More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4066 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4066  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 343 aa  692    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.138885  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3244  transcriptional regulator, AraC family  62.1 
 
 		 345 aa  443  1e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.479288  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04940  Transcriptional regulator, AraC family  63.16 
 
 		 344 aa  418  1e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.543435  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4002  AraC family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 361 aa  201  1.9999999999999998e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.24994 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3991  AraC family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 353 aa  162  8.000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.628776  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2113  transcriptional regulator, AraC family  29.45 
 
 		 359 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0135446  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02396  transcriptional regulator, AraC family protein  28.78 
 
 		 450 aa  130  4.0000000000000003e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.372972  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2519  AraC family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 383 aa  117  3e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1559  AraC family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 369 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.565202  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6270  AraC family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 369 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.335751  normal  0.790418 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2205  AraC family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 392 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6759  AraC family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 369 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.902706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6811  AraC family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 366 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4690  transcriptional regulator OruR  29.56 
 
 		 339 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5548  AraC family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 366 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893001 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5783  AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 366 aa  107  4e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.737576 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3652  AraC family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 340 aa  104  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5630  AraC family transcriptional regulator  27.9 
 
 		 332 aa  103  3e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.389433  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53520  transcriptional regulator OruR  29.25 
 
 		 339 aa  104  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000827107 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  29.52 
 
 		 345 aa  104  3e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0326701  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5894  AraC family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 345 aa  102  8e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2183  AraC family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 345 aa  102  8e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2200  AraC family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 345 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4529  AraC family transcriptional regulator  27.25 
 
 		 345 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5360  AraC family transcriptional regulator  27.25 
 
 		 366 aa  100  4e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.345948  normal  0.401219 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2956  AraC family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 343 aa  99.8  7e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5500  AraC family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 345 aa  99.4  9e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2222  AraC family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 345 aa  99  9e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.844007  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 344 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0134  AraC family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 330 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2543  AraC family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 336 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.354483  hitchhiker  0.0000426703 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3981  putative transcriptional regulator  29.05 
 
 		 339 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1690  AraC family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 341 aa  94.7  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.282815 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  29.92 
 
 		 335 aa  94  3e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29180  AraC family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 339 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.173637 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37400  AraC family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 344 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0307932  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5339  AraC family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 356 aa  93.2  6e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407019 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5248  helix-turn-helix domain-containing protein  28.88 
 
 		 330 aa  92.4  9e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.23442  normal  0.222302 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0976  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 341 aa  92  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2002  hypothetical protein  28.04 
 
 		 335 aa  91.7  2e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2886  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 347 aa  91.7  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 343 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5805  AraC family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 372 aa  90.5  4e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.597808  normal  0.277234 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3763  AraC family transcriptional regulator  28.13 
 
 		 356 aa  89.7  6e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.570935  normal  0.387809 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1336  AraC family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 336 aa  89.4  7e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1480  AraC family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 347 aa  89.7  7e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3167  helix-turn-helix domain-containing protein  27.1 
 
 		 352 aa  89.7  7e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1344  AraC family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 336 aa  89.4  7e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5388  AraC family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 330 aa  89.4  9e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.74038  normal  0.0344366 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2629  AraC family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 382 aa  89.4  9e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1224  AraC family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 335 aa  88.6  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.517703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  25.44 
 
 		 343 aa  89  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5539  AraC family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 364 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3011  AraC family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 339 aa  88.2  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476287  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3760  AraC family transcriptional regulator  28.13 
 
 		 356 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0904423  normal  0.271559 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1997  hypothetical protein  27.36 
 
 		 335 aa  87.4  3e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 345 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6100  putative transcriptional regulator  27 
 
 		 356 aa  87  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.177134  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4600  AraC family transcriptional regulator  28.13 
 
 		 355 aa  87.4  4e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  27.1 
 
 		 343 aa  87.4  4e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3167  AraC family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 343 aa  87  5e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70290  putative transcriptional regulator  27.3 
 
 		 356 aa  86.3  7e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1895  AraC family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 407 aa  86.3  7e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.375794  normal  0.452206 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2080  AraC family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 407 aa  86.3  8e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2021  transcriptional regulator, AraC family  25.08 
 
 		 396 aa  85.5  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.104034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4237  AraC family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 331 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339126  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0122  AraC family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 330 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.28926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0902  AraC family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 358 aa  83.6  0.000000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2336  AraC family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 357 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0084  helix-turn-helix domain-containing protein  25.93 
 
 		 354 aa  83.6  0.000000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5492  AraC family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 360 aa  82.8  0.000000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.504835  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4913  AraC family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 348 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.637352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2321  AraC family transcriptional regulator  24.15 
 
 		 347 aa  82  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.197837  normal  0.0103816 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4967  AraC family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 360 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1113  AraC family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 339 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2100  AraC family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 247 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31480  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 361 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.263324  hitchhiker  0.0000037216 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  29.67 
 
 		 333 aa  80.9  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  22.26 
 
 		 338 aa  80.5  0.00000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3547  AraC family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 382 aa  80.5  0.00000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.150501  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1759  AraC family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 338 aa  80.5  0.00000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.206949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0596  helix-turn-helix domain-containing protein  29.65 
 
 		 356 aa  80.5  0.00000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3638  AraC family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 360 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.632973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 364 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4184  helix-turn-helix domain-containing protein  24.23 
 
 		 341 aa  80.1  0.00000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.26598  normal  0.842889 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2578  AraC family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 350 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0219  AraC family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 350 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0191  AraC family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 350 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.211144  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2722  AraC family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 350 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0996  AraC family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 350 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1560  AraC family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 350 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16430  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  28.04 
 
 		 321 aa  79.7  0.00000000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1365  AraC family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 350 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.884424  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3897  transcriptional regulator, AraC family  28.01 
 
 		 327 aa  79.7  0.00000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0754434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6030  AraC family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 342 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  28.74 
 
 		 347 aa  79.3  0.00000000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6019  transcriptional regulator, Fis family  23.89 
 
 		 365 aa  78.6  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2680  AraC family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 353 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0847825  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2784  AraC family transcriptional regulator  23.75 
 
 		 398 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00366686  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5787  AraC family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 338 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>