More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_000752 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013457  VEA_000752  transcriptional regulator  100 
 
 		 276 aa  580  1.0000000000000001e-165  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00374891  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04895  transcriptional regulator  73.45 
 
 		 296 aa  442  1e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1118  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 298 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05843  transcriptional regulator  30.11 
 
 		 303 aa  89.7  5e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000283  transcriptional regulator  24.91 
 
 		 295 aa  89.4  7e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3428  LysR family transcriptional regulator  24.77 
 
 		 303 aa  87.8  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000186024  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2445  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  23.59 
 
 		 308 aa  77.8  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.333927  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0360  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  21.38 
 
 		 301 aa  73.6  0.000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.132599  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001963  putative transcriptional regulator LysR family  27.78 
 
 		 311 aa  73.2  0.000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.974844  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3988  putative transcriptional regulator SyrB  25.84 
 
 		 301 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.859636  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00508  transcriptional regulator  27.16 
 
 		 308 aa  72.4  0.000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 306 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  23.23 
 
 		 310 aa  70.1  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1903  LysR family transcriptional regulator  24.03 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  21.63 
 
 		 314 aa  68.9  0.00000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3874  LysR family transcriptional regulator  23.47 
 
 		 323 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2072  LysR family transcriptional regulator  23.04 
 
 		 305 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0341772  normal  0.872543 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000892  transcriptional regulators LysR family  21.36 
 
 		 304 aa  65.9  0.0000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  24.29 
 
 		 305 aa  65.9  0.0000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  24.29 
 
 		 305 aa  65.9  0.0000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4020  LysR family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 324 aa  65.9  0.0000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 313 aa  65.5  0.0000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2055  transcriptional regulator, LysR family  24.35 
 
 		 325 aa  65.5  0.0000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 313 aa  65.5  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 314 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  26.59 
 
 		 313 aa  65.1  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3164  LysR family transcriptional regulator  21.91 
 
 		 314 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0258  LysR family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 313 aa  65.5  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.461765  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 313 aa  65.1  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2448  transcriptional regulator, LysR family  25.61 
 
 		 325 aa  63.9  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 315 aa  64.3  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 314 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 311 aa  64.3  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 311 aa  64.3  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  27.75 
 
 		 311 aa  64.7  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2605  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 264 aa  63.9  0.000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.182093  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05276  transcriptional regulator  19.37 
 
 		 313 aa  63.9  0.000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 313 aa  63.2  0.000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 320 aa  62.8  0.000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4525.1  LysR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 243 aa  62.8  0.000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  25.15 
 
 		 323 aa  62.4  0.000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 327 aa  61.6  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  22.13 
 
 		 333 aa  61.2  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3242  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 320 aa  61.2  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 313 aa  60.8  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  22.87 
 
 		 301 aa  60.5  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  27.17 
 
 		 321 aa  60.5  0.00000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 323 aa  60.1  0.00000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 323 aa  59.7  0.00000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0342  LysR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 335 aa  59.7  0.00000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  25.86 
 
 		 323 aa  59.7  0.00000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 301 aa  59.3  0.00000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0383  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 295 aa  59.3  0.00000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.519402  normal  0.118224 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 323 aa  59.7  0.00000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  25.6 
 
 		 326 aa  59.3  0.00000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  28.82 
 
 		 300 aa  58.9  0.00000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 308 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 308 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  22.79 
 
 		 327 aa  58.9  0.00000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 322 aa  58.5  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  22.51 
 
 		 309 aa  58.5  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 323 aa  58.5  0.0000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  28.24 
 
 		 309 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 314 aa  58.5  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 321 aa  57.8  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 318 aa  58.2  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 319 aa  57.8  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 319 aa  58.2  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 319 aa  58.2  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2243  transcription regulator protein  23.48 
 
 		 326 aa  57  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.145641  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  25.79 
 
 		 321 aa  57  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 301 aa  56.6  0.0000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 314 aa  57  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5015  LysR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 308 aa  57  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  22.42 
 
 		 307 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 321 aa  56.2  0.0000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 301 aa  55.8  0.0000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 309 aa  55.8  0.0000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 330 aa  55.8  0.0000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1917  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 310 aa  55.8  0.0000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000018485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 308 aa  54.7  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 307 aa  54.7  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 307 aa  54.7  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 307 aa  54.7  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 308 aa  54.7  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5891  LysR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 306 aa  55.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.384931  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 308 aa  55.5  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 307 aa  54.7  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4508  LysR family transcriptional regulator  24.09 
 
 		 306 aa  55.1  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.872153  normal  0.61755 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  25.58 
 
 		 322 aa  55.1  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3666  LysR family transcriptional regulator  24.85 
 
 		 326 aa  55.1  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0496532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 307 aa  54.7  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 319 aa  55.1  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5527  LysR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 306 aa  55.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 307 aa  54.7  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6126  LysR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 301 aa  55.1  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.936354  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6400  LysR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 306 aa  55.5  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.245407 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  26.71 
 
 		 321 aa  54.7  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6242  LysR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 301 aa  54.3  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5290  LysR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 327 aa  54.7  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>