122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0176 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_0176  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 190 aa  392  1e-108  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0364  TetR family transcriptional regulator  66.84 
 
 		 192 aa  272  2.0000000000000002e-72  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.233701  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0361  TetR family transcriptional regulator  67.38 
 
 		 189 aa  271  3e-72  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1478  TetR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 186 aa  142  4e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1053  hypothetical protein  26.37 
 
 		 188 aa  75.1  0.0000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00146188  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0906  hypothetical protein  26.37 
 
 		 188 aa  73.9  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0888  TetR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 188 aa  73.9  0.000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.845655  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0869  TetR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 188 aa  73.9  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0964  hypothetical protein  26.37 
 
 		 188 aa  73.9  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0874  TetR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 188 aa  73.9  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1133  hypothetical protein  26.37 
 
 		 188 aa  73.2  0.000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1007  hypothetical protein  26.37 
 
 		 188 aa  73.6  0.000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.374839  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4295  hypothetical protein  26.37 
 
 		 188 aa  72  0.000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0212  transcriptional regulator, TetR family  23.73 
 
 		 187 aa  68.2  0.00000000008  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0610  TetR family transcriptional regulator  23.76 
 
 		 189 aa  63.5  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.442155  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1710  hypothetical protein  21.88 
 
 		 289 aa  62.4  0.000000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1048  probable dihydroxyacetone kinase regulator  27.63 
 
 		 164 aa  60.5  0.00000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.65862e-21 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2357  transcriptional regulator, TetR family  29.48 
 
 		 190 aa  60.1  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0067585  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2667  TetR family transcriptional regulator  22.44 
 
 		 185 aa  59.3  0.00000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000225339  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0813  transcriptional regulator  25.31 
 
 		 181 aa  57.8  0.00000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.0000037914  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1709  transcriptional regulator, TetR family  28.49 
 
 		 193 aa  57  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4896  AcrR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 184 aa  56.2  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0836  TetR family transcriptional regulator  23.6 
 
 		 181 aa  56.2  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1751  TetR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 182 aa  55.1  0.0000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000821157  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2667  transcriptional regulator, TetR family  23.33 
 
 		 200 aa  55.1  0.0000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2401  TetR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 207 aa  53.9  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.148693  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2447  regulatory protein TetR  43.14 
 
 		 207 aa  53.9  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00212312  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2378  TetR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 184 aa  53.1  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.576204  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2424  regulatory protein TetR  25.9 
 
 		 184 aa  53.1  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.428884  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04420  transcriptional regulator, tetR family  35.82 
 
 		 187 aa  53.5  0.000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00197564 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04470  transcriptional regulator, tetR family  37.31 
 
 		 189 aa  53.1  0.000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000324783 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0744  hypothetical protein  38.36 
 
 		 184 aa  52.8  0.000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.202203  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0727  hypothetical protein  38.36 
 
 		 184 aa  52.8  0.000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2963  transcriptional regulator, TetR family  25.29 
 
 		 177 aa  52.4  0.000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00940  transcriptional regulator  39.34 
 
 		 180 aa  51.6  0.000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.146478  normal  0.42367 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0202  putative transcriptional regulator, TetR family  28.82 
 
 		 195 aa  51.2  0.000009  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1514  AcrR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 189 aa  50.8  0.00001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0247  transcriptional regulator, putative  26.97 
 
 		 189 aa  50.4  0.00002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0403  TetR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 195 aa  50.1  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0461  TetR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 219 aa  50.1  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0605  transcriptional regulator, TetR family  28.07 
 
 		 204 aa  50.1  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0842361  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4466  TetR family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 205 aa  49.7  0.00003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00176628  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4301  TetR family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 205 aa  49.7  0.00003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000465082  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4312  TetR family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 205 aa  49.7  0.00003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0243746  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4814  TetR family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 205 aa  49.7  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00735833  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3662  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 178 aa  49.7  0.00003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_22230  transcriptional regulator  29.23 
 
 		 187 aa  49.3  0.00003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.158788 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4685  transcriptional regulator, TetR family  23.74 
 
 		 205 aa  49.7  0.00003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.17076e-49 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06360  transcriptional regulator  36.07 
 
 		 201 aa  49.7  0.00003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.589658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0197  hypothetical protein  38.71 
 
 		 197 aa  49.3  0.00004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000319067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1193  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 210 aa  48.9  0.00004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000366279  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3256  TetR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 205 aa  48.9  0.00004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.20288  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3136  TetR family transcriptional regulator  23.7 
 
 		 205 aa  48.9  0.00005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.495546  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2867  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 211 aa  48.5  0.00005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.451195  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4701  TetR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 205 aa  48.5  0.00006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000742649  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1648  TetR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 178 aa  48.5  0.00006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00269444  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27720  transcriptional regulator  22.89 
 
 		 190 aa  47.8  0.0001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.754006  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0738  TetR family transcriptional regulator  24.36 
 
 		 184 aa  47.8  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0636696  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4694  transcriptional regulator, TetR family  22.73 
 
 		 205 aa  47.8  0.0001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000803209  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3249  transcriptional regulator, putative  22.58 
 
 		 210 aa  47  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00603591  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2898  TetR family transcriptional regulator  23.7 
 
 		 205 aa  46.6  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2824  TetR family transcriptional regulator  23.7 
 
 		 211 aa  46.6  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.551621  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3115  TetR family transcriptional regulator  23.7 
 
 		 205 aa  46.6  0.0002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25960  transcriptional regulator, tetR family  32.81 
 
 		 185 aa  46.6  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.852113 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2594  TetR family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 195 aa  46.6  0.0002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2615  TetR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 195 aa  47  0.0002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2648  regulatory protein TetR  25.28 
 
 		 195 aa  46.6  0.0002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2669  hypothetical protein  23.53 
 
 		 195 aa  47  0.0002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3118  transcriptional regulator, TetR family  23.7 
 
 		 205 aa  46.6  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04120  hypothetical protein  39.22 
 
 		 195 aa  46.6  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.453544  normal  0.455959 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2544  TetR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 207 aa  46.2  0.0003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.68264  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1274  transcriptional regulator  39.29 
 
 		 191 aa  46.2  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.636376  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1447  transcriptional regulator, TetR family  34.62 
 
 		 215 aa  46.2  0.0003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.143895  normal  0.456652 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06720  transcriptional regulator, tetR family  36.54 
 
 		 204 aa  46.2  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.172688  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2893  TetR family transcriptional regulator  38 
 
 		 205 aa  46.2  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0699347  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1009  transcriptional regulator, TetR family  24.52 
 
 		 184 aa  46.2  0.0003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.874383  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4678  transcriptional regulator, TetR family  23.27 
 
 		 205 aa  46.2  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000014554  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0559  transcriptional regulator, TetR family  23.27 
 
 		 205 aa  45.8  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000271654  hitchhiker  2.35635e-17 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3279  transcriptional regulator, TetR family  20 
 
 		 192 aa  46.2  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.649622  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2392  transcriptional regulator, TetR family  33.96 
 
 		 184 aa  45.4  0.0004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.255301 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1669  TetR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 225 aa  45.8  0.0004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413702  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4401  TetR family transcriptional regulator  22.89 
 
 		 205 aa  45.8  0.0004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00379703  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3106  transcriptional regulator, TetR family  38 
 
 		 205 aa  45.8  0.0004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2131  transcriptional regulator, TetR family  38 
 
 		 205 aa  45.8  0.0004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00610  transcriptional regulator  19.14 
 
 		 205 aa  45.4  0.0004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.309946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0956  transcriptional regulator  23.78 
 
 		 177 aa  45.4  0.0005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0752812  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3139  transcriptional regulator, TetR family  23.12 
 
 		 205 aa  45.1  0.0006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.145779  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08810  hypothetical protein  30.88 
 
 		 217 aa  45.1  0.0007  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.239568 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1892  transcriptional regulator  33.78 
 
 		 205 aa  44.3  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00216331  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13891  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 216 aa  44.7  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0591  transcriptional regulator, TetR family  39.02 
 
 		 226 aa  44.3  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4177  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 181 aa  43.9  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05640  transcriptional regulator  22.87 
 
 		 223 aa  43.9  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.950785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2544  transcriptional regulator, TetR family  39.66 
 
 		 194 aa  43.1  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.49291 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0215  transcriptional regulator  34 
 
 		 191 aa  43.1  0.002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.532306  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0158  transcriptional regulator, TetR family  25.97 
 
 		 228 aa  43.5  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1367  TetR family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 181 aa  43.1  0.002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1140  transcriptional regulator, TetR family  29.58 
 
 		 242 aa  43.1  0.002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00144314 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1164  hypothetical protein  24.44 
 
 		 181 aa  43.5  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1792  TetR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 198 aa  43.1  0.003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>