More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_85 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013552  DhcVS_85  DNA-binding response regulator  100 
 
 		 226 aa  455  1e-127  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_94  DNA-binding response regulator  43.86 
 
 		 228 aa  200  1.9999999999999998e-50  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0286  two component transcriptional regulator  44.44 
 
 		 226 aa  198  6e-50  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_86  DNA-binding response regulator  44.89 
 
 		 227 aa  197  7.999999999999999e-50  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1540  DNA-binding response regulator  40.62 
 
 		 225 aa  180  1e-44  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0274  two component transcriptional regulator  43.3 
 
 		 228 aa  179  2e-44  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_106  DNA-binding response regulator  43.3 
 
 		 225 aa  178  7e-44  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1432  DNA-binding response regulator  40.18 
 
 		 225 aa  177  1e-43  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1322  DNA-binding response regulator  41.07 
 
 		 226 aa  171  9e-42  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.423029  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0232  DNA-binding response regulator  36.32 
 
 		 227 aa  168  7e-41  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.156156  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1394  DNA-binding response regulator  40.36 
 
 		 225 aa  165  5e-40  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0316  DNA-binding response regulator  40.81 
 
 		 225 aa  162  5.0000000000000005e-39  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1311  DNA-binding response regulator  37.72 
 
 		 233 aa  162  6e-39  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0177  DNA-binding response regulator  36.61 
 
 		 226 aa  160  2e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_166  DNA-binding response regulator  35.71 
 
 		 226 aa  158  8e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0176  two component transcriptional regulator  35.71 
 
 		 226 aa  154  9e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0170  DNA-binding response regulator  38.91 
 
 		 232 aa  151  8e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1355  DNA-binding response regulator  36.2 
 
 		 225 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0304  response regulator  33.03 
 
 		 223 aa  145  6e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0300  DNA-binding response regulator  34.82 
 
 		 225 aa  143  2e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0444  DNA-binding response regulator  34.5 
 
 		 233 aa  143  2e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5259  two component transcriptional regulator  35.24 
 
 		 235 aa  142  4e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000559572  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1950  DNA-binding response regulator  36.52 
 
 		 235 aa  142  4e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.100456  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2922  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.12 
 
 		 230 aa  142  5e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.221617  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4006  two component transcriptional regulator  35.24 
 
 		 235 aa  141  6e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.010356  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1516  two component transcriptional regulator  38.67 
 
 		 218 aa  141  8e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.346089  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5589  DNA-binding response regulator YycF  35.24 
 
 		 235 aa  141  9e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0469644  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5346  DNA-binding response regulator YycF  35.24 
 
 		 235 aa  140  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000234523  hitchhiker  0.00000000000323141 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5572  DNA-binding response regulator YycF  35.24 
 
 		 235 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.81316e-29 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5615  DNA-binding response regulator YycF  35.24 
 
 		 235 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5319  DNA-binding response regulator YycF  35.24 
 
 		 235 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.169223  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5147  response regulator  35.24 
 
 		 235 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00168683  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5163  response regulator  35.24 
 
 		 235 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00196509  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0080  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.89 
 
 		 230 aa  140  9.999999999999999e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5715  DNA-binding response regulator YycF  35.24 
 
 		 235 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.656882  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5650  DNA-binding response regulator YycF  35.24 
 
 		 235 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00563499  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0105  DNA-binding response regulator  35.42 
 
 		 237 aa  139  1.9999999999999998e-32  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.56 
 
 		 232 aa  139  3e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1220  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.35 
 
 		 233 aa  139  3e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00991602 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0124  two component transcriptional regulator  34.84 
 
 		 225 aa  139  3e-32  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1005  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.17 
 
 		 227 aa  137  1e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000255449  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1330  DNA-binding response regulator  34.78 
 
 		 209 aa  137  1e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20650  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  34.25 
 
 		 231 aa  137  1e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0260682  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1196  two component transcriptional regulator  33.03 
 
 		 240 aa  137  1e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1916  two component transcriptional regulator  34.39 
 
 		 228 aa  136  2e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.400732  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2333  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 232 aa  136  3.0000000000000003e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0019  two component transcriptional regulator  34.93 
 
 		 235 aa  135  5e-31  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1954  two component transcriptional regulator  32.6 
 
 		 229 aa  135  6.0000000000000005e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000155813  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2179  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.78 
 
 		 234 aa  135  7.000000000000001e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3737  two component transcriptional regulator  34.93 
 
 		 231 aa  134  8e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00273603 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1869  DNA-binding response regulator  33.19 
 
 		 232 aa  134  8e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2712  two component transcriptional regulator  32.88 
 
 		 224 aa  135  8e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00552555  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2443  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.88 
 
 		 224 aa  134  9.999999999999999e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00121019 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0323  two component transcriptional regulator  33.78 
 
 		 227 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0106  two component transcriptional regulator  36.27 
 
 		 227 aa  134  9.999999999999999e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3409  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 236 aa  133  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0793  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.03 
 
 		 225 aa  132  3.9999999999999996e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1739  DNA-binding response regulator  33.48 
 
 		 232 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1689  response regulator  33.48 
 
 		 232 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1877  DNA-binding response regulator  33.48 
 
 		 232 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0567  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.18 
 
 		 225 aa  132  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.463355  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2387  two component transcriptional regulator  33.92 
 
 		 229 aa  132  5e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00115026  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  34.23 
 
 		 229 aa  132  5e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1715  response regulator  33.04 
 
 		 232 aa  132  6e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0124001  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2051  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.68 
 
 		 247 aa  132  6e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.520505  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1240  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.79 
 
 		 227 aa  132  6e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.729355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1985  DNA-binding response regulator  33.04 
 
 		 232 aa  131  6.999999999999999e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1102  DNA-binding response regulator  34.96 
 
 		 225 aa  131  7.999999999999999e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0488  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.07 
 
 		 235 aa  131  7.999999999999999e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00220414 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1665  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.77 
 
 		 232 aa  131  7.999999999999999e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4344  two component transcriptional regulator  31.98 
 
 		 239 aa  131  9e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.325933  normal  0.345767 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1171  transcriptional regulatory protein YedW  36.32 
 
 		 226 aa  130  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0905  two component transcriptional regulator  32.03 
 
 		 238 aa  131  1.0000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0195  two component transcriptional regulator  31.53 
 
 		 243 aa  130  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716616 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1832  two component transcriptional regulator  35.11 
 
 		 245 aa  130  1.0000000000000001e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.366424  normal  0.561636 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1956  DNA-binding response regulator  33.04 
 
 		 232 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.387323  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1505  response regulator receiver  35.62 
 
 		 219 aa  130  2.0000000000000002e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.404603  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1476  two component transcriptional regulator  35.62 
 
 		 219 aa  130  2.0000000000000002e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1191  transcriptional regulatory protein YedW  36.32 
 
 		 226 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2496  response regulator receiver  32.88 
 
 		 225 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.491467  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.77 
 
 		 234 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.178035  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0136  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  35.06 
 
 		 232 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1456  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.63 
 
 		 223 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000183373  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2903  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.48 
 
 		 234 aa  130  2.0000000000000002e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1865  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.93 
 
 		 226 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1116  DNA-binding response regulator  34.47 
 
 		 235 aa  130  2.0000000000000002e-29  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.310768  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2892  two component transcriptional regulator  33.63 
 
 		 227 aa  130  2.0000000000000002e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0239565 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4043  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.42 
 
 		 225 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.728877  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1351  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.27 
 
 		 225 aa  129  3e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00188361  unclonable  0.0000000206018 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1055  transcriptional regulatory protein YedW  36.32 
 
 		 226 aa  129  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1986  two component transcriptional regulator  33.77 
 
 		 240 aa  129  3e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1288  two component transcriptional regulator  33.03 
 
 		 228 aa  129  3e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128008  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3473  DNA-binding response regulator  32.16 
 
 		 232 aa  129  3e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000348992 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2625  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.63 
 
 		 237 aa  129  3e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00000254862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1160  transcriptional regulatory protein YedW  36.32 
 
 		 226 aa  129  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.728212 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0963  two component transcriptional regulator  35.59 
 
 		 225 aa  129  4.0000000000000003e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6310  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.96 
 
 		 261 aa  129  4.0000000000000003e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.534044  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2242  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.29 
 
 		 224 aa  129  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.415885 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0994  two component transcriptional regulator  32.89 
 
 		 232 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0018  response regulator receiver  32.76 
 
 		 233 aa  129  5.0000000000000004e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>