67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3465 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3465  DNA-binding winged-HTH domain-containing protein  100 
 
 		 435 aa  896    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.817886 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4049  transcriptional regulator, CadC  30.14 
 
 		 413 aa  191  2e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3356  transcriptional regulator, CadC  28.6 
 
 		 427 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.36834  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3532  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  28.47 
 
 		 427 aa  184  3e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0499  transcriptional regulator  28.47 
 
 		 427 aa  184  3e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0358  transcriptional regulator, CadC  30.98 
 
 		 426 aa  182  1e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0498  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  28.47 
 
 		 427 aa  181  2e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0503  transcriptional regulator, CadC  28.31 
 
 		 427 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3992  transcriptional regulator, CadC  26.98 
 
 		 427 aa  179  1e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0490  transcriptional regulator  27.21 
 
 		 427 aa  176  8e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3867  transcriptional regulator, CadC  26.98 
 
 		 452 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0492  transcriptional regulator, CadC  27.15 
 
 		 427 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0513  transcriptional regulator, CadC  28.15 
 
 		 427 aa  171  3e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4467  transcriptional regulator, CadC  28.86 
 
 		 427 aa  168  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0489  transcriptional regulator, CadC  27.11 
 
 		 427 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4446  transcriptional regulator, CadC  26.74 
 
 		 436 aa  163  6e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0851  putative transcriptional regulator  33.64 
 
 		 214 aa  65.5  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7016  transcriptional regulator  32.71 
 
 		 973 aa  52.8  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.252317  normal  0.0265916 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6350  transcriptional regulator  33.71 
 
 		 973 aa  51.2  0.00004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00620791  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1479  transcriptional regulator  33.71 
 
 		 502 aa  50.4  0.00006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4499  transcriptional regulator, CadC  35.16 
 
 		 711 aa  49.7  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000101526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5609  transcriptional regulator  31.25 
 
 		 948 aa  49.3  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0160081  normal  0.519557 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01326  hypothetical protein  33.33 
 
 		 290 aa  49.7  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5826  transcriptional regulator  31.25 
 
 		 948 aa  48.9  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004138  transcriptional activator ToxR  35.92 
 
 		 292 aa  48.1  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.877918  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0474  hypothetical protein  24.65 
 
 		 373 aa  48.5  0.0003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  28.71 
 
 		 512 aa  47.4  0.0006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3323  transcriptional regulator domain protein  30.92 
 
 		 774 aa  47  0.0006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0826316  normal  0.463581 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0652  transcriptional regulator  30.21 
 
 		 348 aa  47  0.0006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0214  transcriptional regulator  30.21 
 
 		 348 aa  47  0.0006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.634876 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2185  transcriptional regulator, winged helix family  42.42 
 
 		 956 aa  46.6  0.0008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3769  transcriptional regulator, CadC  32.14 
 
 		 756 aa  46.2  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0208668  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04004  DNA-binding transcriptional activator  27.72 
 
 		 512 aa  46.2  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03966  hypothetical protein  27.72 
 
 		 512 aa  46.2  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.992437  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  27.72 
 
 		 512 aa  46.2  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000157695  normal  0.551738 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3858  transcriptional regulator, CadC  27.72 
 
 		 512 aa  46.2  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4602  DNA-binding transcriptional activator CadC  27.72 
 
 		 512 aa  46.2  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00143405  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3894  DNA-binding transcriptional activator CadC  27.72 
 
 		 512 aa  46.2  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4374  DNA-binding transcriptional activator CadC  27.72 
 
 		 512 aa  45.8  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00319503  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3653  transcriptional regulator, CadC  31.14 
 
 		 249 aa  46.6  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.409424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1276  transcriptional regulator domain-containing protein  40.3 
 
 		 499 aa  46.2  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.110816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1892  transcriptional regulator  36.78 
 
 		 972 aa  45.8  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0833  transcriptional regulator, CadC  30.54 
 
 		 249 aa  45.4  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3459  transcriptional regulator, CadC  30.54 
 
 		 249 aa  45.4  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0437  transcriptional regulatory protein-like protein  35.16 
 
 		 762 aa  45.4  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000809247  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2791  transcriptional regulator domain-containing protein  30.84 
 
 		 510 aa  45.4  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1308  transcriptional regulator  28.32 
 
 		 493 aa  45.1  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6521  transcriptional regulator  28.32 
 
 		 493 aa  45.1  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0681996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0505  cholera toxin transcriptional activator  36.73 
 
 		 294 aa  45.1  0.003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6834  transcriptional regulator, winged helix family  37.14 
 
 		 921 aa  45.1  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.037754 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02602  transcriptional regulatory protein, C terminal  31.36 
 
 		 772 aa  44.7  0.003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0706  transcriptional regulator, CadC  40.32 
 
 		 479 aa  45.1  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.303496  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3534  transcriptional regulator, CadC  30.54 
 
 		 249 aa  44.7  0.003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5729  transcriptional regulator domain-containing protein  38.57 
 
 		 508 aa  45.1  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.816557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6123  transcriptional regulator  28.32 
 
 		 493 aa  44.7  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1957  transcriptional regulator  40.3 
 
 		 490 aa  44.3  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1779  transcriptional regulator domain protein  34.33 
 
 		 502 aa  44.7  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.304542  normal  0.0409676 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0195  transcriptional regulator, CadC  35.06 
 
 		 277 aa  43.9  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2192  DNA-binding response regulator  35.48 
 
 		 237 aa  43.9  0.005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.602573  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2897  transcriptional regulator, CadC  32.1 
 
 		 299 aa  43.9  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5719  transcriptional regulator  31.43 
 
 		 966 aa  43.9  0.006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2053  DNA-binding response regulator  36.78 
 
 		 237 aa  43.9  0.006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1224  hypothetical protein  31.31 
 
 		 302 aa  43.5  0.007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0204898  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2680  transcriptional regulator  42.31 
 
 		 214 aa  43.1  0.01  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00609621  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5717  transcriptional regulator  27.08 
 
 		 973 aa  43.1  0.01  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2761  transcriptional regulator, CadC  42.31 
 
 		 214 aa  43.1  0.01  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1527  transcriptional regulator  42.31 
 
 		 214 aa  43.1  0.01  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000285155  normal  0.0354846 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>