163 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1478 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_1478  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 186 aa  383  1e-105  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0176  TetR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 190 aa  142  4e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0361  TetR family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 189 aa  135  4e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0364  TetR family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 192 aa  134  5e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.233701  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1710  hypothetical protein  27.15 
 
 		 289 aa  73.6  0.000000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3256  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 205 aa  72.4  0.000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.20288  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1053  hypothetical protein  24.74 
 
 		 188 aa  72.4  0.000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00146188  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4678  transcriptional regulator, TetR family  25.88 
 
 		 205 aa  72  0.000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000014554  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1133  hypothetical protein  25.26 
 
 		 188 aa  72  0.000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0559  transcriptional regulator, TetR family  25.88 
 
 		 205 aa  72  0.000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000271654  hitchhiker  2.35635e-17 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0888  TetR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 188 aa  71.2  0.000000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.845655  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0869  TetR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 188 aa  71.2  0.000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0906  hypothetical protein  24.74 
 
 		 188 aa  70.9  0.00000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0964  hypothetical protein  24.74 
 
 		 188 aa  70.9  0.00000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1007  hypothetical protein  24.74 
 
 		 188 aa  70.5  0.00000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.374839  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2667  TetR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 185 aa  70.9  0.00000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000225339  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0874  TetR family transcriptional regulator  24.21 
 
 		 188 aa  70.5  0.00000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4401  TetR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 205 aa  70.9  0.00000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00379703  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4701  TetR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 205 aa  68.9  0.00000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000742649  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4466  TetR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 205 aa  68.6  0.00000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00176628  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4301  TetR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 205 aa  68.6  0.00000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000465082  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4312  TetR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 205 aa  68.6  0.00000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0243746  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4814  TetR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 205 aa  68.6  0.00000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00735833  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4295  hypothetical protein  24.74 
 
 		 188 aa  68.6  0.00000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4685  transcriptional regulator, TetR family  25.29 
 
 		 205 aa  68.6  0.00000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.17076e-49 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2357  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 190 aa  67  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0067585  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4694  transcriptional regulator, TetR family  24.12 
 
 		 205 aa  67  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000803209  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0610  TetR family transcriptional regulator  23.03 
 
 		 189 aa  67  0.0000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.442155  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27720  transcriptional regulator  27.13 
 
 		 190 aa  66.2  0.0000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.754006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0813  transcriptional regulator  26.25 
 
 		 181 aa  64.7  0.0000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.0000037914  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0212  transcriptional regulator, TetR family  24.38 
 
 		 187 aa  62.8  0.000000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4929  putative transcriptional regulator, TetR family  24.24 
 
 		 205 aa  58.5  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.182818  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2667  transcriptional regulator, TetR family  25.86 
 
 		 200 aa  58.2  0.00000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1514  AcrR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 189 aa  58.2  0.00000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5332  putative transcriptional regulator, TetR family  23.84 
 
 		 212 aa  57.4  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.780657 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1104  AcrR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 243 aa  57  0.0000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0605  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 204 aa  56.6  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0842361  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2683  transcriptional regulator, TetR family  25.29 
 
 		 219 aa  55.8  0.0000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0774408  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04420  transcriptional regulator, tetR family  28.76 
 
 		 187 aa  55.5  0.0000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00197564 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07230  transcriptional regulator  24.32 
 
 		 205 aa  55.5  0.0000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.350601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3662  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 178 aa  55.5  0.0000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2594  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 195 aa  55.1  0.0000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2648  regulatory protein TetR  28.57 
 
 		 195 aa  55.1  0.0000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2867  TetR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 211 aa  54.7  0.0000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.451195  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_22230  transcriptional regulator  39.13 
 
 		 187 aa  54.3  0.0000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.158788 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1210  TetR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 181 aa  54.3  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3136  TetR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 205 aa  54.3  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.495546  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1048  probable dihydroxyacetone kinase regulator  23.9 
 
 		 164 aa  54.3  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.65862e-21 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3195  regulatory protein  25.95 
 
 		 181 aa  53.1  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1648  TetR family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 178 aa  53.1  0.000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00269444  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1372  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 221 aa  53.1  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2131  transcriptional regulator, TetR family  25.84 
 
 		 205 aa  53.5  0.000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1164  hypothetical protein  26.23 
 
 		 181 aa  53.1  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4177  transcriptional regulator, TetR family  26.78 
 
 		 181 aa  52.8  0.000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0158  transcriptional regulator, TetR family  27.56 
 
 		 228 aa  52.8  0.000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0461  TetR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 219 aa  52.4  0.000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2893  TetR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 205 aa  52  0.000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0699347  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0744  hypothetical protein  45.45 
 
 		 184 aa  52  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.202203  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0727  hypothetical protein  45.45 
 
 		 184 aa  52  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04120  hypothetical protein  23.42 
 
 		 195 aa  51.6  0.000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.453544  normal  0.455959 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1447  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 215 aa  51.6  0.000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.143895  normal  0.456652 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1863  putative transcriptional regulator, TetR family  46.81 
 
 		 217 aa  51.2  0.000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.318019 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06720  transcriptional regulator, tetR family  21.43 
 
 		 204 aa  51.2  0.000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.172688  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2898  TetR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 205 aa  50.8  0.00001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2824  TetR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 211 aa  50.8  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.551621  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3106  transcriptional regulator, TetR family  25.28 
 
 		 205 aa  50.8  0.00001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3115  TetR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 205 aa  50.8  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3118  transcriptional regulator, TetR family  28.19 
 
 		 205 aa  50.8  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2738  TetR family transcriptional regulator  23.42 
 
 		 181 aa  50.8  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000104447  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3249  transcriptional regulator, putative  33.33 
 
 		 210 aa  49.7  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00603591  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0738  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 184 aa  50.1  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0636696  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1009  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 184 aa  50.1  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.874383  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1792  TetR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 198 aa  49.7  0.00003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3139  transcriptional regulator, TetR family  26.74 
 
 		 205 aa  49.3  0.00003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.145779  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1263  hypothetical protein  25.58 
 
 		 181 aa  49.3  0.00003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0836  TetR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 181 aa  49.7  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4896  AcrR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 184 aa  48.9  0.00004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03830  transcriptional regulator, tetR family  35.19 
 
 		 193 aa  49.3  0.00004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2615  TetR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 195 aa  48.9  0.00004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2669  hypothetical protein  28.7 
 
 		 195 aa  48.9  0.00004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0956  transcriptional regulator  26.75 
 
 		 177 aa  48.5  0.00005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0752812  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04470  transcriptional regulator, tetR family  22.1 
 
 		 189 aa  48.5  0.00005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000324783 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21730  transcriptional regulator  44.44 
 
 		 179 aa  48.5  0.00006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000276333  normal  0.440212 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09210  transcriptional regulator, tetR family  23.53 
 
 		 217 aa  48.5  0.00006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.355198  normal  0.265854 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2401  TetR family transcriptional regulator  31 
 
 		 207 aa  48.5  0.00006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.148693  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2447  regulatory protein TetR  31 
 
 		 207 aa  48.5  0.00006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00212312  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1367  TetR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 181 aa  48.1  0.00006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0591  transcriptional regulator, TetR family  41.46 
 
 		 226 aa  48.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1946  TetR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 183 aa  47.8  0.00009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2292  hypothetical protein  25.71 
 
 		 155 aa  47.8  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000861673  hitchhiker  1.17922e-24 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0403  TetR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 195 aa  47.8  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2345  TetR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 191 aa  47.8  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.328498  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1745  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 216 aa  47  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1792  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 216 aa  47  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.651799  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0197  hypothetical protein  40 
 
 		 197 aa  47  0.0002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000319067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1726  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 216 aa  47  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.379747  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0274  transcriptional regulator, TetR family  30.61 
 
 		 193 aa  47  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2767  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 225 aa  45.8  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00570  transcriptional regulator, tetR family  35 
 
 		 218 aa  46.2  0.0003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37010  transcriptional regulator  31.51 
 
 		 195 aa  45.8  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.545642 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>