139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_1911 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007575  Suden_1911  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
225 aa  462  1e-129  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0162  protein of unknown function DUF558  40.99 
 
 
222 aa  175  5e-43  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0506655  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0227  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.53 
 
 
217 aa  136  2e-31  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.53 
 
 
218 aa  135  5e-31  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0152  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.08 
 
 
218 aa  134  9e-31  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.234547  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0171  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.18 
 
 
218 aa  131  9e-30  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1151  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.53 
 
 
218 aa  130  2.0000000000000002e-29  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.48 
 
 
219 aa  129  3e-29  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.502749  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1421  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.27 
 
 
220 aa  124  1e-27  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0827  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.93 
 
 
217 aa  121  9.999999999999999e-27  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.027438  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.89 
 
 
254 aa  75.5  0.0000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.198651  normal  0.081106 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4594  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.98 
 
 
235 aa  60.5  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.246782  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.33 
 
 
244 aa  60.1  0.00000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  27.27 
 
 
243 aa  59.7  0.00000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.84 
 
 
243 aa  58.2  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000433897  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.32 
 
 
243 aa  57  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5780  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.15 
 
 
245 aa  56.2  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.76 
 
 
246 aa  55.5  0.0000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.110015  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0365  protein of unknown function DUF558  26.85 
 
 
267 aa  55.5  0.0000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.305196  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3972  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.37 
 
 
243 aa  55.1  0.0000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2244  hypothetical protein  25.23 
 
 
265 aa  55.1  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00252887  normal  0.186395 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1285  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  21.84 
 
 
243 aa  53.9  0.000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0837  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.45 
 
 
243 aa  53.5  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  20.89 
 
 
242 aa  53.9  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3343  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.45 
 
 
243 aa  53.5  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0839  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.45 
 
 
243 aa  53.5  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711088  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0361  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.51 
 
 
243 aa  53.1  0.000003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0176387  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.07 
 
 
243 aa  53.1  0.000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  23.72 
 
 
248 aa  52.8  0.000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1925  protein of unknown function DUF558  23.87 
 
 
239 aa  53.1  0.000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0289082  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1212  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.05 
 
 
228 aa  52.8  0.000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  24.34 
 
 
242 aa  52.4  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.11 
 
 
238 aa  52.8  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0021  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.88 
 
 
243 aa  51.6  0.000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.23 
 
 
240 aa  50.8  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1254  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25 
 
 
244 aa  50.1  0.00003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.029573  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1682  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.74 
 
 
250 aa  49.7  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.41 
 
 
239 aa  49.7  0.00004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.91 
 
 
239 aa  49.3  0.00005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  25.38 
 
 
249 aa  49.3  0.00005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0442  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.75 
 
 
245 aa  48.9  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3082  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.52 
 
 
245 aa  48.9  0.00006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.584805  normal  0.179452 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4134  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.58 
 
 
243 aa  48.9  0.00006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0859841 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1088  protein of unknown function DUF558  23.76 
 
 
233 aa  48.9  0.00007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0661  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.22 
 
 
244 aa  48.5  0.00008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4065  protein of unknown function DUF558  25.86 
 
 
234 aa  48.5  0.00008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.87 
 
 
256 aa  48.5  0.00009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13143  hypothetical protein  26.67 
 
 
235 aa  48.5  0.00009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0147396  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2156  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.01 
 
 
248 aa  48.1  0.0001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  21.46 
 
 
255 aa  48.1  0.0001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3719  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.62 
 
 
255 aa  48.1  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0152  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.17 
 
 
255 aa  47.8  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.66 
 
 
250 aa  48.1  0.0001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0635  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.17 
 
 
255 aa  47.8  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  21.46 
 
 
255 aa  48.1  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1252  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  21.46 
 
 
255 aa  48.1  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.495973  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  21.46 
 
 
255 aa  48.1  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3313  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  21.46 
 
 
255 aa  48.1  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.12 
 
 
239 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0388  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.44 
 
 
245 aa  47.8  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.522888 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4025  hypothetical protein  23.79 
 
 
243 aa  48.1  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00355277  hitchhiker  0.00148636 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.82 
 
 
244 aa  47.8  0.0001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3944  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.58 
 
 
247 aa  48.1  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.12 
 
 
239 aa  47  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.09 
 
 
244 aa  47.4  0.0002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3470  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  21.46 
 
 
255 aa  47.4  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.77 
 
 
240 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2592  protein of unknown function DUF558  22.83 
 
 
249 aa  47  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3435  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  21.46 
 
 
255 aa  47.4  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0503  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.42 
 
 
244 aa  47  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000164616  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0826  protein of unknown function DUF558  23.53 
 
 
250 aa  47.4  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0503939  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0486  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.87 
 
 
245 aa  47.4  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.286945  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02776  hypothetical protein  23.7 
 
 
243 aa  46.6  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0749  protein of unknown function DUF558  23.7 
 
 
243 aa  47  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.115865  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0018  hypothetical protein  25.94 
 
 
243 aa  46.6  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1500  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.82 
 
 
246 aa  46.6  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0500353  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0561  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.61 
 
 
251 aa  46.6  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.535784  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0449  protein of unknown function DUF558  26.41 
 
 
235 aa  46.6  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.08 
 
 
243 aa  46.6  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000011142  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02739  hypothetical protein  23.7 
 
 
243 aa  46.6  0.0003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.379942  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.7 
 
 
243 aa  47  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.7 
 
 
243 aa  47  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.699703  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4249  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.7 
 
 
243 aa  47  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.781388  normal  0.255618 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0768  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.7 
 
 
243 aa  47  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000951962  decreased coverage  0.000000313548 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3088  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.7 
 
 
243 aa  46.6  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00138853  hitchhiker  0.0000146734 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0602  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.97 
 
 
255 aa  46.6  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.982117 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  26.51 
 
 
239 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2564  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  19.7 
 
 
257 aa  46.2  0.0004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.355443  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3378  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.7 
 
 
243 aa  46.2  0.0004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3110  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  21.05 
 
 
247 aa  46.2  0.0004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00328118  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2434  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.85 
 
 
249 aa  45.8  0.0005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000454475  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  26.07 
 
 
244 aa  45.8  0.0005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25 
 
 
244 aa  45.8  0.0006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0859  protein of unknown function DUF558  23.95 
 
 
250 aa  45.4  0.0006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.146486 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.12 
 
 
244 aa  45.4  0.0006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2751  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.27 
 
 
254 aa  45.4  0.0006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.732304 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.88 
 
 
242 aa  45.8  0.0006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.14 
 
 
244 aa  45.4  0.0007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0535  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  21.72 
 
 
255 aa  45.4  0.0007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2974  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.11 
 
 
244 aa  45.1  0.0008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>