232 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1109 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009665  Shew185_3490  carbon starvation protein CstA  78.23 
 
 
490 aa  786    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.26898  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3415  carbon starvation protein CstA  78.44 
 
 
490 aa  787    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0907  carbon starvation protein CstA  77 
 
 
490 aa  774    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.695183  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1109  cold-shock regulated carbon starvation protein A  100 
 
 
487 aa  972    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0159914  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3047  carbon starvation protein CstA  78.6 
 
 
491 aa  789    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000178589  normal  0.0660711 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0925  carbon starvation protein CstA  78.6 
 
 
491 aa  789    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0439371  normal  0.811666 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0772  carbon starvation protein CstA  80.58 
 
 
489 aa  793    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0888  carbon starvation protein CstA  78.4 
 
 
491 aa  787    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000228832  normal  0.272877 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0874  carbon starvation protein CstA  78.23 
 
 
490 aa  786    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.390469  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3613  carbon starvation protein CstA  78.03 
 
 
490 aa  785    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.713619 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3022  carbon starvation protein CstA  77.89 
 
 
490 aa  783    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.939377  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2353  carbon starvation protein CstA  46.86 
 
 
470 aa  416  9.999999999999999e-116  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.4761  normal  0.0387762 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2354  carbon starvation protein CstA  46.86 
 
 
473 aa  415  1e-114  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.322622  normal  0.0377797 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2399  carbon starvation protein CstA  45.9 
 
 
486 aa  409  1e-113  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2956  carbon starvation protein CstA  45.19 
 
 
479 aa  407  1.0000000000000001e-112  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.029089  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004412  carbon starvation protein A  46.37 
 
 
494 aa  405  1.0000000000000001e-112  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1229  carbon starvation protein CstA  46.67 
 
 
472 aa  403  1e-111  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0438651 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2330  carbon starvation protein CstA  46.24 
 
 
478 aa  402  1e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0840034  normal  0.981358 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4235  carbon starvation protein CstA  47.59 
 
 
480 aa  405  1e-111  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0218  putative carbon starvation protein A  45.88 
 
 
494 aa  404  1e-111  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.737228  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0227  carbon starvation protein A, putative  46.11 
 
 
489 aa  400  9.999999999999999e-111  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2435  carbon starvation protein CstA  46.68 
 
 
486 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.338097  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00986  hypothetical protein  46.61 
 
 
494 aa  401  9.999999999999999e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1764  carbon starvation protein CstA  45.25 
 
 
478 aa  395  1e-109  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.468167  hitchhiker  0.00720784 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1478  carbon starvation protein CstA  44.31 
 
 
479 aa  397  1e-109  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0606674  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2595  carbon starvation protein CstA  44.4 
 
 
484 aa  397  1e-109  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.147178  hitchhiker  0.00215078 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2433  carbon starvation protein CstA  46.15 
 
 
482 aa  393  1e-108  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0181801  hitchhiker  0.00240517 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2503  carbon starvation protein CstA  44.2 
 
 
482 aa  394  1e-108  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.068155  normal  0.0168974 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3340  carbon starvation protein CstA  44.7 
 
 
499 aa  390  1e-107  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.724244 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2884  carbon starvation protein CstA  45.45 
 
 
478 aa  390  1e-107  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00820008  hitchhiker  0.00000000141998 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1280  carbon starvation protein  43.49 
 
 
477 aa  389  1e-107  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.513544  hitchhiker  0.00159846 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1547  carbon starvation protein CstA  46.15 
 
 
482 aa  391  1e-107  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.115845  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1325  carbon starvation protein CstA  45.15 
 
 
472 aa  388  1e-106  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2686  carbon starvation protein CstA  44.99 
 
 
487 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0888448  hitchhiker  0.000480532 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1694  carbon starvation protein CstA  44.99 
 
 
487 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000103268  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1657  carbon starvation protein CstA  44.99 
 
 
486 aa  385  1e-105  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0002875  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0741  carbon starvation protein CstA  43.95 
 
 
483 aa  382  1e-105  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.230376  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0725  carbon starvation protein CstA  43.95 
 
 
483 aa  384  1e-105  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0012  carbon starvation protein CstA, putative  45.38 
 
 
484 aa  379  1e-104  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1226  carbon starvation protein CstA  46.12 
 
 
467 aa  375  1e-103  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.200815 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0348  carbon starvation protein A  42.41 
 
 
527 aa  372  1e-102  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000180552  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1687  carbon starvation protein A  43.71 
 
 
480 aa  360  4e-98  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1822  carbon starvation protein A  43.71 
 
 
480 aa  360  4e-98  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0262919  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1867  putative carbon starvation protein A  43.71 
 
 
480 aa  360  4e-98  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0679400000000002e-34 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1326  carbon starvation protein CstA  44.93 
 
 
472 aa  359  5e-98  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1667  carbon starvation protein A  43.71 
 
 
480 aa  355  1e-96  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.267258  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1944  putative carbon starvation protein A  43.71 
 
 
480 aa  355  1e-96  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00862817  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2823.1  carbon starvation protein A  47.93 
 
 
392 aa  351  1e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1015  carbon starvation protein CstA, putative  38.88 
 
 
494 aa  316  7e-85  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00237627  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0951  carbon starvation protein CstA  37.93 
 
 
490 aa  305  1.0000000000000001e-81  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0924305  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0605  carbon starvation protein CstA  35.21 
 
 
484 aa  286  7e-76  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000190307  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1445  carbon starvation-induced protein  27.79 
 
 
537 aa  139  8.999999999999999e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.126725  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1546  carbon starvation protein CstA  25.84 
 
 
537 aa  120  4.9999999999999996e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000304878 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2230  carbon starvation protein CstA  28.85 
 
 
555 aa  120  7e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000106566  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1551  carbon starvation protein CstA  27.14 
 
 
696 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0113  carbon starvation protein CstA  26.44 
 
 
564 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.885531  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2942  carbon starvation protein CstA  27.16 
 
 
696 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.627155  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10430  carbon starvation protein CstA  25.2 
 
 
554 aa  116  7.999999999999999e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000165578  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1348  carbon starvation protein A  25.91 
 
 
701 aa  115  2.0000000000000002e-24  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.401846  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1295  carbon starvation protein CstA  26.47 
 
 
559 aa  114  4.0000000000000004e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1123  carbon starvation protein A  26.18 
 
 
559 aa  114  5e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.15869  normal  0.492518 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2942  carbon starvation protein CstA  29.11 
 
 
687 aa  113  9e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.727344  normal  0.0728154 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3404  carbon starvation protein CstA  29.43 
 
 
684 aa  110  6e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3619  carbon starvation protein CstA  28.81 
 
 
681 aa  110  8.000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.186111  normal  0.595383 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3727  carbon starvation protein CstA  29.55 
 
 
684 aa  109  9.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1208  carbon starvation protein CstA  26.24 
 
 
555 aa  108  1e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0897  carbon starvation protein A  26.96 
 
 
703 aa  108  2e-22  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000953526  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4228  carbon starvation protein CstA  25.58 
 
 
687 aa  107  3e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.159407 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0618  carbon starvation protein A  24.53 
 
 
701 aa  107  5e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0924  carbon starvation protein A  26.96 
 
 
703 aa  107  6e-22  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.000573812  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4191  carbon starvation protein CstA  28.82 
 
 
688 aa  105  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.421404  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0022  carbon starvation A transmembrane protein  25.5 
 
 
686 aa  106  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0699392  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3028  carbon starvation protein CstA  24.53 
 
 
701 aa  105  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0995  carbon starvation protein A  26.78 
 
 
703 aa  105  2e-21  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0909  carbon starvation protein CstA  27.54 
 
 
546 aa  105  2e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000299613  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0683  carbon starvation protein A  24.53 
 
 
701 aa  105  2e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.720109  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0618  carbon starvation protein A  24.53 
 
 
701 aa  105  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0314  carbon starvation protein CstA  25.98 
 
 
586 aa  105  2e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.326681  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3046  carbon starvation protein CstA  24.53 
 
 
701 aa  105  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0649  carbon starvation protein A  24.53 
 
 
701 aa  105  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2003  carbon starvation protein CstA  24.85 
 
 
585 aa  104  4e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.120083  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6471  carbon starvation protein CstA  25.99 
 
 
692 aa  103  5e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.333661 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0097  carbon starvation protein CstA  25.62 
 
 
692 aa  103  5e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.457953 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5434  carbon starvation protein CstA  26.25 
 
 
692 aa  103  6e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4884  carbon starvation protein CstA  26.25 
 
 
692 aa  103  6e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.393748  normal  0.287345 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4710  carbon starvation protein CstA  26.43 
 
 
692 aa  103  9e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4638  carbon starvation protein CstA  28.21 
 
 
691 aa  103  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.670584  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4273  carbon starvation protein CstA  28.29 
 
 
691 aa  102  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5298  carbon starvation protein CstA  25.63 
 
 
692 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.884841  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5561  carbon starvation protein CstA  25.63 
 
 
692 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.528361  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1025  putative carbon starvation A transmembrane protein  25.8 
 
 
688 aa  102  1e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.752168  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1979  carbon starvation protein CstA  26.42 
 
 
685 aa  102  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.55888 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3245  carbon starvation protein CstA  26.07 
 
 
692 aa  102  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.255181  normal  0.357407 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4534  carbon starvation protein CstA  27.01 
 
 
686 aa  101  3e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0845129  normal  0.908498 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1130  carbon starvation protein CstA  25.21 
 
 
701 aa  101  4e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.899607 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4635  carbon starvation protein CstA  28.21 
 
 
688 aa  100  5e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.151575  normal  0.995482 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0500  carbon starvation protein A  24.14 
 
 
701 aa  100  5e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1741  carbon starvation protein CstA  29.33 
 
 
688 aa  100  5e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2017  carbon starvation protein CstA  27.35 
 
 
685 aa  100  6e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.52784  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2294  carbon starvation protein CstA  27.35 
 
 
685 aa  100  6e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.011541 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>