More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5947 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008786  Veis_4726  extracellular solute-binding protein  66.02 
 
 		 529 aa  719    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1443  extracellular solute-binding protein  72.07 
 
 		 517 aa  748    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.13157 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5947  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 		 521 aa  1073    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.281116  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6643  extracellular solute-binding protein family 5  47.4 
 
 		 514 aa  500  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.19211 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2436  extracellular solute-binding protein  46.83 
 
 		 514 aa  482  1e-135  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  30.22 
 
 		 510 aa  169  1e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 515 aa  167  4e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0111  extracellular solute-binding protein family 5  28.27 
 
 		 517 aa  165  2.0000000000000002e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1090  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28.91 
 
 		 514 aa  164  4.0000000000000004e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  28.65 
 
 		 541 aa  164  4.0000000000000004e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  28 
 
 		 538 aa  162  1e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  30.53 
 
 		 508 aa  160  4e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4147  extracellular solute-binding protein  28.29 
 
 		 518 aa  160  5e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  28.18 
 
 		 505 aa  160  6e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3892  ABC di/oligopeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  28.29 
 
 		 518 aa  160  6e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.206545  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  26.61 
 
 		 546 aa  159  9e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1189  extracellular solute-binding protein  29.05 
 
 		 525 aa  159  1e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0440454  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  28.32 
 
 		 534 aa  158  2e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2049  extracellular solute-binding protein  26.64 
 
 		 540 aa  158  3e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0985  extracellular solute-binding protein  29.45 
 
 		 511 aa  157  5.0000000000000005e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.252461  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6651  extracellular solute-binding protein  28.09 
 
 		 498 aa  156  7e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.45162  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0431  extracellular solute-binding protein  27.53 
 
 		 522 aa  155  2e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  25.96 
 
 		 524 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 512 aa  152  1e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 512 aa  152  1e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 512 aa  152  1e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0139  extracellular solute-binding protein  30.3 
 
 		 502 aa  152  1e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.184027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  28.43 
 
 		 520 aa  152  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.89 
 
 		 510 aa  151  3e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  27.95 
 
 		 544 aa  151  3e-35  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.88 
 
 		 538 aa  150  5e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0810  extracellular solute-binding protein  27.76 
 
 		 489 aa  150  6e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1988  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  26.8 
 
 		 505 aa  149  8e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.693495  normal  0.584075 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1661  extracellular solute-binding protein  28.01 
 
 		 511 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.226847 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0177  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  24.35 
 
 		 529 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.584873  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  26.1 
 
 		 533 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4203  extracellular solute-binding protein  27.87 
 
 		 520 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237738  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4163  extracellular solute-binding protein  27.87 
 
 		 520 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0633493  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3243  extracellular solute-binding protein  27.51 
 
 		 509 aa  148  3e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.649697  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4426  extracellular solute-binding protein  27.57 
 
 		 520 aa  147  3e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  28.06 
 
 		 534 aa  148  3e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3353  extracellular solute-binding protein  27.72 
 
 		 520 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.587262  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5235  extracellular solute-binding protein family 5  27.08 
 
 		 522 aa  147  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  26.41 
 
 		 529 aa  147  6e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0180  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  24.35 
 
 		 529 aa  146  8.000000000000001e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2913  extracellular solute-binding protein family 5  27.87 
 
 		 533 aa  146  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.037834  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  27.35 
 
 		 510 aa  145  1e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  27.51 
 
 		 524 aa  145  1e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  27.94 
 
 		 512 aa  146  1e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1380  substate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.9 
 
 		 517 aa  145  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.630202  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5086  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  27.61 
 
 		 517 aa  145  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.243076  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1565  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  26.9 
 
 		 534 aa  145  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1135  4-phytase  25.95 
 
 		 520 aa  145  2e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00134056  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6371  extracellular solute-binding protein family 5  28.25 
 
 		 504 aa  144  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.37487 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  26.83 
 
 		 544 aa  144  3e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1012  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.62 
 
 		 492 aa  144  4e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.622148  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  27.7 
 
 		 529 aa  144  4e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1253  extracellular solute-binding protein family 5  27.49 
 
 		 517 aa  144  4e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.245274  normal  0.49371 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0954  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.47 
 
 		 479 aa  144  5e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0426  extracellular solute-binding protein  26.87 
 
 		 522 aa  144  5e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1288  extracellular solute-binding protein  31.4 
 
 		 492 aa  143  6e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.213997  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  28.2 
 
 		 519 aa  143  6e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3103  extracellular solute-binding protein  27.35 
 
 		 519 aa  143  7e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.376049  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2984  extracellular solute-binding protein  26.68 
 
 		 508 aa  143  7e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00198911  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1867  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC periplasmic ligand-binding protein  27.32 
 
 		 520 aa  143  8e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.30378  normal  0.527518 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  26.45 
 
 		 528 aa  143  8e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2505  extracellular solute-binding protein family 5  26.92 
 
 		 531 aa  143  9.999999999999999e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1319  extracellular solute-binding protein family 5  27.49 
 
 		 521 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0396363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2014  twin-arginine translocation pathway signal  27.96 
 
 		 534 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.533924  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0656  twin-arginine translocation pathway signal  27.61 
 
 		 521 aa  142  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.435676  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6191  extracellular solute-binding protein family 5  28.75 
 
 		 504 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.172417  normal  0.779113 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  28.88 
 
 		 544 aa  142  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3221  extracellular solute-binding protein  26.39 
 
 		 517 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102229  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  24.95 
 
 		 536 aa  142  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7212  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  26.4 
 
 		 531 aa  141  3e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1926  extracellular solute-binding protein  27.38 
 
 		 518 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.293523  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 		 539 aa  140  4.999999999999999e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3174  dipeptide ABC transporter substrate-binding protein  25 
 
 		 523 aa  140  6e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  28.24 
 
 		 493 aa  140  6e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1531  extracellular solute-binding protein family 5  25.61 
 
 		 531 aa  140  6e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  25.16 
 
 		 544 aa  140  7e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  26.06 
 
 		 542 aa  140  7.999999999999999e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  25.96 
 
 		 535 aa  140  7.999999999999999e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  28.94 
 
 		 502 aa  139  8.999999999999999e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0161  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.44 
 
 		 529 aa  139  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485134  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1807  extracellular solute-binding protein family 5  25.21 
 
 		 528 aa  139  1e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  25.77 
 
 		 532 aa  138  2e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7558  putative dipeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  28.04 
 
 		 515 aa  138  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.864379 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6670  extracellular solute-binding protein family 5  28.39 
 
 		 508 aa  138  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.0000010094  normal  0.0327722 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0271  extracellular solute-binding protein family 5  26.48 
 
 		 516 aa  138  2e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.848307  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0836  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  26.2 
 
 		 520 aa  138  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.385717  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4103  extracellular solute-binding protein family 5  27.29 
 
 		 502 aa  139  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  26.75 
 
 		 531 aa  138  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4052  extracellular solute-binding protein  27.5 
 
 		 520 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.544759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  27.35 
 
 		 516 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0934  twin-arginine translocation pathway signal  26.58 
 
 		 537 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  28.16 
 
 		 505 aa  138  3.0000000000000003e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  27.42 
 
 		 509 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4858  putative ABC transporter, substrate-binding protein  27.54 
 
 		 531 aa  137  4e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185299  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4211  extracellular solute-binding protein  26.38 
 
 		 504 aa  137  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0744589  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>