285 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3348 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3348  lipoate-protein ligase B  100 
 
 		 247 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2371  lipoate-protein ligase B  76.6 
 
 		 255 aa  352  2.9999999999999997e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.417087  normal  0.838068 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3083  lipoate-protein ligase B  77.16 
 
 		 255 aa  352  2.9999999999999997e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.372719 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4892  lipoate-protein ligase B  80.33 
 
 		 240 aa  346  2e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.861284  normal  0.17832 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3579  lipoate-protein ligase B  77.73 
 
 		 245 aa  346  2e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2163  lipoyltransferase  75.97 
 
 		 241 aa  338  4e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1621  lipoate-protein ligase B  70 
 
 		 239 aa  329  3e-89  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00888371  normal  0.103618 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1731  lipoyltransferase  70.56 
 
 		 231 aa  325  5e-88  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.558674  normal  0.523049 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0698  lipoate-protein ligase B  66.95 
 
 		 244 aa  318  5e-86  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4082  lipoate-protein ligase B  72.2 
 
 		 262 aa  313  9.999999999999999e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3655  lipoate-protein ligase B  67.09 
 
 		 270 aa  311  7.999999999999999e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0589  lipoate-protein ligase B  70.45 
 
 		 267 aa  308  4e-83  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0898  lipoate-protein ligase B  64.29 
 
 		 241 aa  308  4e-83  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.572856  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0555  lipoate-protein ligase B  70 
 
 		 267 aa  308  5e-83  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1045  lipoyltransferase  69.41 
 
 		 246 aa  306  2.0000000000000002e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0860459  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3805  lipoate-protein ligase B  70.78 
 
 		 243 aa  305  4.0000000000000004e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0737011 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6295  lipoate-protein ligase B  66.24 
 
 		 236 aa  305  6e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2774  lipoate-protein ligase B  69.86 
 
 		 225 aa  303  1.0000000000000001e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.258038  normal  0.144607 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1948  lipoate-protein ligase B  65.11 
 
 		 243 aa  302  4.0000000000000003e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1026  lipoate-protein ligase B  67.86 
 
 		 262 aa  299  3e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00000441542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4211  lipoate-protein ligase B  66.26 
 
 		 244 aa  297  1e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.374535 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4581  lipoate-protein ligase B  65.84 
 
 		 244 aa  295  6e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2381  lipoate-protein ligase B  67.91 
 
 		 220 aa  292  3e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.735279  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2074  lipoate-protein ligase B  65.02 
 
 		 237 aa  285  5.999999999999999e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1878  lipoate-protein ligase B  67.13 
 
 		 218 aa  284  7e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0528  lipoate-protein ligase B  67.13 
 
 		 218 aa  284  8e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.740621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0665  lipoate-protein ligase B  66.51 
 
 		 218 aa  281  7.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.119674  normal  0.0262975 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1871  lipoate-protein ligase B  63.68 
 
 		 237 aa  280  1e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.159982  normal  0.0798648 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5311  lipoate-protein ligase B  69.23 
 
 		 235 aa  275  4e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0319626 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1252  lipoyltransferase  66.2 
 
 		 216 aa  274  8e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.33407 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3161  lipoate-protein ligase B  66.81 
 
 		 241 aa  273  2.0000000000000002e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4726  lipoate-protein ligase B  70.62 
 
 		 211 aa  271  7e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.78228  normal  0.0194812 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1996  lipoate-protein ligase B  61.82 
 
 		 216 aa  268  5e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.895983  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1936  lipoyltransferase  67.13 
 
 		 218 aa  261  8e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00922586 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1745  lipoate-protein ligase B  65.16 
 
 		 226 aa  260  1e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.548162  normal  0.138545 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3088  lipoyltransferase  63.01 
 
 		 225 aa  248  9e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1401  lipoate-protein ligase B  58.45 
 
 		 223 aa  241  5e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.482656  normal  0.150956 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2290  lipoate-protein ligase B  61.57 
 
 		 228 aa  241  6e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0120  lipoate-protein ligase B  57.14 
 
 		 232 aa  234  1.0000000000000001e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.580477  normal  0.0291639 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0371  lipoate-protein ligase B  47.87 
 
 		 214 aa  228  8e-59  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0131987  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1014  lipoate-protein ligase B  48.56 
 
 		 205 aa  226  2e-58  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.449501  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1350  lipoate-protein ligase B  55.24 
 
 		 217 aa  223  2e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.619841  normal  0.0278741 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0094  lipoate-protein ligase B  58.76 
 
 		 222 aa  220  1.9999999999999999e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0640  lipoate-protein ligase B  44.6 
 
 		 214 aa  213  1.9999999999999998e-54  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0100  lipoate-protein ligase B  42.33 
 
 		 209 aa  181  7e-45  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3155  lipoate-protein ligase B  43.16 
 
 		 227 aa  150  2e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000182986  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2037  lipoate-protein ligase B  37.62 
 
 		 228 aa  149  3e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1176  lipoate-protein ligase B  42.63 
 
 		 227 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000926852  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4467  lipoate-protein ligase B  41.89 
 
 		 230 aa  146  3e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1196  lipoate-protein ligase B  43.65 
 
 		 222 aa  145  5e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0269  lipoate-protein ligase B  46.08 
 
 		 218 aa  145  8.000000000000001e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.896037 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2039  lipoate-protein ligase B  46.49 
 
 		 365 aa  144  1e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.237895  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2109  lipoate-protein ligase B  46.49 
 
 		 365 aa  144  1e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0939106  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1821  lipoate-protein ligase B  45.95 
 
 		 365 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3026  lipoate-protein ligase B  41.35 
 
 		 233 aa  144  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0519842  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1999  lipoate-protein ligase B  44.86 
 
 		 383 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2954  lipoate-protein ligase B  40.87 
 
 		 233 aa  143  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000757866  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0528  lipoate-protein ligase B  42.21 
 
 		 212 aa  142  3e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.58244  normal  0.525035 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0350  lipoate-protein ligase B  40.89 
 
 		 211 aa  141  8e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1854  lipoate-protein ligase B  40.87 
 
 		 232 aa  141  8e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000629456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3335  lipoate-protein ligase B  42.33 
 
 		 216 aa  140  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000375701  normal  0.0176495 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1701  lipoate-protein ligase B  38.18 
 
 		 231 aa  139  3.9999999999999997e-32  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2747  lipoate-protein ligase B  43.01 
 
 		 213 aa  139  3.9999999999999997e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1269  lipoate-protein ligase B  41 
 
 		 214 aa  137  1e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0288  lipoate-protein ligase B  41.49 
 
 		 205 aa  137  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2259  lipoate-protein ligase B  43.39 
 
 		 259 aa  136  2e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4854  lipoate-protein ligase B  41.84 
 
 		 215 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04288  lipoate-protein ligase B  44.63 
 
 		 224 aa  137  2e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2704  lipoate-protein ligase B  45.51 
 
 		 203 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0555  lipoate-protein ligase B  43.78 
 
 		 226 aa  136  3.0000000000000003e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.668487  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3443  lipoate-protein ligase B  43.78 
 
 		 236 aa  136  4e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.822951  normal  0.715309 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0677  lipoate-protein ligase B  44.05 
 
 		 213 aa  135  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000835576  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0751  lipoate-protein ligase B  44.05 
 
 		 213 aa  135  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.184656  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0795  lipoate-protein ligase B  44.05 
 
 		 213 aa  135  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0561601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0737  lipoate-protein ligase B  44.05 
 
 		 213 aa  135  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00974636  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0691  lipoate-protein ligase B  44.05 
 
 		 213 aa  135  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0223479  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00599  lipoyltransferase  48.23 
 
 		 213 aa  135  5e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2996  lipoate-protein ligase B  48.23 
 
 		 213 aa  135  5e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000404863  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0655  lipoate-protein ligase B  48.23 
 
 		 213 aa  135  5e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000162879  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0682  lipoate-protein ligase B  48.23 
 
 		 213 aa  135  5e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000064187  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0621  lipoate-protein ligase B  48.23 
 
 		 213 aa  135  5e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00588  hypothetical protein  48.23 
 
 		 213 aa  135  5e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.277284  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0718  lipoate-protein ligase B  48.23 
 
 		 213 aa  135  5e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000105703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0650  lipoate-protein ligase B  48.23 
 
 		 213 aa  135  5e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000116189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3015  lipoate-protein ligase B  48.23 
 
 		 213 aa  135  5e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0323475  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2969  lipoate-protein ligase B  44.85 
 
 		 244 aa  135  8e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0168211  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1165  lipoyltransferase  45.89 
 
 		 213 aa  134  9.999999999999999e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.330887  normal  0.173019 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0600  lipoate-protein ligase B  44.28 
 
 		 226 aa  134  9.999999999999999e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.180969  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0097  lipoate-protein ligase B  38.1 
 
 		 207 aa  133  1.9999999999999998e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1087  lipoate-protein ligase B  41.24 
 
 		 229 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.183357  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3883  lipoyltransferase  39.61 
 
 		 202 aa  132  5e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.833664 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05530  lipoate-protein ligase B  39.68 
 
 		 233 aa  132  6e-30  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0693  lipoate-protein ligase B  40.68 
 
 		 216 aa  132  6e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1469  lipoyltransferase  38.19 
 
 		 199 aa  132  6.999999999999999e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1551  lipoate-protein ligase B  46.54 
 
 		 220 aa  132  6.999999999999999e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1514  lipoyltransferase  38.69 
 
 		 199 aa  131  1.0000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2353  lipoyltransferase  40.31 
 
 		 233 aa  131  1.0000000000000001e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0466  lipoyltransferase  42.08 
 
 		 244 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1859  lipoate-protein ligase B  44 
 
 		 218 aa  130  2.0000000000000002e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.764721 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0620  lipoate-protein ligase B  41.33 
 
 		 215 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>