More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3745 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02848  glycolate oxidase subunit, FAD-linked  80.36 
 
 		 499 aa  827    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.139975  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0717  glycolate oxidase, subunit GlcD  80.56 
 
 		 499 aa  827    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7454  glycolate oxidase subunit GlcD  78.16 
 
 		 499 aa  818    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.108738  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3745  glycolate oxidase subunit GlcD  100 
 
 		 499 aa  1005    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.337857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3439  glycolate oxidase subunit GlcD  80.65 
 
 		 496 aa  826    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1501  glycolate oxidase, GlcD subunit  65.7 
 
 		 484 aa  662    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0901528  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6132  glycolate oxidase subunit GlcD  83.37 
 
 		 499 aa  840    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3555  glycolate oxidase, subunit GlcD  83.97 
 
 		 499 aa  867    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0721  glycolate oxidase subunit GlcD  80.76 
 
 		 499 aa  831    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3257  glycolate oxidase subunit GlcD  80.44 
 
 		 496 aa  824    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3331  glycolate oxidase subunit GlcD  84.77 
 
 		 499 aa  862    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000167182 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0047  glycolate oxidase, subunit GlcD  66.88 
 
 		 483 aa  635    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.424124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3152  glycolate oxidase subunit GlcD  80.65 
 
 		 496 aa  826    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0495  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  70.15 
 
 		 496 aa  704    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2219  glycolate oxidase subunit GlcD  84.57 
 
 		 499 aa  863    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000941234  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1637  FAD linked oxidase domain protein  67.16 
 
 		 503 aa  657    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.114103  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5643  glycolate oxidase subunit GlcD  77.56 
 
 		 499 aa  813    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.170782  normal  0.475418 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0033  glycolate oxidase subunit GlcD  78.56 
 
 		 499 aa  804    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6392  glycolate oxidase subunit GlcD  78.76 
 
 		 499 aa  820    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2159  glycolate oxidase subunit GlcD  95.39 
 
 		 499 aa  961    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251033 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0173  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  67.29 
 
 		 485 aa  679    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.155859  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02798  hypothetical protein  80.36 
 
 		 499 aa  827    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.160001  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2219  glycolate oxidase subunit GlcD  79.76 
 
 		 499 aa  821    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.165204  hitchhiker  0.00964982 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43330  glycolate oxidase subunit GlcD  87.17 
 
 		 499 aa  892    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2018  glycolate oxidase subunit GlcD  98.4 
 
 		 499 aa  989    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.252442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2687  glycolate oxidase subunit GlcD  79.36 
 
 		 499 aa  825    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2202  glycolate oxidase subunit GlcD  92.79 
 
 		 499 aa  938    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1665  glycolate oxidase, subunit GlcD  66.31 
 
 		 488 aa  637    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.121595  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1894  FAD linked oxidase domain-containing protein  66.53 
 
 		 500 aa  648    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140191 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4938  glycolate oxidase subunit GlcD  78.16 
 
 		 499 aa  795    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.408162  normal  0.0595953 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70690  glycolate oxidase subunit GlcD  83.57 
 
 		 499 aa  852    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0221  FAD linked oxidase domain-containing protein  69.16 
 
 		 501 aa  669    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.120176  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1362  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  66.31 
 
 		 488 aa  638    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2306  glycolate oxidase subunit GlcD  87.58 
 
 		 499 aa  894    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.354077  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5491  glycolate oxidase subunit GlcD  78.36 
 
 		 499 aa  794    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.187915  hitchhiker  0.000688169 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0203  glycolate oxidase subunit GlcD  87.37 
 
 		 499 aa  874    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.60934 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2037  FAD linked oxidase domain protein  70.21 
 
 		 503 aa  709    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.159157  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0997  FAD linked oxidase domain protein  67.52 
 
 		 498 aa  632  1e-180  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0650  FAD linked oxidase domain-containing protein  63.67 
 
 		 497 aa  628  1e-179  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2926  FAD linked oxidase-like protein  62.6 
 
 		 500 aa  629  1e-179  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0624  FAD linked oxidase domain-containing protein  63.67 
 
 		 497 aa  628  1e-179  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.864789  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2652  FAD linked oxidase domain-containing protein  63.88 
 
 		 497 aa  626  1e-178  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0510945 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3304  FAD linked oxidase domain-containing protein  63.05 
 
 		 490 aa  626  1e-178  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.563604  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0702  FAD linked oxidase domain-containing protein  63.88 
 
 		 497 aa  624  1e-177  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.138361 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1650  glycolate oxidase subunit D  62.76 
 
 		 492 aa  624  1e-177  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.054636 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3315  FAD linked oxidase, C-terminal:FAD linked oxidase, N-terminal  64.54 
 
 		 496 aa  621  1e-177  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.422643  hitchhiker  0.00320306 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3820  FAD linked oxidase-like  63.88 
 
 		 497 aa  624  1e-177  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0635309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0250  FAD linked oxidase-like  63.88 
 
 		 497 aa  624  1e-177  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.579749  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0734  FAD linked oxidase domain-containing protein  63.88 
 
 		 497 aa  624  1e-177  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.651197  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0720  FAD linked oxidase domain protein  63.67 
 
 		 497 aa  623  1e-177  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.732845 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1885  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  62.76 
 
 		 492 aa  620  1e-176  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.78076  hitchhiker  0.00459775 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2514  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  63.05 
 
 		 501 aa  620  1e-176  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2666  glycolate oxidase FAD-linked subunit oxidoreductase  61.93 
 
 		 497 aa  615  1e-175  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.530486  normal  0.344368 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1291  glycolate oxidase, subunit GlcD  62.84 
 
 		 497 aa  615  1e-175  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2414  glycolate oxidase, subunit GlcD  62.63 
 
 		 497 aa  611  9.999999999999999e-175  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3296  putative glycolate oxidase, subunit GlcD  62.63 
 
 		 497 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3342  glycolate oxidase, subunit GlcD  62.63 
 
 		 497 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3978  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  63.05 
 
 		 497 aa  614  9.999999999999999e-175  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0945147 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3330  putative glycolate oxidase, subunit GlcD  62.63 
 
 		 497 aa  611  9.999999999999999e-175  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.510979  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2601  glycolate oxidase, subunit GlcD  62.63 
 
 		 497 aa  611  9.999999999999999e-175  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0331  glycolate oxidase, subunit GlcD  62.63 
 
 		 497 aa  611  9.999999999999999e-175  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2496  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  61.75 
 
 		 499 aa  611  1e-173  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2902  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  61.32 
 
 		 497 aa  610  1e-173  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.495619  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3638  putative glycolate oxidase (FAD-linked subunit) oxidoreductase protein  62.16 
 
 		 504 aa  609  1e-173  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.147047  normal  0.472178 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3260  FAD linked oxidase domain-containing protein  61.38 
 
 		 512 aa  610  1e-173  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.440454 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1192  glycolate oxidase, subunit GlcD  62.42 
 
 		 497 aa  610  1e-173  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2790  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  63.83 
 
 		 506 aa  606  9.999999999999999e-173  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0959  putative glycolate oxidase (FAD-linked subunit) oxidoreductase protein  61.59 
 
 		 501 aa  597  1e-169  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.967814  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1170  FAD linked oxidase domain-containing protein  62.16 
 
 		 529 aa  595  1e-169  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0425  FAD linked oxidase domain-containing protein  61.13 
 
 		 494 aa  588  1e-167  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0417  FAD linked oxidase domain protein  62.16 
 
 		 500 aa  585  1e-166  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.589159  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0222  FAD linked oxidase domain protein  62.79 
 
 		 502 aa  585  1e-166  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0645  FAD linked oxidase domain-containing protein  62.16 
 
 		 511 aa  585  1e-166  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.257719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1083  FAD linked oxidase domain-containing protein  62.79 
 
 		 517 aa  583  1.0000000000000001e-165  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0625  FAD linked oxidase domain-containing protein  62.79 
 
 		 511 aa  582  1.0000000000000001e-165  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0433  FAD linked oxidase-like  62.42 
 
 		 500 aa  583  1.0000000000000001e-165  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00114577  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0293  FAD linked oxidase domain-containing protein  61.95 
 
 		 500 aa  582  1.0000000000000001e-165  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1781  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  61.12 
 
 		 501 aa  582  1.0000000000000001e-165  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0991  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  60.08 
 
 		 497 aa  579  1e-164  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0782856  normal  0.327269 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1321  FAD linked oxidase domain protein  56.11 
 
 		 497 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0606  FAD linked oxidase-like  61.33 
 
 		 492 aa  574  1.0000000000000001e-162  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1695  FAD linked oxidase domain protein  59.08 
 
 		 495 aa  570  1e-161  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.84126 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1827  FAD linked oxidase-like  55.91 
 
 		 497 aa  567  1e-160  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.049746  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4137  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  55.51 
 
 		 497 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0364  FAD linked oxidase-like  58.01 
 
 		 498 aa  560  1e-158  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4736  FAD linked oxidase-like  55.74 
 
 		 497 aa  553  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.369244  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2581  FAD linked oxidase  56.67 
 
 		 497 aa  550  1e-155  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.209325 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1870  FAD linked oxidase domain-containing protein  57.2 
 
 		 502 aa  550  1e-155  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.200444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3010  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  59.16 
 
 		 498 aa  545  1e-154  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0180  glycolate oxidase, subunit GlcD  58.95 
 
 		 498 aa  538  9.999999999999999e-153  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.74675  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0161  glycolate oxidase, subunit GlcD  59.16 
 
 		 498 aa  540  9.999999999999999e-153  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0407483  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1899  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  58.58 
 
 		 496 aa  535  1e-151  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1662  glycolate oxidase, subunit GlcD  57 
 
 		 497 aa  535  1e-151  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3204  FAD linked oxidase-like  56.67 
 
 		 497 aa  525  1e-147  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0160  FAD linked oxidase domain protein  51.68 
 
 		 483 aa  498  1e-140  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02320  FAD/FMN-dependent dehydrogenase  53.03 
 
 		 485 aa  488  1e-137  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.26997  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0276  glycolate oxidase subunit GlcD  52.63 
 
 		 490 aa  484  1e-135  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2833  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  52.29 
 
 		 484 aa  483  1e-135  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2520  glycolate oxidase subunit GlcD  50.21 
 
 		 492 aa  481  1e-134  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.855271  normal  0.213309 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1664  glycolate oxidase subunit GlcD  48.35 
 
 		 489 aa  481  1e-134  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.922134  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>