232 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2884 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2823.1  carbon starvation protein A  88.27 
 
 		 392 aa  691    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2884  carbon starvation protein CstA  100 
 
 		 478 aa  952    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00820008  hitchhiker  0.00000000141998 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1657  carbon starvation protein CstA  87.47 
 
 		 486 aa  828    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0002875  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1764  carbon starvation protein CstA  93.5 
 
 		 478 aa  902    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.468167  hitchhiker  0.00720784 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2686  carbon starvation protein CstA  87.47 
 
 		 487 aa  828    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0888448  hitchhiker  0.000480532 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004412  carbon starvation protein A  70.04 
 
 		 494 aa  684    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3340  carbon starvation protein CstA  69.57 
 
 		 499 aa  662    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.724244 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2433  carbon starvation protein CstA  85.36 
 
 		 482 aa  833    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0181801  hitchhiker  0.00240517 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2503  carbon starvation protein CstA  85.36 
 
 		 482 aa  834    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.068155  normal  0.0168974 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2435  carbon starvation protein CstA  87.63 
 
 		 486 aa  835    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.338097  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00986  hypothetical protein  71.69 
 
 		 494 aa  687    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2595  carbon starvation protein CstA  86.41 
 
 		 484 aa  835    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.147178  hitchhiker  0.00215078 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1478  carbon starvation protein CstA  88.7 
 
 		 479 aa  859    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0606674  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1280  carbon starvation protein  85.29 
 
 		 477 aa  818    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.513544  hitchhiker  0.00159846 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1694  carbon starvation protein CstA  87.47 
 
 		 487 aa  828    Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000103268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2330  carbon starvation protein CstA  90.99 
 
 		 478 aa  882    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0840034  normal  0.981358 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1547  carbon starvation protein CstA  85.98 
 
 		 482 aa  840    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.115845  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0218  putative carbon starvation protein A  70.25 
 
 		 494 aa  684    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.737228  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0348  carbon starvation protein A  54.23 
 
 		 527 aa  528  1e-149  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000180552  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4235  carbon starvation protein CstA  57.24 
 
 		 480 aa  499  1e-140  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2956  carbon starvation protein CstA  56.85 
 
 		 479 aa  500  1e-140  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.029089  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2399  carbon starvation protein CstA  57.63 
 
 		 486 aa  486  1e-136  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1229  carbon starvation protein CstA  54.97 
 
 		 472 aa  483  1e-135  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0438651 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0227  carbon starvation protein A, putative  54.18 
 
 		 489 aa  475  1e-133  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2353  carbon starvation protein CstA  53.86 
 
 		 470 aa  472  1e-132  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.4761  normal  0.0387762 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2354  carbon starvation protein CstA  53 
 
 		 473 aa  469  1.0000000000000001e-131  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.322622  normal  0.0377797 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0741  carbon starvation protein CstA  53.16 
 
 		 483 aa  467  9.999999999999999e-131  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.230376  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0725  carbon starvation protein CstA  53.38 
 
 		 483 aa  468  9.999999999999999e-131  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1325  carbon starvation protein CstA  51.83 
 
 		 472 aa  444  1e-123  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0012  carbon starvation protein CstA, putative  53.08 
 
 		 484 aa  439  9.999999999999999e-123  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1226  carbon starvation protein CstA  51.94 
 
 		 467 aa  432  1e-120  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.200815 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1687  carbon starvation protein A  48.75 
 
 		 480 aa  429  1e-119  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1822  carbon starvation protein A  48.75 
 
 		 480 aa  429  1e-119  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0262919  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1867  putative carbon starvation protein A  48.75 
 
 		 480 aa  429  1e-119  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0679400000000002e-34 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1667  carbon starvation protein A  48.75 
 
 		 480 aa  422  1e-117  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.267258  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1944  putative carbon starvation protein A  48.75 
 
 		 480 aa  421  1e-116  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00862817  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1326  carbon starvation protein CstA  52.52 
 
 		 472 aa  417  9.999999999999999e-116  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0951  carbon starvation protein CstA  46.17 
 
 		 490 aa  414  1e-114  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0924305  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1015  carbon starvation protein CstA, putative  48.19 
 
 		 494 aa  410  1e-113  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00237627  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0907  carbon starvation protein CstA  44.92 
 
 		 490 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.695183  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3047  carbon starvation protein CstA  45.31 
 
 		 491 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000178589  normal  0.0660711 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0925  carbon starvation protein CstA  45.31 
 
 		 491 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0439371  normal  0.811666 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0888  carbon starvation protein CstA  45.31 
 
 		 491 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000228832  normal  0.272877 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3415  carbon starvation protein CstA  44.29 
 
 		 490 aa  403  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3490  carbon starvation protein CstA  44.29 
 
 		 490 aa  404  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.26898  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3613  carbon starvation protein CstA  44.29 
 
 		 490 aa  404  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.713619 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0772  carbon starvation protein CstA  44.03 
 
 		 489 aa  403  1e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0874  carbon starvation protein CstA  44.29 
 
 		 490 aa  404  1e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.390469  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3022  carbon starvation protein CstA  43.83 
 
 		 490 aa  394  1e-108  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.939377  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1109  cold-shock regulated carbon starvation protein A  45.45 
 
 		 487 aa  390  1e-107  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0159914  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0605  carbon starvation protein CstA  42.43 
 
 		 484 aa  344  2e-93  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000190307  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10430  carbon starvation protein CstA  29.48 
 
 		 554 aa  145  1e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000165578  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1546  carbon starvation protein CstA  27.48 
 
 		 537 aa  145  1e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000304878 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2230  carbon starvation protein CstA  27.34 
 
 		 555 aa  142  1.9999999999999998e-32  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000106566  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1208  carbon starvation protein CstA  28.74 
 
 		 555 aa  135  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1389  carbon starvation-induced protein  27.94 
 
 		 599 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1123  carbon starvation protein A  26.72 
 
 		 559 aa  128  2.0000000000000002e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.15869  normal  0.492518 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0909  carbon starvation protein CstA  29.9 
 
 		 546 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000299613  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1295  carbon starvation protein CstA  26.53 
 
 		 559 aa  125  2e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0113  carbon starvation protein CstA  27.35 
 
 		 564 aa  125  2e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.885531  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2003  carbon starvation protein CstA  25.96 
 
 		 585 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.120083  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03070  carbon starvation protein, predicted membrane protein  26.58 
 
 		 573 aa  117  3e-25  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1025  putative carbon starvation A transmembrane protein  30.47 
 
 		 688 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.752168  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4228  carbon starvation protein CstA  25.49 
 
 		 687 aa  117  6e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.159407 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4710  carbon starvation protein CstA  25.77 
 
 		 692 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5298  carbon starvation protein CstA  26.62 
 
 		 692 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.884841  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5561  carbon starvation protein CstA  26.62 
 
 		 692 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.528361  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3404  carbon starvation protein CstA  29.07 
 
 		 684 aa  114  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0022  carbon starvation A transmembrane protein  29.65 
 
 		 686 aa  113  6e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0699392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3727  carbon starvation protein CstA  29.07 
 
 		 684 aa  113  7.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4884  carbon starvation protein CstA  25.59 
 
 		 692 aa  113  9e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.393748  normal  0.287345 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5434  carbon starvation protein CstA  25.59 
 
 		 692 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3245  carbon starvation protein CstA  25.05 
 
 		 692 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.255181  normal  0.357407 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2942  carbon starvation protein CstA  28.86 
 
 		 687 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.727344  normal  0.0728154 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6471  carbon starvation protein CstA  25.59 
 
 		 692 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.333661 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0798  carbon starvation protein CstA  26.93 
 
 		 688 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.999684  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4641  carbon starvation protein CstA  26.93 
 
 		 688 aa  111  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.91453 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0097  carbon starvation protein CstA  26.13 
 
 		 692 aa  111  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.457953 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3982  carbon starvation protein CstA  28.48 
 
 		 688 aa  111  3e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4503  carbon starvation protein CstA  26.93 
 
 		 688 aa  111  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.818376  normal  0.614972 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2252  carbon starvation protein A  24.68 
 
 		 692 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3417  carbon starvation protein CstA  28.82 
 
 		 690 aa  110  5e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1294  carbon starvation protein A  24.68 
 
 		 692 aa  110  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.712641  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4635  carbon starvation protein CstA  26.65 
 
 		 688 aa  110  5e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.151575  normal  0.995482 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3065  carbon starvation protein CstA  24.68 
 
 		 692 aa  110  5e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2939  carbon starvation protein CstA  24.68 
 
 		 692 aa  110  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3574  carbon starvation protein CstA  28.82 
 
 		 691 aa  110  7.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03566  Carbon starvation regulatory protein  25.15 
 
 		 561 aa  108  2e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7759  carbon starvation protein CstA  28.49 
 
 		 692 aa  108  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.354244  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0613  carbon starvation protein CstA  27.96 
 
 		 539 aa  108  2e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000204279  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2387  carbon starvation protein CstA  27.39 
 
 		 647 aa  108  3e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1227  carbon starvation protein CstA  27.24 
 
 		 603 aa  107  3e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.454995 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0072  carbon starvation protein A  30.45 
 
 		 692 aa  107  4e-22  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.702943  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4883  carbon starvation protein CstA  26.07 
 
 		 688 aa  107  5e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1963  carbon starvation protein CstA  26.72 
 
 		 606 aa  107  6e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.929114 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4191  carbon starvation protein CstA  28.57 
 
 		 688 aa  106  8e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.421404  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2696  carbon starvation protein CstA  26.78 
 
 		 615 aa  106  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1979  carbon starvation protein CstA  29.57 
 
 		 685 aa  106  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.55888 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4273  carbon starvation protein CstA  27.11 
 
 		 691 aa  104  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4638  carbon starvation protein CstA  26.71 
 
 		 691 aa  104  4e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.670584  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>