284 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1948 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1948  lipoate-protein ligase B  100 
 
 		 243 aa  494  1e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2074  lipoate-protein ligase B  75.53 
 
 		 237 aa  372  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1871  lipoate-protein ligase B  74.37 
 
 		 237 aa  373  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.159982  normal  0.0798648 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1026  lipoate-protein ligase B  72.8 
 
 		 262 aa  363  2e-99  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00000441542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1045  lipoyltransferase  70.51 
 
 		 246 aa  331  5e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0860459  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0589  lipoate-protein ligase B  71.3 
 
 		 267 aa  328  6e-89  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0555  lipoate-protein ligase B  70.83 
 
 		 267 aa  326  2.0000000000000001e-88  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3655  lipoate-protein ligase B  67.1 
 
 		 270 aa  318  5e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1621  lipoate-protein ligase B  65.68 
 
 		 239 aa  312  2.9999999999999996e-84  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00888371  normal  0.103618 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0698  lipoate-protein ligase B  67.57 
 
 		 244 aa  308  6.999999999999999e-83  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0898  lipoate-protein ligase B  57.94 
 
 		 241 aa  301  7.000000000000001e-81  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.572856  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2381  lipoate-protein ligase B  67.61 
 
 		 220 aa  300  1e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.735279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3805  lipoate-protein ligase B  66.06 
 
 		 243 aa  300  2e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0737011 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4082  lipoate-protein ligase B  66.67 
 
 		 262 aa  299  3e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2774  lipoate-protein ligase B  64.32 
 
 		 225 aa  297  1e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.258038  normal  0.144607 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4211  lipoate-protein ligase B  64.6 
 
 		 244 aa  294  7e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.374535 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4892  lipoate-protein ligase B  64.83 
 
 		 240 aa  293  2e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.861284  normal  0.17832 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6295  lipoate-protein ligase B  62.72 
 
 		 236 aa  292  3e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4581  lipoate-protein ligase B  66.36 
 
 		 244 aa  291  5e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0665  lipoate-protein ligase B  64.79 
 
 		 218 aa  287  1e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.119674  normal  0.0262975 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3579  lipoate-protein ligase B  65.4 
 
 		 245 aa  285  5e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1252  lipoyltransferase  65.89 
 
 		 216 aa  285  7e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.33407 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2371  lipoate-protein ligase B  62.14 
 
 		 255 aa  283  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.417087  normal  0.838068 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3083  lipoate-protein ligase B  64.16 
 
 		 255 aa  282  3.0000000000000004e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.372719 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1878  lipoate-protein ligase B  64.32 
 
 		 218 aa  282  4.0000000000000003e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0528  lipoate-protein ligase B  64.32 
 
 		 218 aa  282  4.0000000000000003e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.740621  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3348  lipoate-protein ligase B  65.11 
 
 		 247 aa  282  4.0000000000000003e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1936  lipoyltransferase  64.79 
 
 		 218 aa  276  1e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00922586 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3161  lipoate-protein ligase B  64.57 
 
 		 241 aa  271  7e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3088  lipoyltransferase  62.84 
 
 		 225 aa  270  2e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2163  lipoyltransferase  62.98 
 
 		 241 aa  269  2.9999999999999997e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4726  lipoate-protein ligase B  64.62 
 
 		 211 aa  268  7e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.78228  normal  0.0194812 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5311  lipoate-protein ligase B  64.98 
 
 		 235 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0319626 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1996  lipoate-protein ligase B  58.33 
 
 		 216 aa  265  5.999999999999999e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.895983  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1731  lipoyltransferase  59.91 
 
 		 231 aa  264  8.999999999999999e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.558674  normal  0.523049 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1401  lipoate-protein ligase B  54.67 
 
 		 223 aa  232  3e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.482656  normal  0.150956 
 
 
-
 
NC_002978  WD1014  lipoate-protein ligase B  48.58 
 
 		 205 aa  230  2e-59  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.449501  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1745  lipoate-protein ligase B  57.6 
 
 		 226 aa  229  2e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.548162  normal  0.138545 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0371  lipoate-protein ligase B  46.73 
 
 		 214 aa  221  9.999999999999999e-57  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0131987  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0120  lipoate-protein ligase B  51.14 
 
 		 232 aa  221  9.999999999999999e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.580477  normal  0.0291639 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2290  lipoate-protein ligase B  51.83 
 
 		 228 aa  218  5e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0640  lipoate-protein ligase B  46.73 
 
 		 214 aa  216  2e-55  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1350  lipoate-protein ligase B  53.37 
 
 		 217 aa  215  4e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.619841  normal  0.0278741 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0100  lipoate-protein ligase B  43.98 
 
 		 209 aa  211  7e-54  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0094  lipoate-protein ligase B  55.44 
 
 		 222 aa  210  1e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0109  lipoate-protein ligase B  44.92 
 
 		 207 aa  152  5e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.20872  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2704  lipoate-protein ligase B  45.45 
 
 		 203 aa  149  5e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0269  lipoate-protein ligase B  41.38 
 
 		 218 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.896037 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04288  lipoate-protein ligase B  42.36 
 
 		 224 aa  147  1.0000000000000001e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0528  lipoate-protein ligase B  40.1 
 
 		 212 aa  143  2e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.58244  normal  0.525035 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0288  lipoate-protein ligase B  39.38 
 
 		 205 aa  141  8e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2199  lipoate-protein ligase B  41.54 
 
 		 212 aa  140  9.999999999999999e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0165634 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2569  lipoate-protein ligase B  41.54 
 
 		 212 aa  140  9.999999999999999e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1196  lipoate-protein ligase B  39.13 
 
 		 222 aa  139  3e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1514  lipoyltransferase  33.98 
 
 		 199 aa  138  7e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1015  lipoate-protein ligase B  42.41 
 
 		 217 aa  138  7e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3443  lipoate-protein ligase B  41.87 
 
 		 236 aa  138  7.999999999999999e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.822951  normal  0.715309 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2037  lipoate-protein ligase B  34.74 
 
 		 228 aa  138  7.999999999999999e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3155  lipoate-protein ligase B  38.65 
 
 		 227 aa  137  1e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000182986  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00599  lipoyltransferase  39.5 
 
 		 213 aa  137  2e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2996  lipoate-protein ligase B  39.5 
 
 		 213 aa  137  2e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000404863  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0718  lipoate-protein ligase B  39.5 
 
 		 213 aa  137  2e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000105703  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00588  hypothetical protein  39.5 
 
 		 213 aa  137  2e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.277284  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2954  lipoate-protein ligase B  38.79 
 
 		 233 aa  137  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000757866  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1469  lipoyltransferase  34.47 
 
 		 199 aa  137  2e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0655  lipoate-protein ligase B  39.5 
 
 		 213 aa  137  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000162879  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0350  lipoate-protein ligase B  38.16 
 
 		 211 aa  136  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0682  lipoate-protein ligase B  39.5 
 
 		 213 aa  137  2e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000064187  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0621  lipoate-protein ligase B  39.5 
 
 		 213 aa  137  2e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3015  lipoate-protein ligase B  39.5 
 
 		 213 aa  137  2e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0323475  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4188  lipoyltransferase  40.48 
 
 		 213 aa  136  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0627971 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0693  lipoate-protein ligase B  36.71 
 
 		 216 aa  137  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3026  lipoate-protein ligase B  38.79 
 
 		 233 aa  136  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0519842  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4467  lipoate-protein ligase B  36.91 
 
 		 230 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3031  lipoate-protein ligase B  38.21 
 
 		 227 aa  136  3.0000000000000003e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0600  lipoate-protein ligase B  43.18 
 
 		 226 aa  136  3.0000000000000003e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.180969  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3883  lipoyltransferase  37.7 
 
 		 202 aa  135  4e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.833664 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004227  octanoate-[acyl-carrier-protein]-protein-N- octanoyltransferase  37.62 
 
 		 220 aa  135  4e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000231315  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1176  lipoate-protein ligase B  38.92 
 
 		 227 aa  136  4e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000926852  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0555  lipoate-protein ligase B  43.18 
 
 		 226 aa  135  4e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.668487  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0468  lipoate-protein ligase B  38.17 
 
 		 219 aa  135  5e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000117999  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1854  lipoate-protein ligase B  38.32 
 
 		 232 aa  135  7.000000000000001e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000629456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01212  lipoate-protein ligase B  37.62 
 
 		 220 aa  135  9e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0650  lipoate-protein ligase B  39 
 
 		 213 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000116189  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3220  lipoate-protein ligase B  40.1 
 
 		 239 aa  134  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0755352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2747  lipoate-protein ligase B  38.46 
 
 		 213 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2875  lipoate-protein ligase B  36.45 
 
 		 219 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00372643  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2876  lipoyltransferase  39.59 
 
 		 239 aa  133  3e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3335  lipoate-protein ligase B  36.2 
 
 		 216 aa  132  3.9999999999999996e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000375701  normal  0.0176495 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4854  lipoate-protein ligase B  38.19 
 
 		 215 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1087  lipoate-protein ligase B  35.75 
 
 		 229 aa  132  6e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.183357  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2594  lipoate-protein ligase B  35.96 
 
 		 216 aa  132  6e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00491142  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2969  lipoate-protein ligase B  36.63 
 
 		 244 aa  132  6.999999999999999e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0168211  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1165  lipoyltransferase  40.11 
 
 		 213 aa  131  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.330887  normal  0.173019 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0700  lipoate-protein ligase B  36.53 
 
 		 228 aa  131  1.0000000000000001e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.248004  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2630  lipoate-protein ligase B  38.16 
 
 		 224 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1701  lipoate-protein ligase B  35.62 
 
 		 231 aa  130  1.0000000000000001e-29  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3155  lipoate-protein ligase B  35.96 
 
 		 219 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000390793  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0243  lipoate-protein ligase B  34.7 
 
 		 224 aa  130  1.0000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3714  lipoate-protein ligase B  33.5 
 
 		 219 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000923711  hitchhiker  0.00434688 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>