200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_05588 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_3316  putative nitrate ABC transporter, periplasmic nitrate-binding protein  75.23 
 
 
461 aa  710    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.163343  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001607  nitrate ABC transporter nitrate-binding protein  98.66 
 
 
449 aa  918    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1153  nitrate transporter system, periplasmic component  69.67 
 
 
461 aa  657    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05588  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems, periplasmic component  100 
 
 
454 aa  939    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03654  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, periplasmic component  77.65 
 
 
469 aa  727    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2264  histidine kinase  71.33 
 
 
470 aa  670    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00574253  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1084  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system  73.22 
 
 
467 aa  648    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2417  putative nitrate transport protein  78.3 
 
 
466 aa  734    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1663  periplasmic binding protein-like II  68.14 
 
 
455 aa  640    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.550763  normal  0.0123781 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0177  nitrate transport ATP-binding protein  69.8 
 
 
454 aa  654    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.125703  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1115  putative nitrate transport protein  66.67 
 
 
491 aa  644    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2819  putative nitrate transport protein  77.68 
 
 
469 aa  746    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.469609  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3040  putative nitrate transport protein  65.62 
 
 
452 aa  617  1e-175  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0757013  normal  0.570459 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1969  ABC-type nitrate/sulfonate/taurine/bicarbonate transporter, substrate binding protein  65.48 
 
 
457 aa  576  1.0000000000000001e-163  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.733899  normal  0.21711 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1703  nitrate transporter  44.83 
 
 
467 aa  362  7.0000000000000005e-99  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.543775 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0589  nitrate transporter, putative  43.29 
 
 
432 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.57136  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3525  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  36.04 
 
 
669 aa  253  4.0000000000000004e-66  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.769679 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2958  nitrate transporter  37.23 
 
 
382 aa  250  4e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.899389 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1133  nitrate transporter, putative  37.6 
 
 
406 aa  250  4e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0226657  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5899  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (nitrate)  34.63 
 
 
423 aa  245  9.999999999999999e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.574642  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2820  nitrate transporter  36.04 
 
 
397 aa  243  5e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.571583  normal  0.694753 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0327  nitrate transporter periplasmic component  35 
 
 
433 aa  241  2e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4394  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  35.56 
 
 
668 aa  239  5.999999999999999e-62  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4457  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  35.56 
 
 
668 aa  239  5.999999999999999e-62  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.631806 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4570  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  34.89 
 
 
668 aa  238  1e-61  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.177412  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4542  nitrate transport ATP-binding subunits C and D  35.56 
 
 
657 aa  236  6e-61  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2909  nitrate-binding proteint  34.92 
 
 
419 aa  236  8e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4527  putative nitrate transport protein  35.45 
 
 
435 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2733  nitrate-binding proteint  32.32 
 
 
419 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.140784  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0830  twin-arginine translocation pathway signal  34.36 
 
 
425 aa  232  1e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0216762 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1541  nitrate-binding proteint  31.85 
 
 
419 aa  232  1e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.565329  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2528  nitrate transporter, putative  38.22 
 
 
370 aa  231  2e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.341637  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1152  nitrate transporter, putative  36.67 
 
 
382 aa  231  3e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1449  nitrate transporter component, nrtA  35.79 
 
 
403 aa  229  8e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2497  nitrate-binding proteint  32.4 
 
 
418 aa  228  1e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.722347  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2598  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  33.18 
 
 
669 aa  228  2e-58  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.992008  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1414  twin-arginine translocation pathway signal  32.62 
 
 
414 aa  228  2e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.922981 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3519  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  33.18 
 
 
669 aa  227  3e-58  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2272  nitrate transporter periplasmic component  34.52 
 
 
423 aa  227  4e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4676  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  34.25 
 
 
673 aa  226  4e-58  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2554  twin-arginine translocation pathway signal  31.97 
 
 
414 aa  226  6e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3743  twin-arginine translocation pathway signal  34.35 
 
 
431 aa  225  1e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.869277  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2831  twin-arginine translocation pathway signal  31.25 
 
 
414 aa  225  1e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.210569 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2320  twin-arginine translocation pathway signal  31.25 
 
 
414 aa  225  1e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.37249  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0330  putative nitrate transporter protein  33.73 
 
 
437 aa  224  2e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4923  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  36.31 
 
 
668 aa  224  2e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.502071 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3267  twin-arginine translocation pathway signal  32.2 
 
 
414 aa  224  3e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.159892  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2377  twin-arginine translocation pathway signal  32.62 
 
 
426 aa  224  3e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3843  NO3-/NO2-ABC transporter  31.44 
 
 
417 aa  223  8e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1454  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  34.2 
 
 
425 aa  222  8e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0381  putative nitrate transporter protein  33.1 
 
 
420 aa  222  9.999999999999999e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.492425 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2147  twin-arginine translocation pathway signal  32.86 
 
 
414 aa  221  3e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0237  putative nitrate transporter protein  33.57 
 
 
426 aa  220  3.9999999999999997e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0258  putative nitrate transporter protein  33.57 
 
 
426 aa  220  3.9999999999999997e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.753989 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1085  nitrate transporter component, nrtA  33.57 
 
 
415 aa  219  6e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1631  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  33.65 
 
 
424 aa  219  6e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0841796 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3522  twin-arginine translocation pathway signal  32.3 
 
 
414 aa  219  7.999999999999999e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1605  nitrate-binding protein NasS  31.91 
 
 
421 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0550042 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5012  twin-arginine translocation pathway signal  33.49 
 
 
430 aa  219  1e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.343521 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3646  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  32.31 
 
 
404 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2094  nitrate-binding protein NasS, putative  32.08 
 
 
404 aa  218  2e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.784638  normal  0.17268 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2105  hypothetical protein  32.22 
 
 
403 aa  218  2e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.498438  hitchhiker  0.00655849 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4496  twin-arginine translocation pathway signal  33.72 
 
 
430 aa  217  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4959  twin-arginine translocation pathway signal  33.72 
 
 
430 aa  217  4e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.75278  normal  0.0837383 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1612  nitrate-binding protein NasS  32.94 
 
 
400 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.837424  hitchhiker  0.00000000179069 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2590  twin-arginine translocation pathway signal  31.22 
 
 
414 aa  216  7e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0514763 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0277  putative nitrate transporter protein  33.02 
 
 
434 aa  215  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.783819 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2580  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  33.65 
 
 
403 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.457398  hitchhiker  0.00316434 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2325  nitrate-binding proteint  31.53 
 
 
415 aa  214  1.9999999999999998e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2307  hypothetical protein  31.35 
 
 
403 aa  213  5.999999999999999e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1438  nitrate-binding proteint  31.48 
 
 
432 aa  212  1e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.28551  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1392  NO3-/NO2- ABC transporter  31.12 
 
 
417 aa  211  1e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4459  ABC transporter substrate binding protein (nitrate)  32.08 
 
 
444 aa  211  3e-53  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.714854  normal  0.563168 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4470  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  31.66 
 
 
437 aa  210  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.214365 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1785  nitrate-binding protein NasS, putative  32.86 
 
 
403 aa  210  3e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4396  nitrate transport protein  32.08 
 
 
444 aa  211  3e-53  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3527  nitrate transport protein  32.01 
 
 
442 aa  209  9e-53  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.54237 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1760  twin-arginine translocation pathway signal  32.1 
 
 
434 aa  209  1e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.135938  normal  0.0152873 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0999  ABC transporter periplasmic protein  30.71 
 
 
431 aa  209  1e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6461  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  32.68 
 
 
437 aa  208  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.325074 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23460  nitrate/nitrite transport system substrate-binding protein ; NasS  30.99 
 
 
440 aa  207  2e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.143963  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4138  putative nitrate transporter component, nrtA  34.69 
 
 
384 aa  207  4e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.53503  normal  0.349195 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4572  nitrate transport protein  32.02 
 
 
442 aa  205  1e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2105  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  30.95 
 
 
427 aa  205  2e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187135  decreased coverage  0.00370566 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0056  NO3-/NO2-ABC transporter  31.25 
 
 
405 aa  202  9e-51  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1025  nitrate transport ATP-binding subunits C and D  34.29 
 
 
667 aa  201  1.9999999999999998e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.129474 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1490  nitrate transport ATP-binding subunits C and D  30.7 
 
 
663 aa  201  1.9999999999999998e-50  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.810592  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2817  ABC transporter nitrate-binding protein (nrtA)  32.33 
 
 
438 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2038  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1761  nitrate transporter component, nrtA  34.32 
 
 
386 aa  201  3e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.786473  normal  0.0141893 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4228  putative nitrate transport protein  34.51 
 
 
386 aa  200  3.9999999999999996e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0904389  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4818  ABC transporter nitrate-binding protein  31.06 
 
 
456 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.191179  hitchhiker  0.00821783 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2504  nitrate-binding protein nrtA precursor, periplasmic  32.62 
 
 
450 aa  197  2.0000000000000003e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.844968  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1210  putative nitrate transporter component, nrtA  34.15 
 
 
387 aa  197  3e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1239  ABC-type nitrate/nitrite transport system substrate-binding protein  31.26 
 
 
443 aa  195  1e-48  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41480  hypothetical protein  30.4 
 
 
402 aa  195  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5897  ABC transporter substrate binding protein (nitrate)  31.49 
 
 
432 aa  193  4e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.260088  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4540  twin-arginine translocation pathway signal  32.39 
 
 
440 aa  193  6e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3769  nitrate transporter, putative  32.15 
 
 
407 aa  191  2e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3518  hypothetical protein  30.88 
 
 
402 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.94359  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2589  putative nitrate transporter component  29.3 
 
 
475 aa  189  1e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00200575 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>