278 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_02396 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_02396  transcriptional regulator, AraC family protein  100 
 
 		 450 aa  931    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.372972  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3244  transcriptional regulator, AraC family  29.04 
 
 		 345 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.479288  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2113  transcriptional regulator, AraC family  29.17 
 
 		 359 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0135446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4066  AraC family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 343 aa  120  6e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.138885  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04940  Transcriptional regulator, AraC family  30.82 
 
 		 344 aa  115  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.543435  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2519  AraC family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 383 aa  114  3e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3991  AraC family transcriptional regulator  25.14 
 
 		 353 aa  94  5e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.628776  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2080  AraC family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 407 aa  88.2  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2205  AraC family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 392 aa  86.7  8e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1895  AraC family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 407 aa  86.3  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.375794  normal  0.452206 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3167  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 343 aa  84.7  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4002  AraC family transcriptional regulator  23.99 
 
 		 361 aa  82.4  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.24994 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2886  AraC family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 347 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1372  transcriptional regulator, AraC family  23.32 
 
 		 341 aa  75.5  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0658306  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1336  AraC family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 336 aa  73.9  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1480  AraC family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 347 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1344  AraC family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 336 aa  73.9  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2577  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 344 aa  73.2  0.000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.25861  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2021  transcriptional regulator, AraC family  24.26 
 
 		 396 aa  72.8  0.00000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.104034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2125  helix-turn-helix domain-containing protein  37.17 
 
 		 130 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5500  AraC family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 345 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6100  putative transcriptional regulator  23.71 
 
 		 356 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.177134  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4967  AraC family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 360 aa  72  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70290  putative transcriptional regulator  23.7 
 
 		 356 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4528  helix-turn-helix domain-containing protein  23.23 
 
 		 345 aa  71.6  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2350  AraC family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 130 aa  71.6  0.00000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5360  AraC family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 366 aa  70.1  0.00000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.345948  normal  0.401219 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2234  helix-turn-helix domain-containing protein  43.21 
 
 		 99 aa  69.7  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.440847  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1884  AraC family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 344 aa  69.7  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0204154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3763  AraC family transcriptional regulator  25.07 
 
 		 356 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.570935  normal  0.387809 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2222  AraC family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 345 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.844007  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3638  AraC family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 360 aa  68.2  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.632973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4600  AraC family transcriptional regulator  25.07 
 
 		 355 aa  67.8  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  24.18 
 
 		 345 aa  67.8  0.0000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0326701  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3760  AraC family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 356 aa  67  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0904423  normal  0.271559 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5894  AraC family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 345 aa  67  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5492  AraC family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 360 aa  67  0.0000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.504835  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2183  AraC family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 345 aa  67  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4594  helix-turn-helix domain-containing protein  25.89 
 
 		 346 aa  65.9  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.359709  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2200  AraC family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 345 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6270  AraC family transcriptional regulator  25.07 
 
 		 369 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.335751  normal  0.790418 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1559  AraC family transcriptional regulator  25.07 
 
 		 369 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.565202  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5783  AraC family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 366 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.737576 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0976  transcriptional regulator, AraC family  22.88 
 
 		 341 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0084  helix-turn-helix domain-containing protein  23.82 
 
 		 354 aa  63.9  0.000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2578  AraC family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 350 aa  63.5  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0219  AraC family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 350 aa  63.5  0.000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5548  AraC family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 366 aa  63.5  0.000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893001 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0191  AraC family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 350 aa  63.5  0.000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.211144  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0996  AraC family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 350 aa  63.5  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1560  AraC family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 350 aa  63.5  0.000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2722  AraC family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 350 aa  63.5  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1365  AraC family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 350 aa  63.5  0.000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.884424  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2956  AraC family transcriptional regulator  22.13 
 
 		 343 aa  63.2  0.000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2336  AraC family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 357 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  22.62 
 
 		 343 aa  63.2  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0166  helix-turn-helix domain-containing protein  39.51 
 
 		 368 aa  63.2  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  24.05 
 
 		 338 aa  62.8  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6759  AraC family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 369 aa  62  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.902706  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2100  AraC family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 247 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6811  AraC family transcriptional regulator  25.14 
 
 		 366 aa  62  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 		 347 aa  61.2  0.00000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4529  AraC family transcriptional regulator  23.58 
 
 		 345 aa  61.6  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5752  AraC family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 343 aa  61.2  0.00000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.207645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0477  AraC family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 366 aa  60.8  0.00000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  23.74 
 
 		 344 aa  60.5  0.00000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1690  AraC family transcriptional regulator  22.69 
 
 		 341 aa  60.5  0.00000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.282815 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6507  transcriptional regulator, AraC family  23.61 
 
 		 344 aa  60.1  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.739448  normal  0.944873 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  25.14 
 
 		 333 aa  60.1  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5762  transcriptional regulator, AraC family  24.79 
 
 		 337 aa  59.7  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4237  AraC family transcriptional regulator  24.21 
 
 		 331 aa  59.7  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339126  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3897  transcriptional regulator, AraC family  26.04 
 
 		 327 aa  59.7  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0754434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5539  AraC family transcriptional regulator  22.31 
 
 		 364 aa  59.7  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3278  AraC family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 334 aa  58.5  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5805  AraC family transcriptional regulator  24.25 
 
 		 372 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.597808  normal  0.277234 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1997  hypothetical protein  24.02 
 
 		 335 aa  58.9  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6097  AraC family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 389 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5733  AraC family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 389 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.874497  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3216  AraC family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 334 aa  58.5  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.499109  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3227  AraC family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 334 aa  58.5  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.130306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31480  AraC family transcriptional regulator  23.95 
 
 		 361 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.263324  hitchhiker  0.0000037216 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6580  AraC family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 364 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111702  normal  0.0245572 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0662  AraC family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 339 aa  58.2  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0380  AraC family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 344 aa  58.2  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2002  hypothetical protein  23.53 
 
 		 335 aa  57.4  0.0000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1103  transcriptional regulator, AraC family  35.87 
 
 		 331 aa  57.4  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3011  AraC family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 339 aa  57  0.0000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476287  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3508  AraC family transcriptional regulator  23.68 
 
 		 352 aa  57  0.0000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.878691  normal  0.0398628 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3602  AraC family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 364 aa  57  0.0000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2629  AraC family transcriptional regulator  22.78 
 
 		 382 aa  57  0.0000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311747  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5670  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 335 aa  56.6  0.0000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.661826  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3918  AraC family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 343 aa  56.6  0.0000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.798133 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0082  hypothetical protein  23.26 
 
 		 338 aa  56.6  0.0000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00626494  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3748  transcriptional regulator, AraC family  27.32 
 
 		 350 aa  56.6  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.668173  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16370  Transcriptional regulator, AraC family  25.68 
 
 		 338 aa  56.2  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3431  AraC family transcriptional regulator  18.97 
 
 		 341 aa  56.2  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147255  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 353 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1836  AraC family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 340 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1439  AraC family transcriptional regulator  22.37 
 
 		 340 aa  55.8  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2512  AraC family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 343 aa  55.8  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.477717  normal  0.314099 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>