More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5535 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_5535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
280 aa  555  1e-157  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4848  ABC transporter, inner membrane subunit  69.71 
 
 
310 aa  370  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.432693  hitchhiker  0.000811543 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4446  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70 
 
 
301 aa  370  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.31 
 
 
307 aa  365  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.761483  normal  0.336927 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.31 
 
 
307 aa  365  1e-100  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1612  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.15 
 
 
307 aa  367  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.142547 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1593  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.15 
 
 
307 aa  367  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0707466  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1687  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.31 
 
 
307 aa  365  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1559  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.78 
 
 
307 aa  364  1e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.37571  normal  0.155307 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4282  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.37 
 
 
312 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3340  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.42 
 
 
280 aa  336  1.9999999999999998e-91  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0757  ABC transporter, permease protein  67.16 
 
 
280 aa  324  1e-87  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.931203  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0807  ABC transporter, permease protein  66.79 
 
 
280 aa  322  6e-87  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4221  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.75 
 
 
291 aa  301  1e-80  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.174626  normal  0.39813 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5508  ABC transporter membrane spanning protein  62.83 
 
 
280 aa  296  4e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07130  ABC-type spermidine/putrescine transport system, permease component II  62.55 
 
 
290 aa  295  6e-79  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.396184  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6872  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.6 
 
 
295 aa  288  8e-77  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.06 
 
 
270 aa  268  8e-71  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.83 
 
 
306 aa  261  8e-69  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.817792  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.44 
 
 
268 aa  107  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1555  molybdenum ABC transporter, permease protein  31.25 
 
 
241 aa  107  3e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.35 
 
 
264 aa  106  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.645477  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3393  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  31.35 
 
 
264 aa  106  4e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.57 
 
 
263 aa  104  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.829399  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  28.99 
 
 
266 aa  100  2e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0180  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.68 
 
 
283 aa  98.6  9e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.93964  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.74 
 
 
269 aa  95.5  8e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0037178  normal  0.4746 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.74 
 
 
268 aa  95.5  8e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.911704  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.89 
 
 
268 aa  95.5  9e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.217099  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1736  NifC-like ABC-type porter  27.95 
 
 
270 aa  95.1  1e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0243  molybdate ABC transporter permease  32.79 
 
 
601 aa  94.7  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2058  putative spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  28.86 
 
 
278 aa  94.7  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.650732  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2170  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.86 
 
 
278 aa  94.7  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.260813  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2450  putative spermidine/putrescine ABC transporter permease  28.86 
 
 
278 aa  94.7  2e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.23 
 
 
269 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0161656 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  26.47 
 
 
266 aa  94  3e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.56 
 
 
274 aa  94  3e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24 
 
 
272 aa  93.6  3e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0395984  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3044  molybdate ABC transporter inner membrane subunit  32.26 
 
 
602 aa  93.6  3e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.929745  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  26.47 
 
 
266 aa  94  3e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2558  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  30.95 
 
 
293 aa  93.6  3e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.000169531  normal  0.108126 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2178  ABC transporter membrane spanning protein  31.87 
 
 
288 aa  93.6  4e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178146  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4966  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.68 
 
 
295 aa  93.2  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.102355  normal  0.118273 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0280  ABC transporter, inner membrane subunit  32.88 
 
 
280 aa  92.8  5e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.787211  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4969  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  32.83 
 
 
271 aa  92.8  5e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1684  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  34.21 
 
 
300 aa  93.2  5e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.396396 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1063  ornithine carbamoyltransferase  26.58 
 
 
293 aa  92.8  5e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1894  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.78 
 
 
265 aa  92.8  6e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00977235  normal  0.387076 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6717  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  29.95 
 
 
280 aa  92.8  6e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00799546  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2708  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  27.05 
 
 
264 aa  92.8  6e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319241  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  26.05 
 
 
266 aa  92.4  7e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  26.05 
 
 
266 aa  92.4  7e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  26.05 
 
 
266 aa  92.4  7e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  26.05 
 
 
266 aa  92.4  7e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  26.05 
 
 
266 aa  92.4  7e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  26.05 
 
 
266 aa  92.4  7e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3705  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.39 
 
 
270 aa  92.4  7e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.124345  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2705  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  27.78 
 
 
265 aa  92.4  8e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.628706  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  26.05 
 
 
266 aa  91.7  1e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.49 
 
 
270 aa  91.7  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.199847 
 
 
-
 
NC_004310  BR0237  sugar ABC transporter, permease protein  30.83 
 
 
291 aa  90.9  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.963709  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0230  sugar ABC transporter, permease protein  30.83 
 
 
291 aa  90.9  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.26 
 
 
596 aa  90.5  3e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane protein  31.88 
 
 
260 aa  90.5  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.814917  normal  0.279187 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.49 
 
 
597 aa  90.1  4e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3072  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  27.85 
 
 
244 aa  90.1  4e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2665  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  26.84 
 
 
271 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0357719  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5055  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  28.4 
 
 
264 aa  89.4  6e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.429894 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6247  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.67 
 
 
266 aa  89  7e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.487966 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8169  ABC transporter membrane spanning protein  31.49 
 
 
260 aa  89.4  7e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.165008  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1221  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  27.66 
 
 
282 aa  89  7e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2399  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  26.84 
 
 
271 aa  89  8e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00651767  normal  0.388943 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.66 
 
 
282 aa  89  9e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.32 
 
 
269 aa  89  9e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6034  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.99 
 
 
259 aa  88.6  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.958438 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3109  spermidine/putrescine ABC transporter permease  27.66 
 
 
282 aa  89  9e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1160  molybdenum ABC transporter, permease protein  26.57 
 
 
222 aa  88.6  1e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0311194  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8304  ABC transporter  27.22 
 
 
265 aa  88.2  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0178234  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1445  NifC-like ABC-type porter  27.85 
 
 
266 aa  88.6  1e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.452382  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3243  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  26.84 
 
 
269 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1532  molybdate ABC transporter permease  32.6 
 
 
221 aa  88.6  1e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.633851  normal  0.0430142 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1527  NifC-like ABC-type porter  28.39 
 
 
266 aa  88.2  1e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.00122012 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4377  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.29 
 
 
265 aa  88.6  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.93 
 
 
588 aa  88.2  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2579  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.08 
 
 
277 aa  88.2  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.715101  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.97 
 
 
267 aa  88.2  1e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.28 
 
 
606 aa  88.6  1e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6091  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  28.18 
 
 
266 aa  88.6  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.417915  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4689  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.57 
 
 
276 aa  88.2  1e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.363302  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0327  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  31.25 
 
 
273 aa  87.8  2e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0249986  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.43 
 
 
262 aa  87.8  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.438917 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1441  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  26.05 
 
 
266 aa  87.8  2e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0782345  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0182  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.15 
 
 
268 aa  87.4  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.92 
 
 
273 aa  87.4  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00118636  normal  0.712976 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1234  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.48 
 
 
261 aa  87.8  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3949  ornithine carbamoyltransferase  28.65 
 
 
287 aa  87.4  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.551991  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0781  molybdate ABC transporter permease protein  34.15 
 
 
229 aa  87.8  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.205051  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.17 
 
 
262 aa  87.8  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.83 
 
 
279 aa  87.4  2e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.623194  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2347  Ornithine carbamoyltransferase  27.18 
 
 
288 aa  87  3e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00485927 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>