More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3554 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3554  hypothetical protein  100 
 
 		 468 aa  969    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0329887  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4667  FAD linked oxidase domain protein  82.8 
 
 		 469 aa  813    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.526864 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1674  FAD linked oxidase domain protein  83.23 
 
 		 468 aa  809    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0159335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1380  FAD linked oxidase domain protein  58.85 
 
 		 468 aa  528  1e-148  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.221073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1475  FAD linked oxidase-like  54.87 
 
 		 468 aa  478  1e-133  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3682  FAD linked oxidase-like  47.29 
 
 		 451 aa  392  1e-108  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5295  FAD linked oxidase domain protein  47.07 
 
 		 446 aa  388  1e-106  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1414  FAD linked oxidase domain protein  47.07 
 
 		 443 aa  382  1e-104  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1443  FAD linked oxidase domain protein  47.07 
 
 		 443 aa  382  1e-104  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1268  hypothetical protein  47.37 
 
 		 448 aa  369  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.76462  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2034  FAD linked oxidase domain protein  46.05 
 
 		 462 aa  353  2.9999999999999997e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0807703  normal  0.594146 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1715  FAD linked oxidase domain-containing protein  46.05 
 
 		 462 aa  352  1e-95  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.131468  normal  0.62537 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1099  FAD linked oxidase domain protein  46.73 
 
 		 456 aa  348  1e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.160498  normal  0.70916 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1368  FAD linked oxidase-like  45.58 
 
 		 446 aa  346  5e-94  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0179747 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3051  FAD linked oxidase-like  40.54 
 
 		 469 aa  327  2.0000000000000001e-88  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.89467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3873  FAD linked oxidase domain-containing protein  42.7 
 
 		 459 aa  322  8e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.132225  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5135  FAD linked oxidase domain protein  43.53 
 
 		 454 aa  317  4e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.949399  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3144  FAD linked oxidase domain-containing protein  42.29 
 
 		 463 aa  313  5.999999999999999e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.720764  normal  0.256061 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4761  FAD linked oxidase domain protein  40.67 
 
 		 457 aa  310  5e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.19101  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0567  hypothetical protein  39.46 
 
 		 449 aa  304  3.0000000000000004e-81  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.806895  decreased coverage  0.0060454 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0798  putative FAD linked oxidase  36.04 
 
 		 474 aa  276  4e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19871  FAD/FMN-containing dehydrogenase  38.31 
 
 		 459 aa  274  3e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0370705 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0869  FAD/FMN-containing dehydrogenase  37.91 
 
 		 450 aa  259  9e-68  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0855  hypothetical protein  37.96 
 
 		 449 aa  257  3e-67  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17231  FAD/FMN-containing dehydrogenase  37.67 
 
 		 450 aa  256  6e-67  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1537  hypothetical protein  37.19 
 
 		 452 aa  254  3e-66  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.90174  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_14641  FAD/FMN-containing dehydrogenase  36.51 
 
 		 451 aa  241  2e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14891  FAD/FMN-containing dehydrogenase  36.04 
 
 		 452 aa  241  2.9999999999999997e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15021  FAD/FMN-containing dehydrogenase  36.28 
 
 		 450 aa  240  5e-62  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.244066  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_13511  FAD/FMN-containing dehydrogenase  36.46 
 
 		 443 aa  237  3e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1399  FAD/FMN-containing dehydrogenase  35.59 
 
 		 451 aa  237  4e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.150639  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17300  FAD/FMN-dependent dehydrogenase  38.16 
 
 		 454 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0304649  normal  0.13811 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2134  hypothetical protein  36.47 
 
 		 1024 aa  105  1e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1737  hypothetical protein  37.95 
 
 		 1024 aa  102  1e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.522031  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1980  FAD linked oxidase domain protein  23.82 
 
 		 411 aa  100  5e-20  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0562  FAD linked oxidase domain protein  34.62 
 
 		 466 aa  98.6  2e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0988  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  23.04 
 
 		 475 aa  94  5e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0857891  hitchhiker  0.00240363 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3296  FAD linked oxidase domain-containing protein  37.43 
 
 		 473 aa  94  5e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0160978  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0727  FAD linked oxidase domain-containing protein  32.29 
 
 		 989 aa  91.7  2e-17  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0310  putative glycolate oxidase, subunit GlcD  33.5 
 
 		 466 aa  91.3  3e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1821  FAD linked oxidase domain-containing protein  27.85 
 
 		 409 aa  91.7  3e-17  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.778953  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1082  hypothetical protein  32.02 
 
 		 1015 aa  91.3  4e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0953  FAD linked oxidase-like protein  33.82 
 
 		 474 aa  90.9  4e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2926  FAD linked oxidase-like protein  34.9 
 
 		 500 aa  90.9  5e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2159  glycolate oxidase subunit GlcD  35.38 
 
 		 499 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251033 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5491  glycolate oxidase subunit GlcD  36.08 
 
 		 499 aa  88.6  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.187915  hitchhiker  0.000688169 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0305  glycolate oxidase subunit-like protein ysfC  33 
 
 		 466 aa  88.6  2e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4938  glycolate oxidase subunit GlcD  36.08 
 
 		 499 aa  88.6  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.408162  normal  0.0595953 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2018  glycolate oxidase subunit GlcD  35.38 
 
 		 499 aa  88.2  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.252442  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2494  FAD linked oxidase domain protein  25 
 
 		 472 aa  88.2  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1462  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  38.98 
 
 		 457 aa  88.2  3e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2664  putative D-lactate dehydrogenase (cytochrome) oxidoreductase protein  31.39 
 
 		 472 aa  87.8  4e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.829393  normal  0.501651 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1998  oxidoreductase, FAD-binding  34.95 
 
 		 460 aa  87.4  5e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0173  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.55 
 
 		 485 aa  87  7e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.155859  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3745  glycolate oxidase subunit GlcD  35.38 
 
 		 499 aa  86.3  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.337857  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2037  FAD linked oxidase domain protein  33.51 
 
 		 503 aa  86.3  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.159157  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3304  FAD linked oxidase domain-containing protein  34.18 
 
 		 490 aa  86.3  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.563604  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0033  glycolate oxidase subunit GlcD  35.42 
 
 		 499 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2540  FAD linked oxidase domain-containing protein  31.03 
 
 		 464 aa  86.3  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00114883  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2924  FAD linked oxidase-like protein  33.5 
 
 		 495 aa  86.3  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.469068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0132  FAD linked oxidase domain-containing protein  33.16 
 
 		 472 aa  85.5  0.000000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3555  glycolate oxidase, subunit GlcD  33.51 
 
 		 499 aa  85.1  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0108  FAD linked oxidase domain protein  36.93 
 
 		 457 aa  85.1  0.000000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2306  glycolate oxidase subunit GlcD  34.55 
 
 		 499 aa  84.3  0.000000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.354077  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3331  glycolate oxidase subunit GlcD  32.99 
 
 		 499 aa  84.3  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000167182 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2900  FAD linked oxidase domain protein  24.28 
 
 		 472 aa  84  0.000000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2219  glycolate oxidase subunit GlcD  33.68 
 
 		 499 aa  84  0.000000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.165204  hitchhiker  0.00964982 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3159  FAD linked oxidase domain protein  23.26 
 
 		 454 aa  83.6  0.000000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5704  FAD linked oxidase domain-containing protein  34.27 
 
 		 458 aa  84  0.000000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.715855  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0564  FAD linked oxidase domain protein  30.4 
 
 		 459 aa  83.6  0.000000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12303  dehydrogenase  32.99 
 
 		 459 aa  83.2  0.000000000000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2889  FAD linked oxidase domain protein  26.91 
 
 		 1000 aa  82.8  0.00000000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02320  FAD/FMN-dependent dehydrogenase  24.67 
 
 		 485 aa  82.4  0.00000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.26997  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2496  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  32.98 
 
 		 499 aa  82.4  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2202  glycolate oxidase subunit GlcD  34.86 
 
 		 499 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2902  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  32.98 
 
 		 497 aa  82.4  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.495619  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0409  FAD linked oxidase domain protein  30.77 
 
 		 472 aa  82.8  0.00000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43330  glycolate oxidase subunit GlcD  33.67 
 
 		 499 aa  82.4  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0577  FAD linked oxidase domain protein  30.4 
 
 		 459 aa  82.4  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000376973 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1651  FAD linked oxidase domain-containing protein  37.29 
 
 		 461 aa  82  0.00000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0997  FAD linked oxidase domain protein  32.5 
 
 		 498 aa  81.6  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1313  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  30.51 
 
 		 469 aa  81.6  0.00000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.130987  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2483  FAD linked oxidase domain protein  27.27 
 
 		 459 aa  81.6  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.203046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1234  FAD linked oxidase domain-containing protein  31.16 
 
 		 459 aa  81.6  0.00000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08570  FAD/FMN-dependent dehydrogenase  42.11 
 
 		 945 aa  81.3  0.00000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.695725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2410  FAD linked oxidase-like  34.31 
 
 		 474 aa  81.6  0.00000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6392  glycolate oxidase subunit GlcD  34.39 
 
 		 499 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2514  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  30.99 
 
 		 501 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5643  glycolate oxidase subunit GlcD  34.72 
 
 		 499 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.170782  normal  0.475418 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4464  FAD linked oxidase domain-containing protein  32.08 
 
 		 453 aa  80.9  0.00000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7454  glycolate oxidase subunit GlcD  34.72 
 
 		 499 aa  80.9  0.00000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.108738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0047  glycolate oxidase, subunit GlcD  33.17 
 
 		 483 aa  80.9  0.00000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.424124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0436  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  24.59 
 
 		 447 aa  80.5  0.00000000000006  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2790  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  32.47 
 
 		 506 aa  80.1  0.00000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2308  FAD linked oxidase-like  25.17 
 
 		 466 aa  80.5  0.00000000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1695  FAD linked oxidase domain protein  33.53 
 
 		 495 aa  80.1  0.00000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.84126 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4137  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  31.68 
 
 		 497 aa  80.1  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2666  glycolate oxidase FAD-linked subunit oxidoreductase  31.94 
 
 		 497 aa  80.1  0.00000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.530486  normal  0.344368 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2187  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  26.22 
 
 		 459 aa  80.1  0.00000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3204  FAD linked oxidase-like  33.14 
 
 		 497 aa  80.1  0.00000000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>