265 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2877 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2877  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 		 276 aa  554  1e-157  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2878  extracellular solute-binding protein family 3  57.47 
 
 		 284 aa  318  3.9999999999999996e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.577493  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3566  extracellular solute-binding protein  57.87 
 
 		 312 aa  310  2e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2694  extracellular solute-binding protein family 3  32.44 
 
 		 277 aa  75.5  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5459  extracellular solute-binding protein  28.74 
 
 		 261 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.020416 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1498  extracellular solute-binding protein  34.84 
 
 		 247 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6996  extracellular solute-binding protein  34.84 
 
 		 268 aa  72  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0898754 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6331  extracellular solute-binding protein  34.84 
 
 		 268 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.483344  normal  0.916228 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2287  extracellular solute-binding protein  28.63 
 
 		 261 aa  70.5  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.268829  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0477  extracellular solute-binding protein family 3  27.23 
 
 		 278 aa  68.9  0.00000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.225572 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2685  extracellular solute-binding protein family 3  30.77 
 
 		 288 aa  68.2  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0288477 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5081  extracellular solute-binding protein  36.61 
 
 		 265 aa  68.6  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.72224  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2597  extracellular solute-binding protein family 3  26.67 
 
 		 270 aa  67.8  0.0000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00189611  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1818  extracellular solute-binding protein family 3  31.44 
 
 		 273 aa  67.8  0.0000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0079129  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1489  extracellular solute-binding protein  29.92 
 
 		 268 aa  67  0.0000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5243  extracellular solute-binding protein family 3  29.35 
 
 		 283 aa  66.6  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.517304  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3746  extracellular solute-binding protein  38.89 
 
 		 266 aa  66.2  0.0000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2022  extracellular solute-binding protein  29.36 
 
 		 272 aa  65.9  0.0000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.167722  normal  0.899953 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3691  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  34.25 
 
 		 267 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1344  extracellular solute-binding protein family 3  28.19 
 
 		 272 aa  65.1  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.752805 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0445  extracellular solute-binding protein  32.21 
 
 		 266 aa  65.1  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0931  extracellular solute-binding protein family 3  33.7 
 
 		 267 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002034  cyclohexadienyl dehydratase  26.27 
 
 		 258 aa  63.5  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3673  extracellular solute-binding protein family 3  36.09 
 
 		 275 aa  63.9  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3925  extracellular solute-binding protein family 3  32.03 
 
 		 295 aa  63.2  0.000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0202  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.47 
 
 		 278 aa  63.2  0.000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.55601  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4039  extracellular solute-binding protein family 3  32.03 
 
 		 295 aa  63.2  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3978  extracellular solute-binding protein  37.27 
 
 		 260 aa  63.2  0.000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000216  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  33.11 
 
 		 272 aa  62.8  0.000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.909844  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0814  extracellular solute-binding protein  28.34 
 
 		 268 aa  63.2  0.000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00687374  normal  0.141124 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2073  extracellular solute-binding protein  31.03 
 
 		 269 aa  62.8  0.000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.19851 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3959  extracellular solute-binding protein  26.47 
 
 		 276 aa  62.4  0.000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.406686 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2787  extracellular solute-binding protein family 3  30.33 
 
 		 275 aa  62.4  0.000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3190  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.45 
 
 		 262 aa  62  0.000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3329  extracellular solute-binding protein  28.45 
 
 		 262 aa  62  0.000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1513  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  36.76 
 
 		 260 aa  62  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.522367  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5245  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.94 
 
 		 261 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0298  extracellular solute-binding protein  27.38 
 
 		 261 aa  62  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2257  extracellular solute-binding protein  33.12 
 
 		 266 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.835326  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00417  prephrenate dehydratase  25 
 
 		 258 aa  60.5  0.00000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1539  extracellular solute-binding protein family 3  30.48 
 
 		 283 aa  60.1  0.00000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000136922  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3469  extracellular solute-binding protein family 3  33.33 
 
 		 268 aa  60.1  0.00000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1946  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  29.93 
 
 		 485 aa  60.1  0.00000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00000538211  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1912  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  29.93 
 
 		 485 aa  60.1  0.00000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000291813  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1895  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.12 
 
 		 271 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.299924  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2051  extracellular solute-binding protein  33.12 
 
 		 271 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0325389  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3313  extracellular solute-binding protein family 3  36.09 
 
 		 268 aa  59.7  0.00000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3086  putative ABC transporter binding protein subunit  30.26 
 
 		 268 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0835  extracellular solute-binding protein  33.12 
 
 		 271 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.447071  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1670  extracellular solute-binding protein  33.12 
 
 		 271 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.720486  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0326  polar amino acid ABC uptake transporter substrate binding protein  33.12 
 
 		 271 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.178009  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1883  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.12 
 
 		 271 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05952  ABC amino acid transporter periplasmic ligand binding protein  32.45 
 
 		 272 aa  59.3  0.00000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0306  extracellular solute-binding protein  29 
 
 		 261 aa  59.3  0.00000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.654569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2450  extracellular solute-binding protein  32.48 
 
 		 271 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1742  extracellular solute-binding protein  39.09 
 
 		 273 aa  58.9  0.00000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4388  extracellular solute-binding protein family 3  29.49 
 
 		 246 aa  58.9  0.00000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3449  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  28.03 
 
 		 262 aa  58.5  0.0000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3814  cyclohexadienyl dehydratase  27.42 
 
 		 284 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.607683  normal  0.874975 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3417  extracellular solute-binding protein family 3  34.82 
 
 		 268 aa  58.2  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4078  extracellular solute-binding protein  27.69 
 
 		 277 aa  57.8  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3233  extracellular solute-binding protein  29.17 
 
 		 277 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.638648 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0449  extracellular solute-binding protein  29.23 
 
 		 263 aa  57.4  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2432  glutamine ABC transporter extracellular solute-binding family 3 protein  28.1 
 
 		 263 aa  58.2  0.0000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.151494  normal  0.0748361 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0792  extracellular solute-binding protein  32.68 
 
 		 294 aa  58.2  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.256903  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3333  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 275 aa  57.8  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.166718 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1395  amino acid ABC transporter, permease/amino acid-binding protein, putative  26.79 
 
 		 485 aa  57.4  0.0000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2512  putative cyclohexadienyl dehydratase precursor signal peptide protein  27.6 
 
 		 267 aa  57  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.204589  normal  0.0335477 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0230  extracellular solute-binding protein  38.37 
 
 		 268 aa  57.4  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4514  extracellular solute-binding protein  27.42 
 
 		 260 aa  57  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.968225  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2601  extracellular solute-binding protein  22.83 
 
 		 265 aa  57.4  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.186233 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0124  extracellular solute-binding protein family 3  25.86 
 
 		 266 aa  57.4  0.0000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1621  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 271 aa  57  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0810697  normal  0.181323 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0161  extracellular solute-binding protein  33.57 
 
 		 265 aa  56.6  0.0000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.445955  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1538  extracellular solute-binding protein  33.56 
 
 		 292 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.133709  normal  0.898326 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0161  extracellular solute-binding protein family 3  30.51 
 
 		 246 aa  57  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.377397  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1515  extracellular solute-binding protein  33.56 
 
 		 271 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0211  extracellular solute-binding protein  37.21 
 
 		 274 aa  57  0.0000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2764  extracellular solute-binding protein  28.35 
 
 		 275 aa  56.2  0.0000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1593  extracellular solute-binding protein  33.56 
 
 		 271 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.227678  normal  0.74753 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1137  extracellular solute-binding protein  33.56 
 
 		 271 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1617  extracellular solute-binding protein  33.56 
 
 		 271 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2103  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  34.21 
 
 		 267 aa  56.2  0.0000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4762  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  32.43 
 
 		 271 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  0.149517 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5265  extracellular solute-binding protein family 3  37.39 
 
 		 261 aa  55.8  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36200  putative binding protein component of ABC transporter  29.61 
 
 		 268 aa  55.8  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134748 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2218  extracellular solute-binding protein  30.65 
 
 		 275 aa  55.8  0.0000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.120709  normal  0.459989 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1686  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  32.03 
 
 		 274 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.175313  normal  0.373626 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0017  extracellular solute-binding protein family 3  34.68 
 
 		 275 aa  55.5  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0448  extracellular solute-binding protein family 3  31.11 
 
 		 298 aa  54.7  0.000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.917749  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2212  extracellular solute-binding protein  30.77 
 
 		 267 aa  55.1  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0012  extracellular solute-binding protein family 3  34.21 
 
 		 275 aa  55.1  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3247  extracellular solute-binding protein  32.54 
 
 		 269 aa  55.1  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.206502  normal  0.385289 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5541  extracellular solute-binding protein family 3  36.36 
 
 		 261 aa  55.5  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.347877 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5260  extracellular solute-binding protein  27.54 
 
 		 277 aa  55.5  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2649  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.8 
 
 		 269 aa  54.3  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1431  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.86 
 
 		 268 aa  54.3  0.000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000284109  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6380  extracellular solute-binding protein  30.08 
 
 		 274 aa  54.7  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2490  extracellular solute-binding protein family 3  25.86 
 
 		 273 aa  54.7  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1633  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.92 
 
 		 287 aa  54.7  0.000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>