225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0593 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0593  hypothetical protein  100 
 
 		 291 aa  574  1.0000000000000001e-163  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.38837 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1621  hypothetical protein  30.82 
 
 		 300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000792203 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1604  transcriptional regulator, XRE family  30.07 
 
 		 326 aa  116  3.9999999999999997e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0722397 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1932  hypothetical protein  30.56 
 
 		 324 aa  115  6.9999999999999995e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.240764  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01055  hypothetical protein  32.51 
 
 		 286 aa  108  2e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.760884  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06111  hypothetical protein  32.51 
 
 		 286 aa  108  2e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.249477  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2986  hypothetical protein  31.44 
 
 		 311 aa  106  5e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3610  cytoskeletal protein RodZ  30.72 
 
 		 323 aa  106  5e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.261218 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1304  hypothetical protein  28.62 
 
 		 321 aa  103  3e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.358392  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0287  hypothetical protein  26.98 
 
 		 393 aa  102  6e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.151411  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1903  hypothetical protein  29.29 
 
 		 281 aa  102  6e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01066  hypothetical protein  27.56 
 
 		 321 aa  100  4e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2366  hypothetical protein  25.23 
 
 		 340 aa  99.8  4e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000180475  normal  0.579139 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004350  hypothetical protein  26.4 
 
 		 323 aa  99  7e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3010  cytoskeletal protein RodZ  29.01 
 
 		 336 aa  97.1  3e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2668  cytoskeletal protein RodZ  28.79 
 
 		 336 aa  96.7  4e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.248516 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0419  cytoskeletal protein RodZ  28.27 
 
 		 345 aa  96.3  5e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00250443 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40300  hypothetical protein  29.43 
 
 		 342 aa  95.5  8e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2782  cytoskeletal protein RodZ  28.97 
 
 		 334 aa  94.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.764558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2653  hypothetical protein  27.02 
 
 		 361 aa  94.4  2e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2676  cytoskeletal protein RodZ  29.14 
 
 		 334 aa  93.2  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2991  hypothetical protein  23.75 
 
 		 356 aa  93.2  5e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000645272  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0728  hypothetical protein  27.72 
 
 		 296 aa  92.4  7e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2853  XRE family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 351 aa  92  9e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2719  cytoskeletal protein RodZ  28.96 
 
 		 336 aa  92  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02982  hypothetical protein  23.17 
 
 		 350 aa  92  1e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0033569  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2893  cytoskeletal protein RodZ  28.83 
 
 		 334 aa  91.7  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1298  hypothetical protein  24.86 
 
 		 376 aa  91.3  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.445339  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3006  hypothetical protein  23.08 
 
 		 356 aa  91.3  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000608757  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1289  hypothetical protein  28.39 
 
 		 336 aa  90.9  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1214  hypothetical protein  30.61 
 
 		 367 aa  90.9  3e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.567151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3149  hypothetical protein  24.2 
 
 		 361 aa  89.7  4e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.301792  hitchhiker  0.00818822 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1372  hypothetical protein  24.2 
 
 		 361 aa  89.7  4e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0303948  normal  0.0676016 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2763  cytoskeletal protein RodZ  29.02 
 
 		 334 aa  90.1  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1363  hypothetical protein  31.53 
 
 		 294 aa  89.4  7e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.753164  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1117  cytoskeletal protein RodZ  27.61 
 
 		 327 aa  88.2  1e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1228  hypothetical protein  24.08 
 
 		 375 aa  88.6  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0193476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1185  cytoskeletal protein RodZ  27.4 
 
 		 363 aa  88.2  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02408  hypothetical protein  27.58 
 
 		 337 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1152  transcriptional regulator, XRE family  27.58 
 
 		 337 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.603159  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2667  cytoskeletal protein RodZ  27.58 
 
 		 337 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2800  cytoskeletal protein RodZ  27.58 
 
 		 337 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.563257  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02370  hypothetical protein  27.58 
 
 		 337 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2891  cytoskeletal protein RodZ  27.58 
 
 		 337 aa  87.8  2e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1161  cytoskeletal protein RodZ  27.58 
 
 		 337 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.697985  decreased coverage  0.00885076 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1115  hypothetical protein  24.92 
 
 		 325 aa  87.4  3e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3741  cytoskeletal protein RodZ  27.27 
 
 		 337 aa  86.7  4e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3015  cytoskeletal protein RodZ  26.01 
 
 		 334 aa  86.3  5e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2087  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  28.08 
 
 		 338 aa  86.3  6e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1659  transcriptional regulator, XRE family  28.92 
 
 		 289 aa  85.5  8e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.232922 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0681  hypothetical protein  27.3 
 
 		 273 aa  83.6  0.000000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000427065  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2738  cytoskeletal protein RodZ  27.62 
 
 		 323 aa  82.8  0.000000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3313  hypothetical protein  24.86 
 
 		 374 aa  82.4  0.000000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1150  transcriptional regulator, XRE family  27.41 
 
 		 360 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.771962 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1257  cytoskeletal protein RodZ  26.77 
 
 		 332 aa  81.3  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.405969  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1058  transcriptional regulator, XRE family  27.11 
 
 		 360 aa  80.1  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0971616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1714  hypothetical protein  29.33 
 
 		 288 aa  78.6  0.0000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.333106  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2378  hypothetical protein  35.5 
 
 		 448 aa  78.2  0.0000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.654277  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1778  hypothetical protein  28.62 
 
 		 288 aa  78.6  0.0000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.842722  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1431  hypothetical protein  25.17 
 
 		 310 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.164911  normal  0.214757 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2107  XRE family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 351 aa  77.4  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.211788 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3391  transcriptional regulator  44.33 
 
 		 322 aa  77.8  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4253  hypothetical protein  24.84 
 
 		 330 aa  77  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1997  hypothetical protein  27.74 
 
 		 304 aa  77  0.0000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.154072 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3307  hypothetical protein  26.46 
 
 		 248 aa  76.6  0.0000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.189591  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0651  hypothetical protein  25 
 
 		 271 aa  76.3  0.0000000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.294902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0403  hypothetical protein  23.25 
 
 		 318 aa  75.9  0.0000000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.902223  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1115  transcriptional regulator, putative  29.21 
 
 		 284 aa  70.9  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.535811  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0529  helix-turn-helix domain-containing protein  29.89 
 
 		 265 aa  71.2  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.235438  normal  0.474385 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2172  hypothetical protein  33.33 
 
 		 256 aa  71.2  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2869  hypothetical protein  36.7 
 
 		 299 aa  70.1  0.00000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1282  XRE family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 279 aa  70.1  0.00000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.181743 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1056  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 260 aa  68.6  0.0000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0545151  normal  0.0954786 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2193  hypothetical protein  25.22 
 
 		 380 aa  68.6  0.0000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1608  transcriptional regulator, XRE family  35.34 
 
 		 270 aa  67.8  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.174572  normal  0.114559 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2434  hypothetical protein  23.71 
 
 		 308 aa  66.2  0.0000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0163428  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1502  hypothetical protein  32.8 
 
 		 189 aa  65.9  0.0000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1481  hypothetical protein  32.8 
 
 		 189 aa  65.9  0.0000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1500  hypothetical protein  34.38 
 
 		 273 aa  65.9  0.0000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.342716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1227  hypothetical protein  30.51 
 
 		 380 aa  64.3  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0535781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1126  hypothetical protein  25.59 
 
 		 340 aa  64.7  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.869232  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3881  hypothetical protein  23.1 
 
 		 303 aa  64.7  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00307099  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3795  hypothetical protein  22.76 
 
 		 303 aa  63.9  0.000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000175275 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4602  XRE family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 352 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1689  XRE family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 342 aa  63.9  0.000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0347421 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4046  XRE family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 319 aa  63.5  0.000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1433  hypothetical protein  24.76 
 
 		 331 aa  63.2  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.575775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1789  XRE family transcriptional regulator  50.77 
 
 		 196 aa  63.2  0.000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3632  hypothetical protein  22.76 
 
 		 303 aa  62.8  0.000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000216047  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3918  hypothetical protein  22.76 
 
 		 303 aa  62.8  0.000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000248975  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1543  hypothetical protein  37.5 
 
 		 340 aa  62.4  0.000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0277008  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3542  hypothetical protein  22.41 
 
 		 303 aa  61.6  0.00000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000464083  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3592  hypothetical protein  31.25 
 
 		 566 aa  62  0.00000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1943  transcriptional regulator, putative  34.88 
 
 		 246 aa  61.6  0.00000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3524  hypothetical protein  22.07 
 
 		 303 aa  61.6  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00215558  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2036  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 328 aa  60.8  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0080217  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1468  transcriptional regulator, XRE family  40.51 
 
 		 312 aa  61.6  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.520924  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0838  XRE family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 241 aa  61.2  0.00000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0852  Cro/CI family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 335 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1418  hypothetical protein  27.42 
 
 		 304 aa  60.8  0.00000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000154024  normal  0.202386 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>