244 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1605 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2094  nitrate-binding protein NasS, putative  93.55 
 
 
404 aa  776    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.784638  normal  0.17268 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1612  nitrate-binding protein NasS  88.92 
 
 
400 aa  728    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.837424  hitchhiker  0.00000000179069 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3646  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  93.05 
 
 
404 aa  773    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1605  nitrate-binding protein NasS  100 
 
 
421 aa  864    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0550042 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1785  nitrate-binding protein NasS, putative  76.14 
 
 
403 aa  616  1e-175  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2307  hypothetical protein  73.13 
 
 
403 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2105  hypothetical protein  72.61 
 
 
403 aa  580  1e-164  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.498438  hitchhiker  0.00655849 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2580  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  71.32 
 
 
403 aa  574  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.457398  hitchhiker  0.00316434 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23460  nitrate/nitrite transport system substrate-binding protein ; NasS  67.59 
 
 
440 aa  556  1e-157  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.143963  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3518  hypothetical protein  69.95 
 
 
402 aa  553  1e-156  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.94359  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41480  hypothetical protein  69.95 
 
 
402 aa  553  1e-156  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2105  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  61.62 
 
 
427 aa  504  1e-141  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187135  decreased coverage  0.00370566 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0330  putative nitrate transporter protein  52.53 
 
 
437 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0327  nitrate transporter periplasmic component  53.79 
 
 
433 aa  451  1.0000000000000001e-126  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0381  putative nitrate transporter protein  54.05 
 
 
420 aa  448  1e-125  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.492425 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0237  putative nitrate transporter protein  52.74 
 
 
426 aa  445  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0277  putative nitrate transporter protein  50.85 
 
 
434 aa  445  1.0000000000000001e-124  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.783819 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0258  putative nitrate transporter protein  52.74 
 
 
426 aa  445  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.753989 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0830  twin-arginine translocation pathway signal  50.12 
 
 
425 aa  442  1e-123  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0216762 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1541  nitrate-binding proteint  55.96 
 
 
419 aa  444  1e-123  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.565329  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2377  twin-arginine translocation pathway signal  54.31 
 
 
426 aa  443  1e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2733  nitrate-binding proteint  55.7 
 
 
419 aa  441  9.999999999999999e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.140784  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2909  nitrate-binding proteint  54.4 
 
 
419 aa  439  9.999999999999999e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1414  twin-arginine translocation pathway signal  51.15 
 
 
414 aa  440  9.999999999999999e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.922981 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2272  nitrate transporter periplasmic component  53.79 
 
 
423 aa  437  1e-121  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3267  twin-arginine translocation pathway signal  49.13 
 
 
414 aa  435  1e-121  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.159892  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2497  nitrate-binding proteint  54.15 
 
 
418 aa  436  1e-121  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.722347  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2590  twin-arginine translocation pathway signal  50.87 
 
 
414 aa  437  1e-121  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0514763 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2320  twin-arginine translocation pathway signal  51.61 
 
 
414 aa  434  1e-120  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.37249  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2147  twin-arginine translocation pathway signal  50.62 
 
 
414 aa  433  1e-120  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2831  twin-arginine translocation pathway signal  51.61 
 
 
414 aa  434  1e-120  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.210569 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0999  ABC transporter periplasmic protein  49.61 
 
 
431 aa  428  1e-119  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3843  NO3-/NO2-ABC transporter  51.31 
 
 
417 aa  429  1e-119  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2554  twin-arginine translocation pathway signal  48.52 
 
 
414 aa  429  1e-119  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3522  twin-arginine translocation pathway signal  49.87 
 
 
414 aa  427  1e-118  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1438  nitrate-binding proteint  55.18 
 
 
432 aa  427  1e-118  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.28551  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1392  NO3-/NO2- ABC transporter  51.05 
 
 
417 aa  425  1e-118  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2325  nitrate-binding proteint  51.94 
 
 
415 aa  404  1e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1047  ABC nitrate transporter, periplasmic ligand binding protein  49.48 
 
 
385 aa  335  7.999999999999999e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.817619  normal  0.872745 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5674  ABC nitrate transporter, periplasmic ligand binding protein  48.22 
 
 
383 aa  332  5e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.679378 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3446  ABC nitrate transporter, periplasmic ligand binding protein  46.95 
 
 
380 aa  331  2e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1166  regulatory protein NasS, putative  50.72 
 
 
353 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.241228  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1091  putative regulatory protein NasS  50.3 
 
 
353 aa  316  6e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.224559  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1257  putative regulatory protein NasS  50.3 
 
 
353 aa  316  6e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0276079  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0089  putative regulatory protein NasS  50.3 
 
 
353 aa  316  6e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.964988  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0332  putative regulatory protein NasS  50.3 
 
 
353 aa  316  6e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0240199  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0247  nitrate transport ATP-binding protein  49.41 
 
 
353 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1672  putative regulatory protein  49.41 
 
 
353 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1760  putative regulatory protein  49.7 
 
 
353 aa  310  4e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1339  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  49 
 
 
353 aa  302  6.000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.413977 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3941  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  49.42 
 
 
347 aa  294  2e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0774649  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4404  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  51.1 
 
 
347 aa  293  5e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.116895 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3857  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  50.47 
 
 
350 aa  290  3e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4511  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  50.47 
 
 
353 aa  290  3e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000302779  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5793  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  50.16 
 
 
350 aa  287  2e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4143  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  49.13 
 
 
347 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0553251 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0056  NO3-/NO2-ABC transporter  37.4 
 
 
405 aa  283  4.0000000000000003e-75  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2336  NO3-/NO2-ABC transporter  41.53 
 
 
407 aa  283  6.000000000000001e-75  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1703  nitrate transporter  34.49 
 
 
467 aa  248  1e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.543775 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0589  nitrate transporter, putative  37.84 
 
 
432 aa  246  4e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.57136  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3525  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  35.71 
 
 
669 aa  243  3.9999999999999997e-63  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.769679 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6461  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  33.65 
 
 
437 aa  241  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.325074 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4470  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  34.15 
 
 
437 aa  238  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.214365 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4396  nitrate transport protein  31.92 
 
 
444 aa  233  6e-60  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4459  ABC transporter substrate binding protein (nitrate)  31.92 
 
 
444 aa  233  6e-60  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.714854  normal  0.563168 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3743  twin-arginine translocation pathway signal  33.42 
 
 
431 aa  229  8e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.869277  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0665  nitrate-binding protein NrtA precursor, periplasmic  34.52 
 
 
475 aa  227  3e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0120522  decreased coverage  0.00176089 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4394  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  34.45 
 
 
668 aa  222  8e-57  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4457  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  34.45 
 
 
668 aa  222  8e-57  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.631806 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4496  twin-arginine translocation pathway signal  32.82 
 
 
430 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4959  twin-arginine translocation pathway signal  32.82 
 
 
430 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.75278  normal  0.0837383 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2817  ABC transporter nitrate-binding protein (nrtA)  32.31 
 
 
438 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2038  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5012  twin-arginine translocation pathway signal  32.82 
 
 
430 aa  220  3e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.343521 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2504  nitrate-binding protein nrtA precursor, periplasmic  34.02 
 
 
450 aa  220  3.9999999999999997e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.844968  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1760  twin-arginine translocation pathway signal  32.99 
 
 
434 aa  219  6e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.135938  normal  0.0152873 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5897  ABC transporter substrate binding protein (nitrate)  32.23 
 
 
432 aa  219  6e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.260088  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4572  nitrate transport protein  32.75 
 
 
442 aa  219  8.999999999999998e-56  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05588  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems, periplasmic component  31.91 
 
 
454 aa  218  1e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0177  nitrate transport ATP-binding protein  33.72 
 
 
454 aa  219  1e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.125703  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001607  nitrate ABC transporter nitrate-binding protein  31.91 
 
 
449 aa  218  2e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2417  putative nitrate transport protein  32.44 
 
 
466 aa  218  2e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1239  ABC-type nitrate/nitrite transport system substrate-binding protein  34.01 
 
 
443 aa  217  2.9999999999999998e-55  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2819  putative nitrate transport protein  31.91 
 
 
469 aa  213  4.9999999999999996e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.469609  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3527  nitrate transport protein  33.25 
 
 
442 aa  213  5.999999999999999e-54  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.54237 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4570  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  32.53 
 
 
668 aa  212  1e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.177412  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03654  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, periplasmic component  31.13 
 
 
469 aa  211  2e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1115  putative nitrate transport protein  31.15 
 
 
491 aa  210  3e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1969  ABC-type nitrate/sulfonate/taurine/bicarbonate transporter, substrate binding protein  31.88 
 
 
457 aa  210  4e-53  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.733899  normal  0.21711 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2598  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  34.57 
 
 
669 aa  209  8e-53  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.992008  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3519  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  34.57 
 
 
669 aa  209  8e-53  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3316  putative nitrate ABC transporter, periplasmic nitrate-binding protein  31.5 
 
 
461 aa  207  3e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.163343  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1153  nitrate transporter system, periplasmic component  30.3 
 
 
461 aa  207  3e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2958  nitrate transporter  36.13 
 
 
382 aa  207  4e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.899389 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1084  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system  31.72 
 
 
467 aa  206  5e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1663  periplasmic binding protein-like II  32.7 
 
 
455 aa  206  6e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.550763  normal  0.0123781 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3774  putative nitrate transporter component, NrtA  33.51 
 
 
454 aa  206  8e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.944319  normal  0.102556 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4676  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  33.96 
 
 
673 aa  205  1e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2403  ABC transporter nitrate-binding protein  33.24 
 
 
462 aa  204  3e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0310148  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2054  twin-arginine translocation pathway signal  33.07 
 
 
462 aa  203  5e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.568287  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4818  ABC transporter nitrate-binding protein  34.66 
 
 
456 aa  202  8e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.191179  hitchhiker  0.00821783 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>