More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0231 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0231  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 298 aa  604  9.999999999999999e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3620  LysR family transcriptional regulator  54.14 
 
 		 291 aa  306  3e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1361  LysR family transcriptional regulator  52.9 
 
 		 304 aa  303  2.0000000000000002e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.260614  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4186  LysR family transcriptional regulator  48.12 
 
 		 331 aa  301  1e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.814528 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3337  LysR family transcriptional regulator  50.86 
 
 		 308 aa  292  4e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.777697  normal  0.289285 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3584  LysR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 310 aa  290  1e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.353088  hitchhiker  0.00946106 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3026  LysR family transcriptional regulator  49.14 
 
 		 336 aa  290  2e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0264473 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1422  transcriptional regulator, LysR family  48.8 
 
 		 309 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3160  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 316 aa  273  2.0000000000000002e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0616  transcriptional regulator, LysR family  41.86 
 
 		 320 aa  258  7e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0588  LysR family transcriptional regulator  43.71 
 
 		 301 aa  243  3.9999999999999997e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0939  transcriptional regulator, LysR family  40.61 
 
 		 305 aa  239  5.999999999999999e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1434  LysR family substrate binding transcriptional regulator  40.56 
 
 		 308 aa  232  6e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04988  transcriptional regulator  38.23 
 
 		 309 aa  229  5e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0349  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 312 aa  226  4e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001199  transcriptional regulator  37.54 
 
 		 309 aa  226  4e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.862431  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0915  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 326 aa  221  9e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.709424 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1658  LysR family transcriptional regulator  41.26 
 
 		 305 aa  220  1.9999999999999999e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.265046 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0835  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  38.1 
 
 		 297 aa  219  5e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000051165  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 296 aa  190  2e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 298 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0188  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  37.89 
 
 		 301 aa  185  9e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 328 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 		 298 aa  182  6e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 307 aa  182  8.000000000000001e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 295 aa  181  1e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  34.49 
 
 		 313 aa  180  2e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 		 335 aa  181  2e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 298 aa  179  7e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 299 aa  178  8e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1066  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.567936  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4581  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 315 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3197  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 297 aa  177  3e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2868  transcriptional regulator, LysR family protein  34.49 
 
 		 313 aa  176  4e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0376307  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 291 aa  175  6e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 298 aa  175  8e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 297 aa  175  8e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 313 aa  175  8e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 307 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 313 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05458  transcription regulator protein  34.47 
 
 		 298 aa  172  3.9999999999999995e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.106527 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1399  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 296 aa  172  5e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  38.06 
 
 		 298 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3034  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 313 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34.6 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  32.65 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2774  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00446959 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2485  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 313 aa  171  1e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.434999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3191  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 313 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0504852  normal  0.2192 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3048  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 313 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0118588  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1330  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 313 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00626709  hitchhiker  0.000619665 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 309 aa  170  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0434  transcriptional regulator, LysR family  34.56 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.22418  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 301 aa  170  2e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 304 aa  170  2e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4608  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.612778 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 313 aa  170  3e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 312 aa  169  4e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 324 aa  169  4e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 307 aa  169  6e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 313 aa  169  7e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 313 aa  169  7e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 306 aa  168  8e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5534  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 305 aa  168  8e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2695  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 337 aa  168  8e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.933352  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6116  MarR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 410 aa  168  9e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1149  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.181713  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1394  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 310 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3105  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 293 aa  167  2e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5774  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.963827 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3853  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.134116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  34.81 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0912  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 310 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.990881  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1372  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 310 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0864691 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1852  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 296 aa  167  2e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.387981  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 298 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1437  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.92 
 
 		 293 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1480  transcriptional regulator, LysR family  35.17 
 
 		 294 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000191498 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 297 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0677  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0551  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 299 aa  166  5e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 293 aa  165  6.9999999999999995e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 304 aa  165  8e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 313 aa  165  8e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0139  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 301 aa  165  8e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0154099 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3222  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 305 aa  165  9e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.937901 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4938  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 305 aa  165  9e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 313 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 299 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 299 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0562  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 311 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.293612 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>