More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3051 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3051  FAD linked oxidase-like  100 
 
 		 469 aa  969    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.89467  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5135  FAD linked oxidase domain protein  40.27 
 
 		 454 aa  315  9.999999999999999e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.949399  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1674  FAD linked oxidase domain protein  40.09 
 
 		 468 aa  314  1.9999999999999998e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0159335  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4667  FAD linked oxidase domain protein  39.86 
 
 		 469 aa  313  5.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.526864 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3554  hypothetical protein  40.54 
 
 		 468 aa  303  5.000000000000001e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0329887  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3873  FAD linked oxidase domain-containing protein  38.74 
 
 		 459 aa  303  5.000000000000001e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.132225  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3144  FAD linked oxidase domain-containing protein  38.2 
 
 		 463 aa  294  2e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.720764  normal  0.256061 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3682  FAD linked oxidase-like  36.14 
 
 		 451 aa  290  4e-77  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1443  FAD linked oxidase domain protein  38.78 
 
 		 443 aa  290  6e-77  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1414  FAD linked oxidase domain protein  38.78 
 
 		 443 aa  290  6e-77  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1475  FAD linked oxidase-like  40.83 
 
 		 468 aa  286  4e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1268  hypothetical protein  37.99 
 
 		 448 aa  281  1e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.76462  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1368  FAD linked oxidase-like  38.8 
 
 		 446 aa  276  4e-73  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0179747 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1380  FAD linked oxidase domain protein  39.29 
 
 		 468 aa  274  3e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.221073  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5295  FAD linked oxidase domain protein  36.34 
 
 		 446 aa  274  3e-72  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2034  FAD linked oxidase domain protein  38.44 
 
 		 462 aa  269  7e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0807703  normal  0.594146 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1099  FAD linked oxidase domain protein  38.28 
 
 		 456 aa  266  8e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.160498  normal  0.70916 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1715  FAD linked oxidase domain-containing protein  37.78 
 
 		 462 aa  263  4.999999999999999e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.131468  normal  0.62537 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4761  FAD linked oxidase domain protein  36.81 
 
 		 457 aa  249  1e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.19101  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0798  putative FAD linked oxidase  34.08 
 
 		 474 aa  242  9e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0567  hypothetical protein  33.41 
 
 		 449 aa  234  3e-60  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.806895  decreased coverage  0.0060454 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19871  FAD/FMN-containing dehydrogenase  35.96 
 
 		 459 aa  223  8e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0370705 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15021  FAD/FMN-containing dehydrogenase  34.86 
 
 		 450 aa  217  2.9999999999999998e-55  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.244066  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14891  FAD/FMN-containing dehydrogenase  35.09 
 
 		 452 aa  216  5e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0855  hypothetical protein  36.71 
 
 		 449 aa  216  5.9999999999999996e-55  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1399  FAD/FMN-containing dehydrogenase  34.4 
 
 		 451 aa  211  3e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.150639  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_14641  FAD/FMN-containing dehydrogenase  34.7 
 
 		 451 aa  209  1e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0869  FAD/FMN-containing dehydrogenase  32.27 
 
 		 450 aa  202  9.999999999999999e-51  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17231  FAD/FMN-containing dehydrogenase  32.19 
 
 		 450 aa  201  1.9999999999999998e-50  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1537  hypothetical protein  34.23 
 
 		 452 aa  201  1.9999999999999998e-50  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.90174  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_13511  FAD/FMN-containing dehydrogenase  32.28 
 
 		 443 aa  189  1e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17300  FAD/FMN-dependent dehydrogenase  29.72 
 
 		 454 aa  159  7e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0304649  normal  0.13811 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1980  FAD linked oxidase domain protein  23.74 
 
 		 411 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1821  FAD linked oxidase domain-containing protein  23.11 
 
 		 409 aa  101  3e-20  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.778953  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0033  glycolate oxidase subunit GlcD  27.83 
 
 		 499 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0997  FAD linked oxidase domain protein  35.32 
 
 		 498 aa  84.7  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6392  glycolate oxidase subunit GlcD  26.29 
 
 		 499 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1651  FAD linked oxidase domain-containing protein  27 
 
 		 461 aa  84  0.000000000000006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2953  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  31.43 
 
 		 488 aa  82.8  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.094701  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1737  hypothetical protein  32.95 
 
 		 1024 aa  81.3  0.00000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.522031  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3331  glycolate oxidase subunit GlcD  30.26 
 
 		 499 aa  81.3  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000167182 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0495  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  25.68 
 
 		 496 aa  81.3  0.00000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2134  hypothetical protein  31.36 
 
 		 1024 aa  81.3  0.00000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2018  glycolate oxidase subunit GlcD  29.39 
 
 		 499 aa  80.9  0.00000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.252442  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3047  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  30.95 
 
 		 488 aa  80.9  0.00000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.767313  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3745  glycolate oxidase subunit GlcD  29.39 
 
 		 499 aa  80.5  0.00000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.337857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0433  FAD linked oxidase-like  33.51 
 
 		 500 aa  80.1  0.00000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00114577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2926  FAD linked oxidase-like protein  33.33 
 
 		 500 aa  80.1  0.00000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0625  FAD linked oxidase domain-containing protein  32.09 
 
 		 511 aa  80.1  0.00000000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1893  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  32.86 
 
 		 481 aa  80.1  0.00000000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3978  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  29.95 
 
 		 497 aa  79.7  0.00000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0945147 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1083  FAD linked oxidase domain-containing protein  32.45 
 
 		 517 aa  79.7  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3260  FAD linked oxidase domain-containing protein  31.5 
 
 		 512 aa  79.3  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.440454 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2867  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  33.14 
 
 		 488 aa  79.3  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0988  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  26.61 
 
 		 475 aa  79.7  0.0000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0857891  hitchhiker  0.00240363 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2159  glycolate oxidase subunit GlcD  28.14 
 
 		 499 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251033 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0293  FAD linked oxidase domain-containing protein  33.51 
 
 		 500 aa  79.7  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0727  FAD linked oxidase domain-containing protein  28.72 
 
 		 989 aa  79  0.0000000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2666  glycolate oxidase FAD-linked subunit oxidoreductase  32.98 
 
 		 497 aa  79  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.530486  normal  0.344368 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0720  FAD linked oxidase domain protein  29.95 
 
 		 497 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.732845 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2306  glycolate oxidase subunit GlcD  29.45 
 
 		 499 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.354077  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0222  FAD linked oxidase domain protein  34.04 
 
 		 502 aa  78.2  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0425  FAD linked oxidase domain-containing protein  31.02 
 
 		 494 aa  77.8  0.0000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0953  FAD linked oxidase-like protein  31.31 
 
 		 474 aa  77.8  0.0000000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2037  FAD linked oxidase domain protein  26.74 
 
 		 503 aa  77.4  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.159157  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0562  FAD linked oxidase domain protein  29.72 
 
 		 466 aa  77.4  0.0000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70690  glycolate oxidase subunit GlcD  28.81 
 
 		 499 aa  77.4  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5491  glycolate oxidase subunit GlcD  29.82 
 
 		 499 aa  77  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.187915  hitchhiker  0.000688169 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4938  glycolate oxidase subunit GlcD  29.82 
 
 		 499 aa  77  0.0000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.408162  normal  0.0595953 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12710  FAD/FMN-dependent dehydrogenase  30.05 
 
 		 470 aa  76.6  0.0000000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2219  glycolate oxidase subunit GlcD  30.7 
 
 		 499 aa  76.6  0.0000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000941234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0606  FAD linked oxidase-like  32.45 
 
 		 492 aa  76.6  0.0000000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2496  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  31.41 
 
 		 499 aa  76.6  0.0000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2902  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  31.41 
 
 		 497 aa  76.6  0.0000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.495619  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1501  glycolate oxidase, GlcD subunit  32.46 
 
 		 484 aa  76.3  0.000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0901528  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0490  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.97 
 
 		 471 aa  75.9  0.000000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.450377 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0417  FAD linked oxidase domain protein  31.02 
 
 		 500 aa  76.3  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.589159  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6132  glycolate oxidase subunit GlcD  30.04 
 
 		 499 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3638  putative glycolate oxidase (FAD-linked subunit) oxidoreductase protein  32.5 
 
 		 504 aa  75.5  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.147047  normal  0.472178 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2202  glycolate oxidase subunit GlcD  26.16 
 
 		 499 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0173  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  32.18 
 
 		 485 aa  75.9  0.000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.155859  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2219  glycolate oxidase subunit GlcD  25.82 
 
 		 499 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.165204  hitchhiker  0.00964982 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2687  glycolate oxidase subunit GlcD  28.27 
 
 		 499 aa  75.9  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1462  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  28.45 
 
 		 457 aa  75.5  0.000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0624  FAD linked oxidase domain-containing protein  30.48 
 
 		 497 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.864789  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0650  FAD linked oxidase domain-containing protein  30.48 
 
 		 497 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0645  FAD linked oxidase domain-containing protein  30.48 
 
 		 511 aa  75.9  0.000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.257719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1291  glycolate oxidase, subunit GlcD  30.48 
 
 		 497 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2652  FAD linked oxidase domain-containing protein  30.48 
 
 		 497 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0510945 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3271  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  33.77 
 
 		 482 aa  74.7  0.000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000349626  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0951  (S)-2-hydroxy-acid dehydrogenase  36.96 
 
 		 456 aa  74.3  0.000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0702  FAD linked oxidase domain-containing protein  30.48 
 
 		 497 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.138361 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2514  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  28.88 
 
 		 501 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2684  FAD linked oxidase domain protein  36.21 
 
 		 480 aa  74.3  0.000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.907385  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0250  FAD linked oxidase-like  30.48 
 
 		 497 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.579749  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2833  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  26.06 
 
 		 484 aa  74.3  0.000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0734  FAD linked oxidase domain-containing protein  30.48 
 
 		 497 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.651197  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1234  FAD linked oxidase domain-containing protein  33.86 
 
 		 459 aa  74.3  0.000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43330  glycolate oxidase subunit GlcD  30.53 
 
 		 499 aa  73.9  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5643  glycolate oxidase subunit GlcD  30.61 
 
 		 499 aa  74.3  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.170782  normal  0.475418 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>