More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_4002 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_4002  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 361 aa  748    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.24994 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3244  transcriptional regulator, AraC family  36.78 
 
 		 345 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.479288  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4066  AraC family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 343 aa  191  2e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.138885  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04940  Transcriptional regulator, AraC family  33.83 
 
 		 344 aa  176  7e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.543435  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2113  transcriptional regulator, AraC family  26.99 
 
 		 359 aa  96.3  8e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0135446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2205  AraC family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 392 aa  92.4  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2519  AraC family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 383 aa  91.7  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3991  AraC family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 353 aa  90.5  4e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.628776  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4529  AraC family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 345 aa  90.1  6e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2543  AraC family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 336 aa  89  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.354483  hitchhiker  0.0000426703 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02396  transcriptional regulator, AraC family protein  23.99 
 
 		 450 aa  82.4  0.00000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.372972  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3981  putative transcriptional regulator  26.18 
 
 		 339 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0976  transcriptional regulator, AraC family  25.3 
 
 		 341 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3231  helix-turn-helix domain-containing protein  25.9 
 
 		 288 aa  81.6  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.566106  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29180  AraC family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 339 aa  79.7  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.173637 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1224  AraC family transcriptional regulator  21.92 
 
 		 335 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.517703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1690  AraC family transcriptional regulator  23.71 
 
 		 341 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.282815 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 348 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5630  AraC family transcriptional regulator  23.28 
 
 		 332 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.389433  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2886  AraC family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 347 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  24.41 
 
 		 343 aa  73.2  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0122  AraC family transcriptional regulator  24.13 
 
 		 330 aa  72.8  0.000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.28926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1480  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 347 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1344  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 336 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1336  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 336 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0134  AraC family transcriptional regulator  23.31 
 
 		 330 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2222  AraC family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 345 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.844007  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1372  transcriptional regulator, AraC family  29.53 
 
 		 341 aa  72  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0658306  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3897  transcriptional regulator, AraC family  26.02 
 
 		 327 aa  71.6  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0754434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0084  helix-turn-helix domain-containing protein  26.19 
 
 		 354 aa  71.2  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1895  AraC family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 407 aa  70.9  0.00000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.375794  normal  0.452206 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2183  AraC family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 345 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5894  AraC family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 345 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  24.02 
 
 		 343 aa  69.7  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2080  AraC family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 407 aa  69.3  0.00000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2200  AraC family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 345 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1113  AraC family transcriptional regulator  21.84 
 
 		 339 aa  69.3  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5500  AraC family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 345 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3167  helix-turn-helix domain-containing protein  25.1 
 
 		 352 aa  68.2  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2159  helix-turn-helix domain-containing protein  24.9 
 
 		 340 aa  68.6  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.802618  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  23.68 
 
 		 345 aa  68.2  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0326701  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2871  AraC family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 338 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.176885  normal  0.124684 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3527  helix-turn-helix domain-containing protein  27.75 
 
 		 340 aa  66.6  0.0000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  29.7 
 
 		 333 aa  65.9  0.0000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2211  AraC family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 340 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5344  AraC family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 334 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.025482  normal  0.1179 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2629  AraC family transcriptional regulator  22.77 
 
 		 382 aa  65.5  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1884  AraC family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 344 aa  65.1  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0204154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  28.37 
 
 		 340 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24140  AraC family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 345 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.434132  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2100  AraC family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 247 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5539  AraC family transcriptional regulator  23.91 
 
 		 364 aa  64.7  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3195  Fis family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 374 aa  64.3  0.000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5248  helix-turn-helix domain-containing protein  23.55 
 
 		 330 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.23442  normal  0.222302 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3547  AraC family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 382 aa  63.9  0.000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.150501  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0451  AraC family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 327 aa  63.5  0.000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 364 aa  63.5  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4528  helix-turn-helix domain-containing protein  23.65 
 
 		 345 aa  63.5  0.000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5339  AraC family transcriptional regulator  22.58 
 
 		 356 aa  63.2  0.000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407019 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2577  AraC family transcriptional regulator  23.49 
 
 		 344 aa  63.5  0.000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.25861  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3652  AraC family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 340 aa  63.5  0.000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5728  AraC family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 334 aa  63.2  0.000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1830  Fis family transcriptional regulator  20.32 
 
 		 348 aa  63.2  0.000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.733029  normal  0.395958 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4594  helix-turn-helix domain-containing protein  24.72 
 
 		 346 aa  62.8  0.000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.359709  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05569  transcription regulator protein  21.89 
 
 		 387 aa  62  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.309937 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30620  AraC family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 342 aa  62  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0924433 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  21.92 
 
 		 347 aa  62  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6097  AraC family transcriptional regulator  21.64 
 
 		 389 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5769  putative transcriptional regulator  29.26 
 
 		 341 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2680  AraC family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 353 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0847825  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5388  AraC family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 330 aa  62  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.74038  normal  0.0344366 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5733  AraC family transcriptional regulator  21.64 
 
 		 389 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.874497  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6030  AraC family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 342 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6580  AraC family transcriptional regulator  21.64 
 
 		 364 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111702  normal  0.0245572 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1656  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 342 aa  61.2  0.00000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.359761  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4184  helix-turn-helix domain-containing protein  20.34 
 
 		 341 aa  60.8  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.26598  normal  0.842889 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3167  AraC family transcriptional regulator  22.44 
 
 		 343 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7549  AraC family transcriptional regulator  19.67 
 
 		 389 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.532052 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4938  AraC family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 338 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.289741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5098  helix-turn-helix domain-containing protein  25.4 
 
 		 347 aa  61.2  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.109281  normal  0.521536 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5787  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 338 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 344 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0166  helix-turn-helix domain-containing protein  28.83 
 
 		 368 aa  60.5  0.00000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5972  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 334 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0382965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4913  AraC family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 348 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.637352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3110  helix-turn-helix domain-containing protein  25.25 
 
 		 330 aa  60.1  0.00000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2956  AraC family transcriptional regulator  22.91 
 
 		 343 aa  59.7  0.00000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1836  AraC family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 340 aa  59.7  0.00000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4147  AraC family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 331 aa  59.7  0.00000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.277047  normal  0.903101 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2376  transcriptional regulator, AraC family  22.8 
 
 		 359 aa  59.7  0.00000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6649  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 339 aa  59.7  0.00000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.700604  normal  0.0354217 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3765  AraC family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 361 aa  59.7  0.00000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0853  transcriptional regulator, AraC family  27.75 
 
 		 198 aa  59.7  0.00000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2910  helix-turn-helix domain-containing protein  26.9 
 
 		 340 aa  59.3  0.00000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.659583  normal  0.411492 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  25 
 
 		 343 aa  58.9  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2350  AraC family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 130 aa  59.3  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6705  AraC family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 334 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.529827 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  34.44 
 
 		 338 aa  58.9  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2953  AraC family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 357 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0291809 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3459  AraC family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 336 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.195796  normal  0.579025 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>