More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2063 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1485  FAD dependent oxidoreductase  44.51 
 
 		 804 aa  654    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.542815  normal  0.236172 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2488  FAD dependent oxidoreductase  45.83 
 
 		 806 aa  668    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.255163  normal  0.0203493 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2805  FAD dependent oxidoreductase  70.3 
 
 		 802 aa  1167    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.898682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1426  FAD dependent oxidoreductase  44.53 
 
 		 805 aa  679    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0785769 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2063  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 		 806 aa  1670    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5112  FAD dependent oxidoreductase  73.83 
 
 		 806 aa  1250    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0323529 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2727  dimethylglycine dehydrogenase  37.68 
 
 		 879 aa  555  1e-156  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1481  FAD dependent oxidoreductase  37.61 
 
 		 801 aa  531  1e-149  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3310  FAD dependent oxidoreductase  36.62 
 
 		 816 aa  511  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.198346  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4350  FAD dependent oxidoreductase  36.74 
 
 		 816 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000248836 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2198  FAD dependent oxidoreductase  35.49 
 
 		 815 aa  506  9.999999999999999e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.138151  normal  0.0335767 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4021  FAD dependent oxidoreductase  36.17 
 
 		 816 aa  502  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0939  FAD dependent oxidoreductase  39.21 
 
 		 797 aa  501  1e-140  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0919  FAD dependent oxidoreductase  36.11 
 
 		 837 aa  497  1e-139  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4985  FAD dependent oxidoreductase  35.86 
 
 		 831 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0450258 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1666  dehydrogenase  36.18 
 
 		 831 aa  488  1e-136  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0839495 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0486  FAD dependent oxidoreductase  35.6 
 
 		 835 aa  484  1e-135  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0493808  normal  0.0384194 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2967  bifunctional enzyme involved in glycine degradation  36.4 
 
 		 831 aa  480  1e-134  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.782343 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1596  FAD dependent oxidoreductase  35.14 
 
 		 821 aa  481  1e-134  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.26338 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3866  FAD dependent oxidoreductase  36.61 
 
 		 843 aa  481  1e-134  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4871  FAD dependent oxidoreductase  35.82 
 
 		 825 aa  469  1.0000000000000001e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.862382  normal  0.731807 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3161  FAD dependent oxidoreductase  36.39 
 
 		 827 aa  462  9.999999999999999e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3566  dimethylglycine dehydrogenase  34.89 
 
 		 831 aa  457  1e-127  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3155  hypothetical protein  34.41 
 
 		 831 aa  456  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3249  FAD dependent oxidoreductase  34.89 
 
 		 831 aa  456  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0784832  normal  0.220016 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4916  FAD dependent oxidoreductase  34.91 
 
 		 815 aa  457  1e-127  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2197  FAD dependent oxidoreductase  34.59 
 
 		 815 aa  453  1.0000000000000001e-126  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.031847 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3311  FAD dependent oxidoreductase  35.49 
 
 		 817 aa  450  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2849  FAD dependent oxidoreductase  34.64 
 
 		 812 aa  444  1e-123  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0394509  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0798  glycine cleavage system T protein  34.17 
 
 		 822 aa  440  9.999999999999999e-123  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1254  FAD dependent oxidoreductase  33.99 
 
 		 799 aa  441  9.999999999999999e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0777915  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2290  FAD dependent oxidoreductase  34.31 
 
 		 823 aa  441  9.999999999999999e-123  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.407986 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0434  FAD dependent oxidoreductase  33.98 
 
 		 819 aa  436  1e-120  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1940  FAD dependent oxidoreductase  35.4 
 
 		 830 aa  435  1e-120  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239261  normal  0.0111129 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0642  FAD dependent oxidoreductase  32.75 
 
 		 815 aa  410  1e-113  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3838  FAD dependent oxidoreductase  33.99 
 
 		 827 aa  407  1.0000000000000001e-112  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.761233  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2591  FAD dependent oxidoreductase  34.76 
 
 		 826 aa  405  1e-111  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0762  FAD dependent oxidoreductase  30.98 
 
 		 812 aa  365  1e-99  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.108015  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_56477  glycine decarboxylase t-protein  29.66 
 
 		 854 aa  339  9e-92  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.645348  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2459  FAD dependent oxidoreductase  30.8 
 
 		 830 aa  330  6e-89  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.438367  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2504  FAD dependent oxidoreductase  30.8 
 
 		 830 aa  330  6e-89  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.1116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2496  FAD dependent oxidoreductase  30.43 
 
 		 830 aa  325  3e-87  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3463  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.18 
 
 		 830 aa  320  6e-86  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18850  glycine cleavage system T protein (aminomethyltransferase)  28.95 
 
 		 819 aa  317  5e-85  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.303857  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4706  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.17 
 
 		 850 aa  316  9.999999999999999e-85  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.449188  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3469  FAD dependent oxidoreductase  28.57 
 
 		 835 aa  315  1.9999999999999998e-84  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3080  FAD dependent oxidoreductase  30.46 
 
 		 816 aa  315  2.9999999999999996e-84  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.202627 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3718  FAD dependent oxidoreductase  28.94 
 
 		 835 aa  314  3.9999999999999997e-84  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2879  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.68 
 
 		 821 aa  313  7.999999999999999e-84  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1822  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.13 
 
 		 838 aa  311  2e-83  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0328882 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4740  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.12 
 
 		 857 aa  308  2.0000000000000002e-82  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.38185  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3855  dimethylglycine dehydrogenase precursor  27.05 
 
 		 808 aa  281  2e-74  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.235355  decreased coverage  0.00899155 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19690  glycine cleavage system T protein (aminomethyltransferase)  29.33 
 
 		 840 aa  256  2.0000000000000002e-66  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0416659  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08654  N,N-dimethylglycine oxidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G06470)  25.84 
 
 		 948 aa  239  2e-61  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.12835  normal  0.470294 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1864  FAD dependent oxidoreductase  25.75 
 
 		 853 aa  215  2.9999999999999995e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.731866  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2430  FAD dependent oxidoreductase  26 
 
 		 853 aa  213  9e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5914  FAD dependent oxidoreductase  25.78 
 
 		 853 aa  213  9e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.194637  normal  0.628554 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6885  FAD dependent oxidoreductase  25.58 
 
 		 853 aa  212  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.820475 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3120  FAD dependent oxidoreductase  29.8 
 
 		 385 aa  158  5.0000000000000005e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1073  FAD dependent oxidoreductase  31.3 
 
 		 385 aa  155  2.9999999999999998e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3808  FAD dependent oxidoreductase  31.23 
 
 		 385 aa  155  4e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.876353 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3964  FAD dependent oxidoreductase  28.68 
 
 		 378 aa  148  3e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04340  glycine/D-amino acid oxidase, deaminating  29.7 
 
 		 386 aa  147  1e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.704442 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3287  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  29.14 
 
 		 987 aa  144  9e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2281  FAD dependent oxidoreductase  28.43 
 
 		 385 aa  140  1e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.405661  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1938  FAD dependent oxidoreductase  30.54 
 
 		 388 aa  139  3.0000000000000003e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5744  sarcosine oxidase alpha subunit  29.38 
 
 		 987 aa  138  4e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.100825  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0595  FAD dependent oxidoreductase  27.6 
 
 		 390 aa  137  8e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.140462  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2450  sarcosine oxidase, alpha subunit  27.18 
 
 		 968 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0353624  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0968  FAD dependent oxidoreductase  28.8 
 
 		 383 aa  134  6e-30  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0185207  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1730  FAD dependent oxidoreductase  29.05 
 
 		 382 aa  133  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4550  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.49 
 
 		 360 aa  133  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.669623 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2751  aminomethyltransferase  26.49 
 
 		 365 aa  132  2.0000000000000002e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2308  FAD dependent oxidoreductase  26.81 
 
 		 395 aa  132  2.0000000000000002e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3377  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  28.26 
 
 		 984 aa  132  2.0000000000000002e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.958217 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1496  glycine cleavage system T protein  26.28 
 
 		 371 aa  131  4.0000000000000003e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3331  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  28.07 
 
 		 999 aa  132  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.967331 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2479  FAD dependent oxidoreductase  27.57 
 
 		 496 aa  131  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.113272  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1475  FAD dependent oxidoreductase  27.36 
 
 		 500 aa  131  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.540838  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2222  aminomethyltransferase  26.43 
 
 		 968 aa  130  7.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.282485  normal  0.38236 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1379  FAD dependent oxidoreductase  27.36 
 
 		 500 aa  130  8.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.258536  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5067  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  27.56 
 
 		 1003 aa  130  8.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.844501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1912  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.18 
 
 		 441 aa  130  9.000000000000001e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000389017  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0737  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.74 
 
 		 364 aa  130  1.0000000000000001e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3506  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  27.49 
 
 		 1003 aa  130  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0488  sarcosine oxidase, alpha subunit, heterotetrameric  27.74 
 
 		 1003 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5916  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.72 
 
 		 988 aa  130  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.564133 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0867  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  30.25 
 
 		 1003 aa  129  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3474  aminomethyltransferase  26.68 
 
 		 965 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0971  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  27.48 
 
 		 1011 aa  129  3e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0713  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.34 
 
 		 364 aa  129  3e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7231  sarcosine oxidase, alpha subunit family  29.06 
 
 		 985 aa  128  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0118066  normal  0.098262 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5130  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  27.56 
 
 		 1003 aa  128  5e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.564835  normal  0.907469 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0961  glycine cleavage system T protein  28.83 
 
 		 364 aa  127  6e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.132468  normal  0.780252 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3218  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  28.05 
 
 		 1003 aa  127  6e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.6611  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5149  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  28.05 
 
 		 1003 aa  127  6e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.685714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0998  sarcosine oxidase, alpha subunit  27.94 
 
 		 1002 aa  127  7e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2485  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  29.63 
 
 		 995 aa  127  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.269886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4544  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  27.25 
 
 		 1003 aa  126  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5050  sarcosine oxidase, alpha subunit family  27.64 
 
 		 1000 aa  126  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.268825 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>