187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2954 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2954  flagellar biosynthetic protein FliR  100 
 
 		 259 aa  503  1e-141  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.103295 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4187  flagellar biosynthetic protein FliR  47.62 
 
 		 256 aa  207  1e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2612  type III secretion system inner membrane R protein  43.6 
 
 		 258 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.151679 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1321  flagellar biosynthesis pathway, component FliR  43.78 
 
 		 260 aa  170  2e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2980  type III secretion system inner membrane R protein  43.78 
 
 		 260 aa  170  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.751206 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3257  flagellar biosynthesis protein FliR  44.54 
 
 		 257 aa  155  6e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1383  flagellar biosynthesis protein FliR  33.17 
 
 		 251 aa  103  3e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.588943  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1136  flagellar biosynthesis protein FliR  32.77 
 
 		 256 aa  92.4  6e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2827  flagellar biosynthetic protein FliR  34.02 
 
 		 258 aa  92.4  6e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.24941  normal  0.254342 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1521  flagellar biosynthesis protein FliR  34.03 
 
 		 256 aa  92  9e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0686482  normal  0.256495 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1931  flagellar biosynthetic protein FliR  29.92 
 
 		 250 aa  90.5  2e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.852325  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5534  flagellar biosynthetic protein FliR  33.03 
 
 		 254 aa  89.7  4e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.084902  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3589  flagellar biosynthesis protein FliR  28.02 
 
 		 251 aa  87.8  1e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.528433  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2822  flagellar biosynthesis protein FliR  31.98 
 
 		 253 aa  87.4  2e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.104106  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2231  flagellar biosynthetic protein FliR  30.54 
 
 		 253 aa  85.9  5e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.621455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0284  flagellar biosynthesis protein FliR  28.8 
 
 		 250 aa  86.3  5e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.22977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1699  flagellar biosynthesis protein FliR  33.03 
 
 		 248 aa  85.9  6e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.10091 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2604  flagellar biosynthetic protein FliR  33.61 
 
 		 258 aa  85.1  9e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.390214  normal  0.406904 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5493  flagellar biosynthesis protein FliR  33.01 
 
 		 255 aa  85.1  9e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209401  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0773  flagellar biosynthesis protein FliR  28.33 
 
 		 250 aa  84.7  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0050  type III secretion system inner membrane R protein  27.08 
 
 		 249 aa  84  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5151  flagellar biosynthetic protein FliR  33.94 
 
 		 252 aa  83.6  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3216  flagellar biosynthesis protein FliR  27.23 
 
 		 265 aa  82  0.000000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0702  flagellar biosynthesis protein FliR  29.82 
 
 		 256 aa  81.3  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0700656  normal  0.100777 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3773  flagellar biosynthesis protein FliR  32.26 
 
 		 255 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0733885  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1697  flagellar biosynthesis protein FliR  32.72 
 
 		 255 aa  81.3  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.960297  normal  0.708349 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1396  flagellar biosynthesis protein FliR  33.47 
 
 		 256 aa  81.6  0.00000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.401205  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0691  flagellar biosynthesis protein FliR  29.82 
 
 		 256 aa  81.3  0.00000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0302872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0271  flagellar biosynthesis protein FliR  28.1 
 
 		 248 aa  81.3  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.130948  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1354  flagellar biosynthesis protein FliR  28.09 
 
 		 265 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.541538  normal  0.208053 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2634  flagellar biosynthetic protein FliR  33.2 
 
 		 258 aa  79.3  0.00000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.485257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1294  flagellar biosynthesis protein FliR  27.97 
 
 		 265 aa  79  0.00000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.755718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1361  flagellar biosynthesis protein FliR  27.97 
 
 		 265 aa  79.3  0.00000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.837405 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2285  flagellar biosynthesis protein FliR  29.57 
 
 		 262 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.216836  normal  0.948189 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0665  flagellar biosynthesis protein FliR  28.51 
 
 		 256 aa  75.9  0.0000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.840101  normal  0.246293 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3056  flagellar biosynthesis protein FliR  27.39 
 
 		 265 aa  75.5  0.0000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.394206 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2914  flagellar biosynthesis protein FliR  27.39 
 
 		 265 aa  75.5  0.0000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.401935  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1449  flagellar biosynthesis protein FliR  27.39 
 
 		 265 aa  75.5  0.0000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.22312  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2564  flagellar biosynthesis protein FliR  27.83 
 
 		 265 aa  75.5  0.0000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2924  flagellar biosynthesis protein FliR  27.39 
 
 		 265 aa  75.5  0.0000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2574  flagellar biosynthesis protein FliR  31.58 
 
 		 253 aa  75.9  0.0000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0553295 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1982  flagellar biosynthesis protein FliR  27.06 
 
 		 261 aa  74.7  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.345887  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2130  type III secretion system inner membrane R protein  31.12 
 
 		 259 aa  74.3  0.000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1373  flagellar biosynthesis protein FliR  28.7 
 
 		 266 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.458801  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0346  flagellar biosynthesis protein FliR  26.58 
 
 		 250 aa  73.6  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.233596  normal  0.715402 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4407  flagellar biosynthesis protein FliR  32.54 
 
 		 255 aa  71.2  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.605024  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1194  flagellar biosynthesis protein FliR  28.14 
 
 		 267 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1159  flagellar biosynthesis protein FliR  25.86 
 
 		 265 aa  71.2  0.00000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1378  flagellar biosynthesis protein FliR  28.03 
 
 		 265 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.720864  normal  0.279429 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1338  flagellar biosynthesis protein FliR  28.7 
 
 		 267 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4185  flagellar biosynthesis protein FliR  26.81 
 
 		 255 aa  70.1  0.00000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0712  flagellar biosynthetic protein FliR  26.17 
 
 		 258 aa  70.1  0.00000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0378  flagellar biosynthesis protein FliR  26.16 
 
 		 250 aa  69.7  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.296075  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3986  flagellar biosynthetic protein FliR  26.84 
 
 		 259 aa  69.3  0.00000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1119  flagellar biosynthesis protein FliR  27.96 
 
 		 248 aa  68.9  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.294704  normal  0.892593 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0091  flagellar biosynthetic protein FliR  29.61 
 
 		 259 aa  68.9  0.00000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1357  flagellar biosynthetic protein FliR  27.19 
 
 		 260 aa  68.2  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.811405  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2627  flagellar biosynthetic protein FliR  30.22 
 
 		 252 aa  68.2  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.419537 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02875  flagellar biosynthesis protein FliR  25.81 
 
 		 259 aa  67.4  0.0000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1131  flagellar biosynthesis protein FliR  25.94 
 
 		 255 aa  67  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.715022  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1967  flagellar biosynthetic protein FliR  27.5 
 
 		 261 aa  67  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1170  flagellar biosynthetic protein FliR  28.33 
 
 		 253 aa  67  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.113223 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3054  flagellar biosynthesis protein FliR  23.89 
 
 		 265 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.649566  normal  0.208411 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5879  flagellar biosynthesis protein FliR  29.55 
 
 		 261 aa  65.5  0.0000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.250463  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0065  flagellar protein FliR  29.36 
 
 		 269 aa  65.1  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1700  flagellar biosynthetic protein FliR  29.36 
 
 		 269 aa  65.1  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000123329 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1514  flagellar biosynthesis protein FliR  26.05 
 
 		 260 aa  63.9  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1974  flagellar biosynthetic protein FliR  28.51 
 
 		 258 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0533447  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1333  flagellar biosynthetic protein FliR  29.49 
 
 		 257 aa  64.3  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.762927  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03149  flagellar biosynthesis protein FliR  25.98 
 
 		 260 aa  64.3  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0425  flagellar biosynthesis protein FliR  29.28 
 
 		 264 aa  63.5  0.000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001178  flagellar biosynthesis protein FliR  29.74 
 
 		 258 aa  62.8  0.000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.795861  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2541  flagellar biosynthesis protein FliR  23.36 
 
 		 264 aa  62.4  0.000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00342215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1411  flagellar biosynthetic protein FliR  27.88 
 
 		 257 aa  62  0.00000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.844633  normal  0.465726 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1632  flagellar biosynthetic protein FliR  27.01 
 
 		 257 aa  60.8  0.00000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2943  flagellar biosynthetic protein FliR  27.56 
 
 		 260 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3095  flagellar biosynthesis protein FliR  27.41 
 
 		 264 aa  60.8  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0482  flagellar biosynthetic protein FliR  29.36 
 
 		 263 aa  60.5  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0702  flagellar biosynthesis protein FliR  28.19 
 
 		 255 aa  60.5  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.310236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3483  flagellar biosynthetic protein FliR  26.07 
 
 		 259 aa  61.2  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1703  flagellar biosynthesis protein FliR  25 
 
 		 260 aa  60.8  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0650  flagellar biosynthetic protein FliR  29 
 
 		 256 aa  60.1  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0980  flagellar biosynthetic protein FliR  29.39 
 
 		 260 aa  60.5  0.00000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.250656  normal  0.0129952 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1879  flagellar biosynthesis protein FliR  25.87 
 
 		 261 aa  60.5  0.00000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04965  flagellar biosynthesis pathway, component FliR  28.88 
 
 		 258 aa  60.5  0.00000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3442  flagellar biosynthesis protein FliR  27.52 
 
 		 261 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.65432 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2810  flagellar biosynthesis protein FliR  26.36 
 
 		 258 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.47893  normal  0.0490399 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002827  flagellar biosynthesis protein FliR  24.51 
 
 		 260 aa  59.7  0.00000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3069  flagellar biosynthetic protein FliR  29.52 
 
 		 247 aa  58.2  0.0000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.159103  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0068  flagellar biosynthetic protein FliR  25.77 
 
 		 266 aa  58.5  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.981811  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45740  flagellar biosynthesis protein FliR  29.96 
 
 		 258 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3795  flagellar biosynthetic protein FliR  29.52 
 
 		 256 aa  57.8  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2296  flagellar biosynthesis protein FliR  25.49 
 
 		 260 aa  57.4  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2587  flagellar biosynthesis protein FliR  25.87 
 
 		 261 aa  56.6  0.0000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1675  flagellar biosynthesis protein FliR  26.79 
 
 		 260 aa  56.6  0.0000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5303  flagellar biosynthetic protein FliR  25.96 
 
 		 261 aa  56.6  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.114912 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3879  flagellar biosynthesis protein FliR  29.66 
 
 		 258 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0017  flagellar biosynthetic protein FliR  23.91 
 
 		 256 aa  56.2  0.0000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0256175  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3679  flagellar biosynthesis protein FliR  25.63 
 
 		 258 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0271988  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0017  flagellar biosynthetic protein FliR  23.91 
 
 		 256 aa  56.2  0.0000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0289665  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>