More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3888 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_3888  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 187 aa  372  1e-102  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2081  transcriptional regulator, TetR family  42.16 
 
 		 193 aa  132  3.9999999999999996e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.586313 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2354  transcriptional regulator, TetR family  45.16 
 
 		 184 aa  119  1.9999999999999998e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.371839  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2653  TetR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 186 aa  118  6e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2624  TetR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 186 aa  118  6e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.184874  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2668  TetR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 186 aa  118  6e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.323955  normal  0.884032 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5046  putative transcriptional regulator, TetR family  41.82 
 
 		 193 aa  115  3e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.373913  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5045  transcriptional regulator, TetR family  60.2 
 
 		 198 aa  112  3e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2619  transcriptional regulator, TetR family  42.11 
 
 		 192 aa  110  8.000000000000001e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0718  transcriptional regulator, TetR family  39.69 
 
 		 211 aa  107  1e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0590  transcriptional regulator, TetR family  48.3 
 
 		 189 aa  102  3e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2217  transcriptional regulator, TetR family  45.1 
 
 		 199 aa  102  4e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5028  transcriptional regulator, TetR family  38.25 
 
 		 194 aa  99.8  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4234  transcriptional regulator, TetR family  39.13 
 
 		 192 aa  94.4  9e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0811126  normal  0.324857 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7126  transcriptional regulator, TetR family  39.13 
 
 		 192 aa  93.6  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.992897  normal  0.625584 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6452  transcriptional regulator, TetR family  40.76 
 
 		 264 aa  90.5  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4577  transcriptional regulator, TetR family  46.73 
 
 		 196 aa  87.4  1e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.957651 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3565  transcriptional regulator, TetR family  47.96 
 
 		 189 aa  86.3  2e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0847285  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6717  transcriptional regulator, TetR family  41.07 
 
 		 195 aa  86.3  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.477187  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1946  transcriptional regulator, TetR family  44.23 
 
 		 191 aa  82.8  0.000000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.173435  hitchhiker  0.00972871 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5223  putative transcriptional regulator, TetR family  50.51 
 
 		 186 aa  80.9  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.846379 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4301  transcriptional regulator, TetR family  46.23 
 
 		 221 aa  71.2  0.000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3995  TetR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 243 aa  70.5  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1007  transcription regulator protein  53.03 
 
 		 239 aa  69.3  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.605979  normal  0.178446 
 
 
-
 
NC_003296  RS02063  putative transcription regulator transcription regulator protein  56.67 
 
 		 224 aa  68.9  0.00000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0495626  normal  0.936254 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1048  TetR family transcriptional regulator  56.67 
 
 		 210 aa  68.9  0.00000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1016  TetR family transcriptional regulator  56.67 
 
 		 210 aa  68.9  0.00000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00988275  normal  0.688061 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4181  transcriptional regulator, TetR family  60 
 
 		 227 aa  68.9  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221958 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3309  TetR family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 210 aa  67  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1237  transcriptional regulator, TetR family  51.52 
 
 		 210 aa  67  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.665439 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1713  TetR family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 210 aa  67  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.312899  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2325  TetR family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 210 aa  67  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2095  TetR family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 210 aa  67  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0799745 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0952  TetR family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 210 aa  67  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0602788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5667  TetR family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 210 aa  67  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2364  TetR family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 210 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0873  transcriptional regulator, TetR family  53.03 
 
 		 231 aa  66.6  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.326269 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0938  transcriptional regulator, TetR family  51.52 
 
 		 231 aa  65.9  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0638862 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1864  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 218 aa  65.9  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.796207  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3330  TetR family transcriptional regulator  55.74 
 
 		 225 aa  66.2  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.648103  normal  0.907597 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4046  TetR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 206 aa  66.2  0.0000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0577421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5646  TetR family transcriptional regulator  55.93 
 
 		 233 aa  65.5  0.0000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.176197  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1929  TetR family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 210 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.434465  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1338  TetR family regulatory protein  51.52 
 
 		 210 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0972  TetR family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 210 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.299865  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1185  TetR family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 210 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.193625  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1177  TetR family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 210 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0841  TetR family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 210 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1024  TetR family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 210 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.420909  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0307  TetR family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 210 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.45423  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0413  TetR family transcriptional regulator  55 
 
 		 227 aa  64.7  0.0000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2917  TetR family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 218 aa  64.3  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.761743  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2776  transcriptional regulator, TetR family  58.93 
 
 		 209 aa  63.5  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.376535  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0622  TetR family transcriptional regulator  51.67 
 
 		 216 aa  63.5  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2226  transcriptional regulator, TetR family  51.52 
 
 		 223 aa  63.5  0.000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.407434  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2249  transcriptional regulator, TetR family  51.67 
 
 		 228 aa  63.2  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.115177  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2681  transcriptional regulator, TetR family  58.93 
 
 		 209 aa  63.2  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.387724  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0994  transcriptional regulator, TetR family  52.73 
 
 		 214 aa  62.4  0.000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.146386  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3117  TetR family transcriptional regulator  57.89 
 
 		 248 aa  62.4  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4502  TetR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 241 aa  62.4  0.000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.595773 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04039  hypothetical protein  42.47 
 
 		 215 aa  62  0.000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000282396  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3101  TetR family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 230 aa  62  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.359837  normal  0.83525 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3413  transcriptional regulator, TetR family  49.21 
 
 		 246 aa  62  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3801  TetR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 215 aa  61.6  0.000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000675626  normal  0.64863 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4455  TetR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 215 aa  61.6  0.000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.10893e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1988  TetR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 208 aa  61.6  0.000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1190  TetR family transcriptional regulator  58.18 
 
 		 209 aa  61.6  0.000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.106163  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6229  transcriptional regulator TetR family  60.38 
 
 		 240 aa  61.2  0.000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.93873  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3411  transcriptional regulator, TetR family  40.78 
 
 		 206 aa  60.8  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.945663  normal  0.0722688 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3059  TetR family transcriptional regulator  38.53 
 
 		 205 aa  60.5  0.00000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4427  TetR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 216 aa  60.5  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1062  TetR family transcriptional regulator  57.69 
 
 		 210 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0959794  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38090  TetR-family transcriptional regulatory protein  41.49 
 
 		 221 aa  60.8  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0395776  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3598  TetR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 227 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.646734  normal  0.699465 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0328  putative transcriptional regulator  52.63 
 
 		 222 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4014  transcriptional regulator, TetR family  53.33 
 
 		 225 aa  60.1  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2332  TetR family transcriptional regulator  49.21 
 
 		 202 aa  60.5  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4343  transcriptional regulator, TetR family  53.33 
 
 		 225 aa  59.7  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0349599  decreased coverage  0.000000750918 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0015  TetR family transcriptional regulator  55.36 
 
 		 214 aa  60.1  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.576639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03010  TetR family transcriptional regulator  52.63 
 
 		 222 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000381229 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2316  transcriptional regulator, TetR family  59.62 
 
 		 220 aa  59.7  0.00000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.166278  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4747  transcriptional regulator, TetR family  50.94 
 
 		 215 aa  59.7  0.00000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000342659  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0116  transcriptional regulator, TetR family  48.39 
 
 		 218 aa  59.3  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3527  TetR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 227 aa  58.9  0.00000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0655225  normal  0.540257 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1358  TetR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 202 aa  58.9  0.00000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2401  TetR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 223 aa  58.9  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.853887 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5245  transcriptional regulator, TetR family  54.72 
 
 		 251 aa  58.9  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4682  TetR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 212 aa  59.3  0.00000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000014918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4773  TetR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 212 aa  58.9  0.00000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164473  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2247  TetR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 227 aa  58.9  0.00000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5093  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 233 aa  58.9  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0355233 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4577  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 247 aa  58.5  0.00000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7595  transcriptional regulator TetR family  48.39 
 
 		 223 aa  58.5  0.00000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5928  transcriptional regulator, TetR family  41.33 
 
 		 215 aa  58.5  0.00000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.511087  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0636  TetR family transcriptional regulator  60.38 
 
 		 250 aa  58.2  0.00000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0304513 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2226  TetR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 223 aa  57.8  0.00000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.145555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0125  TetR family transcriptional regulator  52.54 
 
 		 238 aa  57.8  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.493759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0035  putative transcriptional regulator, TetR family  49.15 
 
 		 202 aa  57.8  0.00000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2348  TetR family transcriptional regulator  52.73 
 
 		 192 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.105911 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0886  TetR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 231 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>