73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4621 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4621  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 360 aa  717    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.565465  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6253  transcriptional regulator, LuxR family  40.17 
 
 		 362 aa  232  8.000000000000001e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5477  regulatory protein, LuxR  31.83 
 
 		 378 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3945  regulatory protein, LuxR  39.46 
 
 		 191 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.63683  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3046  LuxR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 378 aa  73.6  0.000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.343471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7854  hypothetical protein  23.69 
 
 		 392 aa  67.8  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.265912 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5990  LuxR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 367 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0414123 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6522  transcriptional regulator, LuxR family  29.15 
 
 		 368 aa  62  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1367  regulatory protein, LuxR  30.48 
 
 		 275 aa  60.8  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00210507 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2405  LuxR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 402 aa  60.8  0.00000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00445538 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3054  LuxR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 368 aa  60.1  0.00000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.811435  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3089  LuxR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 416 aa  60.1  0.00000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2412  hypothetical protein  32.98 
 
 		 377 aa  58.5  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.390021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2058  regulatory protein, LuxR  50.75 
 
 		 370 aa  58.9  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5414  LuxR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 191 aa  58.5  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5178  transcriptional regulator, LuxR family  27.46 
 
 		 411 aa  58.2  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3041  transcriptional regulator, LuxR family  26.16 
 
 		 405 aa  57.8  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.514708  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1407  LuxR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 391 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5486  LuxR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 367 aa  57.4  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.82971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2036  alpha/beta hydrolase fold  50.91 
 
 		 588 aa  56.6  0.0000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.743168  normal  0.210367 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2035  alpha/beta hydrolase fold  51.79 
 
 		 586 aa  56.2  0.0000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.420099 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3356  regulatory protein, LuxR  26.36 
 
 		 373 aa  55.1  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.734282 
 
 
-
 
NC_003296  RS03074  putative transcription regulator protein  45 
 
 		 380 aa  53.9  0.000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6030  LuxR family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 363 aa  53.5  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.795046  normal  0.297975 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5666  LuxR family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 363 aa  53.5  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.547238  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0039  LuxR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 369 aa  53.9  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0051974 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6520  LuxR family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 363 aa  53.5  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.514397 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1883  response regulator receiver protein  25.73 
 
 		 374 aa  53.5  0.000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.648739  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0906  regulatory protein LuxR  37.14 
 
 		 388 aa  53.1  0.000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0499  LuxR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 377 aa  52.8  0.000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.621356  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0027  LuxR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 381 aa  52  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2939  regulatory protein LuxR  42.11 
 
 		 128 aa  52  0.00001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0500  regulatory protein, LuxR  23.43 
 
 		 350 aa  50.8  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2130  two component LuxR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 207 aa  48.9  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.281977  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0560  regulatory protein, LuxR  20 
 
 		 369 aa  48.1  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0782  response regulator receiver protein  37.88 
 
 		 370 aa  48.1  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.650923  normal  0.69982 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4350  transcriptional regulator, LuxR family  38.1 
 
 		 417 aa  47.8  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.626304 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1539  LuxR family transcriptional regulator  22.93 
 
 		 394 aa  47.8  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.183723  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0040  transcriptional regulator, LuxR family  27.4 
 
 		 370 aa  47.8  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.864605  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4240  transcriptional regulator, LuxR family  38.1 
 
 		 417 aa  47.8  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02602  putative transcription regulator protein  36.9 
 
 		 380 aa  46.6  0.0006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.125932  normal  0.252722 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6379  LuxR family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 380 aa  46.2  0.0008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5209  LuxR family regulatory protein  25.89 
 
 		 378 aa  45.8  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0612186 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1655  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.5 
 
 		 208 aa  46.2  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2127  two component LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 208 aa  46.2  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.583598  normal  0.797665 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4474  LuxR family transcriptional regulator  26.65 
 
 		 398 aa  46.2  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00194673 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1779  response regulator receiver protein  34.09 
 
 		 208 aa  44.7  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  hitchhiker  0.00228897 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2379  transcriptional regulator, LuxR family  23.95 
 
 		 377 aa  45.1  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.207918  decreased coverage  0.00252302 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1538  LuxR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 385 aa  45.1  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.437117 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4098  LuxR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 215 aa  45.1  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000762213 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6838  LuxR family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 379 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3982  two component LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 216 aa  45.1  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0179399 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0081  regulatory protein, LuxR  40.68 
 
 		 589 aa  44.7  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.318865  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2418  LuxR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 191 aa  45.1  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.123391 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2460  two component LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 208 aa  44.7  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.293905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3595  LuxR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 381 aa  44.3  0.003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.351896  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2814  LuxR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 146 aa  44.3  0.003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0940527 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2135  LuxR family transcriptional regulator  21.08 
 
 		 397 aa  43.9  0.004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1230  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 215 aa  43.9  0.005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2160  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.23 
 
 		 210 aa  43.9  0.005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.563306  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0333  LuxR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 141 aa  43.5  0.005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.800894  normal  0.0115404 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1493  transcriptional regulator, LuxR family  37.84 
 
 		 370 aa  43.9  0.005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1644  two component LuxR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 207 aa  43.5  0.005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0578076 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4636  LuxR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 378 aa  43.9  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780635  normal  0.0614511 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2210  two component LuxR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 208 aa  43.5  0.005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.891166  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0514  regulatory protein, LuxR  43.55 
 
 		 385 aa  43.5  0.006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5960  LuxR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 379 aa  43.5  0.006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.37192  normal  0.013612 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3539  transcriptional regulator, LuxR family  39.66 
 
 		 229 aa  43.1  0.007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.184303 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1555  regulatory protein, LuxR  22.25 
 
 		 395 aa  43.1  0.007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0576  transcriptional regulator, LuxR family  20.69 
 
 		 367 aa  43.1  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1716  LuxR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 118 aa  43.1  0.008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.18507  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0035  transcriptional regulator, LuxR family  32.71 
 
 		 187 aa  43.1  0.008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0538241 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1533  LuxR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 137 aa  42.7  0.01  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.717435  normal  0.7082 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>