More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2902 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_2902  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 341 aa  711    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000829875  normal  0.0371482 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1656  AraC family transcriptional regulator  54.9 
 
 		 342 aa  383  1e-105  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.359761  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2932  AraC family transcriptional regulator  50.15 
 
 		 353 aa  355  7.999999999999999e-97  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2406  AraC family transcriptional regulator  49.85 
 
 		 337 aa  352  5e-96  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0741804  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1537  AraC family transcriptional regulator  49.55 
 
 		 339 aa  343  2e-93  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000218585  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1471  AraC family transcriptional regulator  48.34 
 
 		 339 aa  333  2e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000173794  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1531  AraC family transcriptional regulator  47.73 
 
 		 343 aa  329  3e-89  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00128514  unclonable  0.000000000084673 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2118  AraC family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 358 aa  282  6.000000000000001e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0916318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3981  putative transcriptional regulator  25.49 
 
 		 339 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29180  AraC family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 339 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.173637 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5248  helix-turn-helix domain-containing protein  25.47 
 
 		 330 aa  85.9  9e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.23442  normal  0.222302 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5339  AraC family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 356 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407019 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0134  AraC family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 330 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 343 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2021  transcriptional regulator, AraC family  24.27 
 
 		 396 aa  84.3  0.000000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.104034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0122  AraC family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 330 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.28926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2150  AraC family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 339 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.511846  normal  0.0224747 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5388  AraC family transcriptional regulator  23.75 
 
 		 330 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.74038  normal  0.0344366 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0725  AraC family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 342 aa  79.3  0.00000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2197  AraC family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 336 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.536448 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  25.1 
 
 		 343 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53520  transcriptional regulator OruR  24.09 
 
 		 339 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000827107 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5630  AraC family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 332 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.389433  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4690  transcriptional regulator OruR  24.54 
 
 		 339 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3753  AraC family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 362 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3652  AraC family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 340 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6270  AraC family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 369 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.335751  normal  0.790418 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2544  transcriptional regulator, AraC family  28.11 
 
 		 330 aa  74.7  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2261  helix-turn-helix domain-containing protein  27.89 
 
 		 353 aa  74.7  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.987084  normal  0.387079 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1559  AraC family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 369 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.565202  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2010  helix-turn-helix domain-containing protein  27.72 
 
 		 362 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.55186 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0596  helix-turn-helix domain-containing protein  35.65 
 
 		 356 aa  74.3  0.000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6759  AraC family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 369 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.902706  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2577  AraC family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 344 aa  73.6  0.000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.25861  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6811  AraC family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 366 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  29.9 
 
 		 347 aa  73.6  0.000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 344 aa  73.6  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4529  AraC family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 345 aa  72.8  0.000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3459  AraC family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 336 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.195796  normal  0.579025 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3918  AraC family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 343 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.798133 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2512  AraC family transcriptional regulator  21.74 
 
 		 343 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.477717  normal  0.314099 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3011  AraC family transcriptional regulator  21.59 
 
 		 339 aa  72  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476287  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5805  AraC family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 372 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.597808  normal  0.277234 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 364 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5548  AraC family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 366 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893001 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3102  helix-turn-helix, AraC type  26.74 
 
 		 330 aa  71.6  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0110134 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5783  AraC family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 366 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.737576 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3602  AraC family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 364 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16430  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  37.8 
 
 		 321 aa  70.5  0.00000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  30.92 
 
 		 333 aa  70.1  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0976  transcriptional regulator, AraC family  37.04 
 
 		 341 aa  70.1  0.00000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5360  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 366 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.345948  normal  0.401219 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1889  AraC family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 360 aa  69.7  0.00000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0152823  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5781  AraC family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 348 aa  69.7  0.00000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.436402 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3763  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 356 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.570935  normal  0.387809 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6814  AraC family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 352 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2680  AraC family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 353 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0847825  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4147  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 331 aa  68.9  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.277047  normal  0.903101 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5546  AraC family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 373 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.883146 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1836  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 340 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5362  AraC family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 348 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.326108  normal  0.226827 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2211  AraC family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 340 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3991  AraC family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 353 aa  68.2  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.628776  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3760  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 356 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0904423  normal  0.271559 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6762  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 386 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.691121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2336  AraC family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 357 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3527  helix-turn-helix domain-containing protein  36.26 
 
 		 340 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5752  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 343 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.207645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  32.58 
 
 		 333 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5276  transcriptional regulator, AraC family  20.13 
 
 		 345 aa  67.8  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4066  AraC family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 343 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.138885  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4528  helix-turn-helix domain-containing protein  36.59 
 
 		 345 aa  67.8  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1556  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 386 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.728217  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6273  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 348 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.294899  normal  0.494705 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5539  AraC family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 364 aa  67.4  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2609  HTH-type transcriptional regulator VqsM  33.33 
 
 		 342 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.518674  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0084  helix-turn-helix domain-containing protein  39.77 
 
 		 354 aa  67.4  0.0000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3547  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 382 aa  67  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.150501  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3167  AraC family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 343 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3167  helix-turn-helix domain-containing protein  28.19 
 
 		 352 aa  66.6  0.0000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4967  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 360 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5444  AraC family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 341 aa  66.6  0.0000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6223  transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 		 339 aa  66.6  0.0000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66530  putative transcriptional regulator  37.18 
 
 		 357 aa  66.6  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2629  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 382 aa  66.6  0.0000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3508  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 352 aa  66.6  0.0000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.878691  normal  0.0398628 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5340  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 373 aa  66.6  0.0000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795949  normal  0.566386 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37400  AraC family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 344 aa  66.6  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0307932  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2718  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 331 aa  66.2  0.0000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.309791  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2956  AraC family transcriptional regulator  20.44 
 
 		 343 aa  66.2  0.0000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4600  AraC family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 355 aa  65.9  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  21.6 
 
 		 343 aa  66.2  0.0000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  21.72 
 
 		 335 aa  65.5  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2002  hypothetical protein  23.89 
 
 		 335 aa  65.5  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3638  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 360 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.632973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  22.85 
 
 		 337 aa  65.9  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2376  transcriptional regulator, AraC family  28.29 
 
 		 359 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1884  AraC family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 344 aa  64.7  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0204154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6030  AraC family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 342 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31480  AraC family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 361 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.263324  hitchhiker  0.0000037216 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>