More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3273 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3273  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 185 aa  379  1e-104  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2686  LuxR family regulatory protein  52.91 
 
 		 203 aa  185  3e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2463  LuxR family transcriptional regulator  51.11 
 
 		 423 aa  180  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1516  LuxR family transcriptional regulator  51.11 
 
 		 182 aa  177  5.999999999999999e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0300196  normal  0.667528 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3282  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 202 aa  174  9e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1152  LuxR family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 181 aa  174  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3128  LuxR family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 181 aa  168  5e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1761  transcriptional regulator, LuxR family  49.12 
 
 		 181 aa  167  6e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247672  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1960  LuxR family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 181 aa  167  6e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1564  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 181 aa  167  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1442  LuxR family transcriptional regulator  49.42 
 
 		 181 aa  166  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0982  LuxR family transcriptional regulator  49.42 
 
 		 228 aa  165  4e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1464  LuxR family transcriptional regulator  49.42 
 
 		 228 aa  165  4e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4267  LuxR family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 180 aa  164  5.9999999999999996e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1785  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 228 aa  164  5.9999999999999996e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1268  LuxR family transcriptional regulator  47.67 
 
 		 181 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.550511  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1984  transcriptional regulator, LuxR family  45.93 
 
 		 181 aa  163  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4609  LuxR family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 181 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0187636  normal  0.5658 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1654  transcriptional regulator, LuxR family  45.93 
 
 		 181 aa  163  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00914552  normal  0.0273292 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2762  transcriptional regulator, LuxR family  47.67 
 
 		 181 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.449206  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1109  LuxR family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 181 aa  161  6e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0705073  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1876  LuxR family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 181 aa  161  6e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0402354  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1723  sensory box transcriptional regulator  48.84 
 
 		 181 aa  161  6e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2609  LuxR family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 181 aa  161  6e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0949  LuxR family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 181 aa  161  6e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.359362  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1698  PAS  48.84 
 
 		 181 aa  161  6e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.361141  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1551  LuxR family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 181 aa  161  6e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.955987  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0214  LuxR family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 181 aa  161  6e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.231548  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1569  putative transcription regulator protein  45.93 
 
 		 181 aa  160  7e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1349  LuxR family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 181 aa  160  9e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1389  LuxR family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 181 aa  160  9e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.261896  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1904  LuxR family transcriptional regulator  47.51 
 
 		 184 aa  160  1e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.490701 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2659  putative PAS/PAC sensor protein  48.57 
 
 		 184 aa  159  2e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.610305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2636  LuxR family transcriptional regulator  47.95 
 
 		 206 aa  158  4e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1365  LuxR family transcriptional regulator  47.09 
 
 		 181 aa  158  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3263  transcriptional regulator, LuxR family  46.07 
 
 		 188 aa  153  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.19467  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1985  LuxR family transcriptional regulator  45.98 
 
 		 185 aa  152  2.9999999999999998e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000655544 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1455  LuxR family transcriptional regulator  44.38 
 
 		 197 aa  144  9e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.231735  normal  0.641899 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22220  Transcriptional regulator, LuxR family  40.68 
 
 		 188 aa  132  3.9999999999999996e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.339277  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5257  LuxR family transcriptional regulator  40.12 
 
 		 201 aa  128  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.272579  normal  0.17702 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3436  LuxR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 190 aa  124  5e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4682  putative PAS/PAC sensor protein  37.3 
 
 		 192 aa  122  3e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.706561 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0936  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.65 
 
 		 803 aa  79  0.00000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0173561 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.69 
 
 		 1093 aa  77.8  0.00000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.260436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4922  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.98 
 
 		 617 aa  71.2  0.000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.051397 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30 
 
 		 736 aa  70.5  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.45 
 
 		 743 aa  69.7  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.116694  normal  0.658047 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1518.1  DNA-binding response regulator  56.67 
 
 		 223 aa  68.9  0.00000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000399536  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2085  DNA-binding response regulator  56.67 
 
 		 264 aa  68.9  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.844485  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0560  DNA-binding response regulator  56.67 
 
 		 223 aa  68.9  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0224831  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0851  DNA-binding response regulator  60.78 
 
 		 223 aa  68.9  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0464733  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2151  DNA-binding response regulator  56.67 
 
 		 214 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.639034  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2062  LuxR family DNA-binding response regulator  56.67 
 
 		 214 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0947149  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0766  DNA-binding response regulator  56.67 
 
 		 214 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.261512  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0741  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.2 
 
 		 1193 aa  67  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000131287 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1478  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.82 
 
 		 740 aa  65.9  0.0000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.82 
 
 		 756 aa  65.9  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3517  two component LuxR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 201 aa  63.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.751217  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03553  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system wtih UhpB  58.82 
 
 		 196 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0034  two component transcriptional regulator, LuxR family  58.82 
 
 		 196 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0030  DNA-binding transcriptional activator UhpA  58.82 
 
 		 196 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4157  DNA-binding response regulator  36.63 
 
 		 202 aa  63.2  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4178  DNA-binding transcriptional activator UhpA  58.82 
 
 		 196 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5099  DNA-binding transcriptional activator UhpA  58.82 
 
 		 196 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0828785 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4250  DNA-binding transcriptional activator UhpA  58.82 
 
 		 196 aa  63.5  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4034  DNA-binding transcriptional activator UhpA  58.82 
 
 		 196 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.383338 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03495  hypothetical protein  58.82 
 
 		 196 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3882  DNA-binding transcriptional activator UhpA  58.82 
 
 		 196 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4000  DNA-binding transcriptional activator UhpA  57.41 
 
 		 196 aa  62.4  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.348805  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4179  DNA-binding transcriptional activator UhpA  57.41 
 
 		 196 aa  62.4  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0241  LuxR family transcriptional regulator  57.69 
 
 		 216 aa  62.8  0.000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4071  DNA-binding transcriptional activator UhpA  57.41 
 
 		 196 aa  62.4  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4121  DNA-binding transcriptional activator UhpA  57.41 
 
 		 196 aa  62.4  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.97066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4016  DNA-binding transcriptional activator UhpA  57.41 
 
 		 196 aa  62.4  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3504  DNA-binding transcriptional activator UhpA  58.82 
 
 		 196 aa  62.4  0.000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3697  two component LuxR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 201 aa  62  0.000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0081  two component LuxR family transcriptional regulator  50.82 
 
 		 196 aa  62  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0534  response regulator receiver protein  34.65 
 
 		 200 aa  61.6  0.000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0436  two component LuxR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 202 aa  61.6  0.000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4132  two-component system response regulator  49.18 
 
 		 196 aa  61.6  0.000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.249835 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4080  transcriptional regulatory protein UhpA  49.18 
 
 		 196 aa  61.6  0.000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2771  two component LuxR family transcriptional regulator  55.77 
 
 		 206 aa  61.2  0.000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1499  LuxR family two component transcriptional regulator  55.77 
 
 		 209 aa  60.8  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0560  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.64 
 
 		 940 aa  60.5  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3850  two component LuxR family transcriptional regulator  55.77 
 
 		 209 aa  60.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2450  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.83 
 
 		 700 aa  60.5  0.00000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1317  response regulator  49.06 
 
 		 220 aa  60.5  0.00000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.500574  normal  0.0503905 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0027  DNA-binding transcriptional activator UhpA  56.86 
 
 		 197 aa  60.5  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0451  response regulator receiver protein  35.64 
 
 		 200 aa  60.1  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3862  response regulator receiver protein  35.64 
 
 		 200 aa  60.1  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0467  two component LuxR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 200 aa  60.1  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1135  two component LuxR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 201 aa  59.3  0.00000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.564331  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3082  two component LuxR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 201 aa  59.3  0.00000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0470395  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1878  two component transcriptional regulator, LuxR family  53.85 
 
 		 208 aa  59.7  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  29.14 
 
 		 437 aa  59.3  0.00000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0478  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.64 
 
 		 200 aa  59.7  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3104  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.96 
 
 		 700 aa  59.3  0.00000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2041  response regulator receiver protein  48.72 
 
 		 214 aa  58.9  0.00000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.212509  hitchhiker  0.00400016 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0530  two component LuxR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 211 aa  58.5  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3365  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.77 
 
 		 216 aa  58.5  0.00000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.7758  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>