More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_02308 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_02308  hypothetical protein  100 
 
 
217 aa  455  1e-127  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003462  DNA polymerase III alpha subunit (gram-positive type)  90.05 
 
 
205 aa  384  1e-106  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2319  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  44.2 
 
 
217 aa  141  7e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.127163  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2342  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  42.39 
 
 
201 aa  134  7.000000000000001e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.944243  normal 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2362  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  41.58 
 
 
201 aa  134  9.999999999999999e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0173378  hitchhiker  0.0000149348 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3499  exonuclease  42.39 
 
 
198 aa  115  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108148  hitchhiker  4.31103e-25 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0012  DNA polymerase III fragment  37.13 
 
 
287 aa  91.3  9e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0007  YacC  31.07 
 
 
282 aa  87  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.292935  normal 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6889  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  34.09 
 
 
293 aa  82  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.796423  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4798  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.43 
 
 
330 aa  78.2  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.765348  normal 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4217  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  32.26 
 
 
302 aa  76.3  0.0000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.77511  normal 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0181  putative exonuclease  32.84 
 
 
289 aa  75.9  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.66165  normal  0.100194 
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4659  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.81 
 
 
203 aa  74.3  0.000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.102752 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  28.18 
 
 
1397 aa  70.5  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2764  hypothetical protein  30.3 
 
 
120 aa  65.9  0.0000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0506  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  31.11 
 
 
239 aa  65.5  0.0000000006  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.021444  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0158  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.74 
 
 
232 aa  63.2  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1099  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.81 
 
 
240 aa  62.8  0.000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0819547  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1501  DNA-directed DNA polymerase  28.42 
 
 
267 aa  62.4  0.000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.0237591 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  37.82 
 
 
1362 aa  62  0.000000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0603  DNA polymerase III subunit epsilon  29.95 
 
 
252 aa  62  0.000000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.32 
 
 
205 aa  61.6  0.000000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0498  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.85 
 
 
240 aa  61.2  0.00000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.231087  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3559  DNA polymerase III subunit epsilon  41.12 
 
 
485 aa  60.5  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1500  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.85 
 
 
240 aa  60.8  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000153009  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0424  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.41 
 
 
186 aa  59.7  0.00000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2226  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.36 
 
 
498 aa  59.7  0.00000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0439  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.41 
 
 
186 aa  59.3  0.00000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.55 
 
 
695 aa  58.9  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.94 
 
 
225 aa  58.9  0.00000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0549  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.9 
 
 
342 aa  58.5  0.00000007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.860226  hitchhiker  0.000115657 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0501  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.06 
 
 
238 aa  58.5  0.00000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.872409  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0028  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.26 
 
 
237 aa  58.5  0.00000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2449  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.68 
 
 
243 aa  58.2  0.00000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.365574  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2284  DNA polymerase III, epsilon subunit  30 
 
 
240 aa  58.5  0.00000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2184  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.85 
 
 
234 aa  57.8  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0859486  normal  0.351489 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3669  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.41 
 
 
479 aa  58.2  0.0000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.731231  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2402  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.91 
 
 
242 aa  57.4  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000797972  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1899  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.81 
 
 
956 aa  57  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0589249 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0398  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.89 
 
 
231 aa  57  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.542302 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2346  DNA-directed DNA polymerase  26.11 
 
 
170 aa  57  0.0000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  27.03 
 
 
719 aa  56.6  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2815  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.14 
 
 
239 aa  56.6  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.637588 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1359  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.71 
 
 
978 aa  55.8  0.0000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.838712  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  33.03 
 
 
695 aa  56.2  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  24.88 
 
 
584 aa  56.2  0.0000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.03 
 
 
695 aa  56.2  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0776  exodeoxyribonuclease X  28.81 
 
 
223 aa  55.8  0.0000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000394057  hitchhiker  0.00105392 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2943  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.42 
 
 
410 aa  55.5  0.0000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000266032  decreased coverage  0.0000042458 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3691  hypothetical protein  24.08 
 
 
720 aa  55.5  0.0000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  28.18 
 
 
714 aa  55.1  0.0000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2323  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.66 
 
 
242 aa  55.1  0.0000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00003917  hitchhiker  0.0000904617 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2000  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.66 
 
 
242 aa  55.1  0.0000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000879357  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2063  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.66 
 
 
242 aa  55.1  0.0000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000471549  decreased coverage  0.000117497 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1780  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.69 
 
 
242 aa  55.1  0.0000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000677217  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2015  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.66 
 
 
242 aa  55.1  0.0000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000147945  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0303  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.37 
 
 
232 aa  54.7  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  35.11 
 
 
1442 aa  54.3  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3135  DNA polymerase III subunit epsilon  29.17 
 
 
245 aa  54.3  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.530396  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1592  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  31.79 
 
 
238 aa  54.7  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2018  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.02 
 
 
242 aa  54.7  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.250351  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0912  DNA polymerase III subunit epsilon  26.98 
 
 
246 aa  54.3  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0423  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.37 
 
 
231 aa  54.7  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  37.5 
 
 
1426 aa  54.3  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0532  DNA polymerase III subunit epsilon  27.14 
 
 
232 aa  53.5  0.000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.836516  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0426  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.9 
 
 
232 aa  54.3  0.000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.32865  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1761  DNA polymerase III, epsilon chain  28.9 
 
 
236 aa  53.9  0.000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2559  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.69 
 
 
242 aa  53.9  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.36 
 
 
944 aa  53.9  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0105  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.23 
 
 
239 aa  53.5  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0597936 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  32.98 
 
 
1433 aa  53.5  0.000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0598  DNA polymerase III, alpha subunit  35.92 
 
 
1365 aa  53.9  0.000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2157  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.69 
 
 
242 aa  53.9  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000679182  normal  0.0877249 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2234  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.69 
 
 
242 aa  53.9  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000877394  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2365  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.69 
 
 
242 aa  53.9  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000172168  hitchhiker  0.00918938 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1880  DNA-directed DNA polymerase  26.94 
 
 
242 aa  53.5  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0115193  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2379  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.9 
 
 
237 aa  53.9  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1055  DNA polymerase III subunit epsilon  28.26 
 
 
254 aa  53.1  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.328501  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  25.64 
 
 
1444 aa  53.5  0.000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1825  DNA polymerase III subunit epsilon  26.97 
 
 
247 aa  53.1  0.000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2682  DNA polymerase III subunit epsilon  28.26 
 
 
254 aa  53.1  0.000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0295591 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1818  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.82 
 
 
180 aa  53.1  0.000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.562654 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1109  DNA polymerase III subunit epsilon  28.26 
 
 
254 aa  53.1  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  25.71 
 
 
1440 aa  52.8  0.000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.54 
 
 
595 aa  52.8  0.000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1662  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.78 
 
 
232 aa  52.8  0.000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.862026 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2256  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.04 
 
 
234 aa  52.8  0.000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.313606 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2204  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.08 
 
 
252 aa  52.4  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3336  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.94 
 
 
609 aa  52.4  0.000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5011  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.82 
 
 
238 aa  52.4  0.000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0400  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.46 
 
 
248 aa  52.4  0.000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0749  DNA polymerase III subunit epsilon  28.49 
 
 
245 aa  52  0.000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.153552  normal  0.249034 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0930  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.32 
 
 
231 aa  52  0.000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0564  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.46 
 
 
248 aa  52.4  0.000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1991  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.39 
 
 
243 aa  52.4  0.000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.886511  normal  0.0774886 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3386  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.99 
 
 
226 aa  52  0.000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.328589 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2138  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.32 
 
 
237 aa  52  0.000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00985286 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1644  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.32 
 
 
237 aa  52  0.000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.264964  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1011  DNA polymerase III, alpha subunit  25.39 
 
 
1447 aa  52  0.000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.939055  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.74 
 
 
476 aa  51.6  0.000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>