More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_2847 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_2847  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  100 
 
 		 195 aa  395  1e-109  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3214  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  78.46 
 
 		 197 aa  313  8e-85  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0199989  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1922  isopropylmalate isomerase small subunit  75.9 
 
 		 197 aa  310  1e-83  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1968  isopropylmalate isomerase small subunit  75.9 
 
 		 197 aa  310  1e-83  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.821719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1902  isopropylmalate isomerase small subunit  75.38 
 
 		 197 aa  309  2e-83  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.37729 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4226  isopropylmalate isomerase small subunit  74.36 
 
 		 197 aa  305  3e-82  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2136  isopropylmalate isomerase small subunit  74.87 
 
 		 197 aa  305  3e-82  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2315  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  73.33 
 
 		 222 aa  296  1e-79  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000291153 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2356  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  72.82 
 
 		 213 aa  295  3e-79  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1479  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  72.16 
 
 		 195 aa  294  7e-79  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.113281  normal  0.730621 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2255  isopropylmalate isomerase small subunit  70.77 
 
 		 200 aa  293  8e-79  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000308892 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6005  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  73.2 
 
 		 200 aa  293  1e-78  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0588518  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2518  isopropylmalate isomerase small subunit  70.77 
 
 		 200 aa  292  2e-78  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0853412  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09070  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  72.68 
 
 		 197 aa  291  5e-78  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.656133  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13002  isopropylmalate isomerase small subunit  70.26 
 
 		 198 aa  287  9e-77  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11110  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  69.74 
 
 		 212 aa  286  9e-77  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1574  isopropylmalate isomerase small subunit  70.26 
 
 		 212 aa  286  1e-76  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08750  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  70.26 
 
 		 201 aa  283  1.0000000000000001e-75  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00132575  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1359  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  67.01 
 
 		 201 aa  276  1e-73  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.778348  normal  0.731809 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18550  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  67.35 
 
 		 204 aa  275  3e-73  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3297  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  67.84 
 
 		 202 aa  273  1.0000000000000001e-72  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.856223  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8048  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  65.13 
 
 		 199 aa  265  2.9999999999999995e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.52802  normal  0.948646 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0627  isopropylmalate isomerase small subunit  64.43 
 
 		 195 aa  260  1e-68  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3462  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  63.59 
 
 		 195 aa  257  8e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0274952  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1590  isopropylmalate isomerase small subunit  64.43 
 
 		 197 aa  252  3e-66  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.494308 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2801  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  62.56 
 
 		 195 aa  247  8e-65  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0658509  normal  0.244209 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0186  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  61.62 
 
 		 198 aa  241  5e-63  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.506413  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1597  isopropylmalate isomerase small subunit  64.82 
 
 		 230 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4052  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  60.62 
 
 		 203 aa  239  2.9999999999999997e-62  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4998  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  58.46 
 
 		 198 aa  234  7e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.590401 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8017  isopropylmalate isomerase small subunit  61.03 
 
 		 195 aa  229  2e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3620  isopropylmalate isomerase small subunit  57.73 
 
 		 195 aa  225  4e-58  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.694512 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1150  isopropylmalate isomerase small subunit  58.85 
 
 		 195 aa  221  4e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000354633 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1114  isopropylmalate isomerase small subunit  56.7 
 
 		 195 aa  219  1.9999999999999999e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.162514  normal  0.49413 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1259  isopropylmalate isomerase small subunit  56.25 
 
 		 195 aa  218  7e-56  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0512287  normal  0.692541 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0195  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  50.26 
 
 		 197 aa  194  5.000000000000001e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1718  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  49.04 
 
 		 216 aa  189  2e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1342  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  48.77 
 
 		 216 aa  189  2.9999999999999997e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.331592  normal  0.464834 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0122  isopropylmalate isomerase small subunit  48.22 
 
 		 201 aa  188  5e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.14126  normal  0.46492 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0121  isopropylmalate isomerase small subunit  48.73 
 
 		 201 aa  187  9e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.886111  normal  0.157977 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0126  isopropylmalate isomerase small subunit  48.73 
 
 		 201 aa  187  9e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0126  isopropylmalate isomerase small subunit  48.22 
 
 		 201 aa  187  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.899902  normal  0.029238 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2915  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  50.52 
 
 		 195 aa  186  1e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0078  isopropylmalate isomerase small subunit  48.73 
 
 		 201 aa  186  1e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00073  isopropylmalate isomerase small subunit  48.73 
 
 		 201 aa  186  2e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3527  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  48.73 
 
 		 201 aa  186  2e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3586  isopropylmalate isomerase small subunit  48.73 
 
 		 201 aa  186  2e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000223756 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0076  isopropylmalate isomerase small subunit  48.73 
 
 		 201 aa  186  2e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00072  hypothetical protein  48.73 
 
 		 201 aa  186  2e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0119  isopropylmalate isomerase small subunit  48.22 
 
 		 201 aa  186  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0074  isopropylmalate isomerase small subunit  48.73 
 
 		 201 aa  186  2e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0065  isopropylmalate isomerase small subunit  48.73 
 
 		 201 aa  186  2e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0076  isopropylmalate isomerase small subunit  48.73 
 
 		 201 aa  186  2e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.28946 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0279  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  48.44 
 
 		 195 aa  185  5e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3798  isopropylmalate isomerase small subunit  47.47 
 
 		 200 aa  184  6e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1533  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  49.25 
 
 		 202 aa  184  7e-46  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.721417  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0742  isopropylmalate isomerase small subunit  47.98 
 
 		 200 aa  184  8e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.843634  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3610  isopropylmalate isomerase small subunit  46.97 
 
 		 200 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.607492  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3773  isopropylmalate isomerase small subunit  47.6 
 
 		 214 aa  182  3e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1986  isopropylmalate isomerase small subunit  47.6 
 
 		 214 aa  181  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.373676  hitchhiker  0.00883462 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1517  isopropylmalate isomerase small subunit  47.12 
 
 		 214 aa  179  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0857683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0619  isopropylmalate isomerase small subunit  46.7 
 
 		 201 aa  179  2e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.12131 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0216  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  48.45 
 
 		 201 aa  179  2e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.247072  normal  0.136168 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1984  isopropylmalate isomerase small subunit  45.67 
 
 		 213 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.238956  normal  0.0387343 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0591  isopropylmalate isomerase small subunit  46.46 
 
 		 200 aa  177  5.999999999999999e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0629  isopropylmalate isomerase small subunit  46.46 
 
 		 200 aa  177  8e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1549  isopropylmalate isomerase small subunit  46.63 
 
 		 214 aa  176  2e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.226385 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1890  isopropylmalate isomerase small subunit  45.67 
 
 		 214 aa  176  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.125264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2068  isopropylmalate isomerase small subunit  45.96 
 
 		 200 aa  174  6e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2174  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  44.71 
 
 		 213 aa  174  9e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.478942  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0389  isopropylmalate isomerase small subunit  43.94 
 
 		 200 aa  174  9.999999999999999e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2722  isopropylmalate isomerase small subunit  46.63 
 
 		 215 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0158135  normal  0.102803 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1573  isopropylmalate isomerase small subunit  46.63 
 
 		 216 aa  171  5e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.292006  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1412  isopropylmalate isomerase small subunit  46.63 
 
 		 216 aa  171  5.999999999999999e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.162707  normal  0.547785 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3408  isopropylmalate isomerase small subunit  43.43 
 
 		 200 aa  171  5.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2939  isopropylmalate isomerase small subunit  42.93 
 
 		 200 aa  171  7.999999999999999e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3538  isopropylmalate isomerase small subunit  42.93 
 
 		 200 aa  171  7.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1935  isopropylmalate isomerase small subunit  44.23 
 
 		 216 aa  170  1e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.217033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4358  isopropylmalate isomerase small subunit  45.23 
 
 		 201 aa  169  2e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1246  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  45.45 
 
 		 212 aa  168  5e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1013  isopropylmalate isomerase small subunit  45.19 
 
 		 214 aa  168  5e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1564  isopropylmalate isomerase small subunit  44.23 
 
 		 215 aa  167  7e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.126411  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0337  isopropylmalate isomerase small subunit  42.71 
 
 		 201 aa  167  8e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.999258  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2509  isopropylmalate isomerase small subunit  46 
 
 		 201 aa  167  9e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0374  isopropylmalate isomerase small subunit  43.43 
 
 		 200 aa  166  1e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00814  isopropylmalate isomerase small subunit  43.94 
 
 		 200 aa  166  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1229  isopropylmalate isomerase small subunit  42.79 
 
 		 218 aa  166  2e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  0.103885 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3817  isopropylmalate isomerase small subunit  45.73 
 
 		 201 aa  166  2e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001659  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  43.94 
 
 		 200 aa  166  2e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.57325  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4547  isopropylmalate isomerase small subunit  45.5 
 
 		 201 aa  165  4e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.258236  normal  0.011903 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3568  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  46.19 
 
 		 203 aa  165  5e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34270  3-isopropylmalate dehydratase small subunit , LeuD  45.67 
 
 		 215 aa  164  8e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0423  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  45.31 
 
 		 194 aa  164  8e-40  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0497347 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4211  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  42.71 
 
 		 198 aa  164  1.0000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3825  isopropylmalate isomerase small subunit  43.5 
 
 		 201 aa  163  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1921  isopropylmalate isomerase small subunit  44.23 
 
 		 212 aa  163  1.0000000000000001e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.691189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3269  isopropylmalate isomerase small subunit  44.22 
 
 		 209 aa  162  2.0000000000000002e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03088  isopropylmalate isomerase small subunit  42.13 
 
 		 201 aa  163  2.0000000000000002e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02612  isopropylmalate isomerase small subunit  44.71 
 
 		 215 aa  162  3e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0041  isopropylmalate isomerase small subunit  45.6 
 
 		 200 aa  162  3e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>