244 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2105 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2307  hypothetical protein  95.29 
 
 
403 aa  797    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2105  hypothetical protein  100 
 
 
403 aa  830    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.498438  hitchhiker  0.00655849 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1785  nitrate-binding protein NasS, putative  73.95 
 
 
403 aa  622  1e-177  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2094  nitrate-binding protein NasS, putative  72.61 
 
 
404 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.784638  normal  0.17268 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2580  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  70.96 
 
 
403 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.457398  hitchhiker  0.00316434 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3646  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  72.35 
 
 
404 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1612  nitrate-binding protein NasS  72.61 
 
 
400 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.837424  hitchhiker  0.00000000179069 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1605  nitrate-binding protein NasS  72.61 
 
 
421 aa  580  1e-164  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0550042 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23460  nitrate/nitrite transport system substrate-binding protein ; NasS  68.89 
 
 
440 aa  572  1.0000000000000001e-162  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.143963  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41480  hypothetical protein  67.85 
 
 
402 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3518  hypothetical protein  68.1 
 
 
402 aa  561  1e-158  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.94359  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2105  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  60.21 
 
 
427 aa  508  1e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187135  decreased coverage  0.00370566 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0258  putative nitrate transporter protein  55.24 
 
 
426 aa  466  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.753989 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0237  putative nitrate transporter protein  54.97 
 
 
426 aa  464  1e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2497  nitrate-binding proteint  56.77 
 
 
418 aa  462  1e-129  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.722347  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0381  putative nitrate transporter protein  54.97 
 
 
420 aa  459  9.999999999999999e-129  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.492425 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1541  nitrate-binding proteint  55.99 
 
 
419 aa  458  9.999999999999999e-129  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.565329  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2909  nitrate-binding proteint  55.35 
 
 
419 aa  458  9.999999999999999e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0330  putative nitrate transporter protein  53 
 
 
437 aa  455  1e-127  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2733  nitrate-binding proteint  55.21 
 
 
419 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.140784  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0327  nitrate transporter periplasmic component  52.36 
 
 
433 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0830  twin-arginine translocation pathway signal  51.83 
 
 
425 aa  447  1.0000000000000001e-124  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0216762 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0277  putative nitrate transporter protein  52.74 
 
 
434 aa  447  1.0000000000000001e-124  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.783819 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2272  nitrate transporter periplasmic component  53.14 
 
 
423 aa  444  1e-123  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3843  NO3-/NO2-ABC transporter  51.18 
 
 
417 aa  438  9.999999999999999e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2377  twin-arginine translocation pathway signal  52.62 
 
 
426 aa  439  9.999999999999999e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2320  twin-arginine translocation pathway signal  52.77 
 
 
414 aa  436  1e-121  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.37249  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1438  nitrate-binding proteint  56.14 
 
 
432 aa  436  1e-121  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.28551  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1414  twin-arginine translocation pathway signal  51.19 
 
 
414 aa  437  1e-121  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.922981 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2831  twin-arginine translocation pathway signal  52.77 
 
 
414 aa  437  1e-121  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.210569 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1392  NO3-/NO2- ABC transporter  51.83 
 
 
417 aa  435  1e-121  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3522  twin-arginine translocation pathway signal  50.52 
 
 
414 aa  434  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2554  twin-arginine translocation pathway signal  50.52 
 
 
414 aa  431  1e-119  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3267  twin-arginine translocation pathway signal  50.13 
 
 
414 aa  431  1e-119  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.159892  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2147  twin-arginine translocation pathway signal  51.32 
 
 
414 aa  431  1e-119  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0999  ABC transporter periplasmic protein  48.95 
 
 
431 aa  424  1e-117  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2590  twin-arginine translocation pathway signal  49.6 
 
 
414 aa  418  1e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0514763 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2325  nitrate-binding proteint  53.79 
 
 
415 aa  419  1e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1047  ABC nitrate transporter, periplasmic ligand binding protein  48.93 
 
 
385 aa  346  4e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.817619  normal  0.872745 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3446  ABC nitrate transporter, periplasmic ligand binding protein  45.52 
 
 
380 aa  335  1e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5674  ABC nitrate transporter, periplasmic ligand binding protein  47.35 
 
 
383 aa  329  4e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.679378 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1672  putative regulatory protein  49.12 
 
 
353 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0247  nitrate transport ATP-binding protein  49.12 
 
 
353 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1091  putative regulatory protein NasS  48.54 
 
 
353 aa  317  2e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.224559  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0089  putative regulatory protein NasS  48.54 
 
 
353 aa  317  2e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.964988  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0332  putative regulatory protein NasS  48.54 
 
 
353 aa  317  2e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0240199  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1257  putative regulatory protein NasS  48.54 
 
 
353 aa  317  2e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0276079  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1166  regulatory protein NasS, putative  47.95 
 
 
353 aa  315  7e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.241228  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1760  putative regulatory protein  48.25 
 
 
353 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1339  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  47.01 
 
 
353 aa  293  5e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.413977 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3941  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  48.1 
 
 
347 aa  289  6e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0774649  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4404  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  50 
 
 
347 aa  289  7e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.116895 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0056  NO3-/NO2-ABC transporter  37.4 
 
 
405 aa  286  4e-76  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4143  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  49.36 
 
 
347 aa  285  9e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0553251 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4511  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  48.73 
 
 
353 aa  282  7.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000302779  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5793  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  48.73 
 
 
350 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3857  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  48.73 
 
 
350 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1703  nitrate transporter  36.28 
 
 
467 aa  266  5.999999999999999e-70  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.543775 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2336  NO3-/NO2-ABC transporter  37.6 
 
 
407 aa  263  4.999999999999999e-69  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6461  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  36.02 
 
 
437 aa  253  3e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.325074 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4470  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  36.02 
 
 
437 aa  253  5.000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.214365 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3743  twin-arginine translocation pathway signal  36.57 
 
 
431 aa  251  1e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.869277  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0665  nitrate-binding protein NrtA precursor, periplasmic  36.2 
 
 
475 aa  245  9.999999999999999e-64  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0120522  decreased coverage  0.00176089 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1760  twin-arginine translocation pathway signal  36.06 
 
 
434 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.135938  normal  0.0152873 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5012  twin-arginine translocation pathway signal  35.29 
 
 
430 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.343521 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4572  nitrate transport protein  34.34 
 
 
442 aa  241  1e-62  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4959  twin-arginine translocation pathway signal  35.29 
 
 
430 aa  241  1e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.75278  normal  0.0837383 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4496  twin-arginine translocation pathway signal  35.29 
 
 
430 aa  242  1e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3525  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  36.44 
 
 
669 aa  241  1e-62  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.769679 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2504  nitrate-binding protein nrtA precursor, periplasmic  34.95 
 
 
450 aa  241  2e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.844968  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5897  ABC transporter substrate binding protein (nitrate)  33.83 
 
 
432 aa  238  2e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.260088  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2817  ABC transporter nitrate-binding protein (nrtA)  33.84 
 
 
438 aa  236  8e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2038  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1239  ABC-type nitrate/nitrite transport system substrate-binding protein  35.61 
 
 
443 aa  234  1.0000000000000001e-60  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0589  nitrate transporter, putative  36.52 
 
 
432 aa  229  4e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.57136  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3527  nitrate transport protein  34.51 
 
 
442 aa  226  7e-58  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.54237 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4394  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  34.12 
 
 
668 aa  226  8e-58  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4457  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  34.12 
 
 
668 aa  226  8e-58  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.631806 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4459  ABC transporter substrate binding protein (nitrate)  32.05 
 
 
444 aa  225  1e-57  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.714854  normal  0.563168 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4396  nitrate transport protein  32.05 
 
 
444 aa  225  1e-57  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4570  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  33.6 
 
 
668 aa  223  6e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.177412  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2958  nitrate transporter  37.5 
 
 
382 aa  219  6e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.899389 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05588  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems, periplasmic component  32.22 
 
 
454 aa  218  2e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001607  nitrate ABC transporter nitrate-binding protein  32.78 
 
 
449 aa  217  2.9999999999999998e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4542  nitrate transport ATP-binding subunits C and D  33.42 
 
 
657 aa  214  1.9999999999999998e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2417  putative nitrate transport protein  31.98 
 
 
466 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4676  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  35.03 
 
 
673 aa  211  1e-53  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4540  twin-arginine translocation pathway signal  30.99 
 
 
440 aa  211  2e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03654  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, periplasmic component  32.14 
 
 
469 aa  210  5e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4923  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  34.13 
 
 
668 aa  207  2e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.502071 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1115  putative nitrate transport protein  31.08 
 
 
491 aa  208  2e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3040  putative nitrate transport protein  31.91 
 
 
452 aa  208  2e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0757013  normal  0.570459 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2819  putative nitrate transport protein  31.69 
 
 
469 aa  207  3e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.469609  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3519  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  34.31 
 
 
669 aa  206  7e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1084  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system  31.81 
 
 
467 aa  206  8e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2598  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  34.31 
 
 
669 aa  206  8e-52  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.992008  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2054  twin-arginine translocation pathway signal  31.82 
 
 
462 aa  205  9e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.568287  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1153  nitrate transporter system, periplasmic component  31.12 
 
 
461 aa  204  2e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5415  putative nitrate ABC transporter (substrate-binding protein) (ntrA-like protein)  31.87 
 
 
461 aa  204  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.411292  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2403  ABC transporter nitrate-binding protein  31.61 
 
 
462 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0310148  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1969  ABC-type nitrate/sulfonate/taurine/bicarbonate transporter, substrate binding protein  31.9 
 
 
457 aa  204  2e-51  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.733899  normal  0.21711 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>