 
 
353 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.964988  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0332  putative regulatory protein NasS  34.35 
 
 
353 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0240199  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1257  putative regulatory protein NasS  34.35 
 
 
353 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0276079  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0056  NO3-/NO2-ABC transporter  38.63 
 
 
405 aa  187  3e-46  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1672  putative regulatory protein  34.24 
 
 
353 aa  187  3e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0999  ABC transporter periplasmic protein  32.14 
 
 
431 aa  187  3e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2325  nitrate-binding proteint  34.95 
 
 
415 aa  186  4e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4676  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  36.01 
 
 
673 aa  186  5e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0247  nitrate transport ATP-binding protein  34.24 
 
 
353 aa  186  6e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5793  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  35.87 
 
 
350 aa  186  6e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3446  ABC nitrate transporter, periplasmic ligand binding protein  35.45 
 
 
380 aa  186  7e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4404  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  34.95 
 
 
347 aa  186  7e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.116895 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4511  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  35.87 
 
 
353 aa  186  7e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000302779  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>