232 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_2354 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_1229  carbon starvation protein CstA  83.86 
 
 
472 aa  783    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0438651 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2353  carbon starvation protein CstA  96.38 
 
 
470 aa  889    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.4761  normal  0.0387762 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2354  carbon starvation protein CstA  100 
 
 
473 aa  944    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.322622  normal  0.0377797 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0227  carbon starvation protein A, putative  67.57 
 
 
489 aa  620  1e-176  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2399  carbon starvation protein CstA  67.45 
 
 
486 aa  615  1e-175  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1226  carbon starvation protein CstA  67.86 
 
 
467 aa  611  9.999999999999999e-175  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.200815 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4235  carbon starvation protein CstA  64.44 
 
 
480 aa  600  1e-170  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2956  carbon starvation protein CstA  56.12 
 
 
479 aa  518  1e-146  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.029089  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004412  carbon starvation protein A  56.1 
 
 
494 aa  507  9.999999999999999e-143  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2435  carbon starvation protein CstA  55.82 
 
 
486 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.338097  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2330  carbon starvation protein CstA  54.08 
 
 
478 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0840034  normal  0.981358 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0218  putative carbon starvation protein A  56.2 
 
 
494 aa  504  1e-141  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.737228  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00986  hypothetical protein  55.25 
 
 
494 aa  501  1e-140  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1478  carbon starvation protein CstA  54.94 
 
 
479 aa  501  1e-140  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0606674  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3340  carbon starvation protein CstA  55.75 
 
 
499 aa  496  1e-139  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.724244 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1764  carbon starvation protein CstA  52.15 
 
 
478 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.468167  hitchhiker  0.00720784 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2884  carbon starvation protein CstA  53 
 
 
478 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00820008  hitchhiker  0.00000000141998 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2433  carbon starvation protein CstA  52.79 
 
 
482 aa  489  1e-137  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0181801  hitchhiker  0.00240517 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2503  carbon starvation protein CstA  52.79 
 
 
482 aa  490  1e-137  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.068155  normal  0.0168974 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2595  carbon starvation protein CstA  52.79 
 
 
484 aa  489  1e-137  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.147178  hitchhiker  0.00215078 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1547  carbon starvation protein CstA  53 
 
 
482 aa  490  1e-137  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.115845  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1280  carbon starvation protein  53.43 
 
 
477 aa  488  1e-136  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.513544  hitchhiker  0.00159846 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1694  carbon starvation protein CstA  53 
 
 
487 aa  476  1e-133  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000103268  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2686  carbon starvation protein CstA  53 
 
 
487 aa  476  1e-133  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0888448  hitchhiker  0.000480532 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1657  carbon starvation protein CstA  53 
 
 
486 aa  476  1e-133  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0002875  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1325  carbon starvation protein CstA  53.33 
 
 
472 aa  474  1e-132  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0012  carbon starvation protein CstA, putative  54.31 
 
 
484 aa  463  1e-129  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0741  carbon starvation protein CstA  53.49 
 
 
483 aa  463  1e-129  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.230376  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0725  carbon starvation protein CstA  53.28 
 
 
483 aa  462  1e-129  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0348  carbon starvation protein A  48.56 
 
 
527 aa  459  9.999999999999999e-129  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000180552  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0907  carbon starvation protein CstA  48.41 
 
 
490 aa  449  1e-125  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.695183  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3490  carbon starvation protein CstA  48.2 
 
 
490 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.26898  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3415  carbon starvation protein CstA  47.98 
 
 
490 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3047  carbon starvation protein CstA  47.98 
 
 
491 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000178589  normal  0.0660711 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0925  carbon starvation protein CstA  47.98 
 
 
491 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0439371  normal  0.811666 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3613  carbon starvation protein CstA  48.2 
 
 
490 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.713619 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0888  carbon starvation protein CstA  47.98 
 
 
491 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000228832  normal  0.272877 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0874  carbon starvation protein CstA  48.2 
 
 
490 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.390469  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3022  carbon starvation protein CstA  48.2 
 
 
490 aa  443  1e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.939377  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0772  carbon starvation protein CstA  47.13 
 
 
489 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1109  cold-shock regulated carbon starvation protein A  46.86 
 
 
487 aa  435  1e-120  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0159914  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1326  carbon starvation protein CstA  54.25 
 
 
472 aa  435  1e-120  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1687  carbon starvation protein A  50.22 
 
 
480 aa  421  1e-116  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1867  putative carbon starvation protein A  50.22 
 
 
480 aa  421  1e-116  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0679400000000002e-34 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1822  carbon starvation protein A  50.22 
 
 
480 aa  421  1e-116  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0262919  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2823.1  carbon starvation protein A  55.73 
 
 
392 aa  418  9.999999999999999e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1944  putative carbon starvation protein A  50 
 
 
480 aa  412  1e-114  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00862817  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1667  carbon starvation protein A  50 
 
 
480 aa  412  1e-114  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.267258  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0951  carbon starvation protein CstA  48.53 
 
 
490 aa  413  1e-114  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0924305  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1015  carbon starvation protein CstA, putative  46.67 
 
 
494 aa  388  1e-107  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00237627  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0605  carbon starvation protein CstA  42.92 
 
 
484 aa  324  3e-87  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000190307  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1546  carbon starvation protein CstA  28.1 
 
 
537 aa  147  5e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000304878 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1445  carbon starvation-induced protein  27.93 
 
 
537 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.126725  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10430  carbon starvation protein CstA  29.56 
 
 
554 aa  134  3e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000165578  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0909  carbon starvation protein CstA  29.86 
 
 
546 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000299613  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1123  carbon starvation protein A  26.97 
 
 
559 aa  127  6e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.15869  normal  0.492518 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1295  carbon starvation protein CstA  26.57 
 
 
559 aa  124  5e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0613  carbon starvation protein CstA  27.98 
 
 
539 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000204279  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0113  carbon starvation protein CstA  26.4 
 
 
564 aa  119  7.999999999999999e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.885531  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2003  carbon starvation protein CstA  26.68 
 
 
585 aa  116  1.0000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.120083  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03566  Carbon starvation regulatory protein  26.45 
 
 
561 aa  109  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1389  carbon starvation-induced protein  27.24 
 
 
599 aa  106  7e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2942  carbon starvation protein CstA  27.11 
 
 
696 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.627155  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1551  carbon starvation protein CstA  26.74 
 
 
696 aa  101  4e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03070  carbon starvation protein, predicted membrane protein  25.05 
 
 
573 aa  100  4e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1348  carbon starvation protein A  25.7 
 
 
701 aa  97.8  4e-19  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.401846  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4884  carbon starvation protein CstA  24.86 
 
 
692 aa  97.1  6e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.393748  normal  0.287345 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5434  carbon starvation protein CstA  24.86 
 
 
692 aa  97.1  7e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3245  carbon starvation protein CstA  25.05 
 
 
692 aa  96.3  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.255181  normal  0.357407 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3982  carbon starvation protein CstA  28.83 
 
 
688 aa  95.9  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3644  carbon starvation protein CstA  25.24 
 
 
603 aa  95.5  2e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3948  carbon starvation protein CstA  25.24 
 
 
603 aa  95.5  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.813593  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3542  carbon starvation protein CstA  38.93 
 
 
585 aa  94.7  3e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.817588  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0268  carbon starvation protein CstA  25.05 
 
 
603 aa  93.6  7e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07540  carbon starvation protein, predicted membrane protein  34.39 
 
 
599 aa  92.8  1e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.620318  normal  0.553558 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1227  carbon starvation protein CstA  24.45 
 
 
603 aa  92  2e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.454995 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0575  carbon starvation protein A  26.25 
 
 
642 aa  92  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1208  carbon starvation protein CstA  35.81 
 
 
555 aa  92  2e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2942  carbon starvation protein CstA  26.41 
 
 
687 aa  89.4  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.727344  normal  0.0728154 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2230  carbon starvation protein CstA  35.11 
 
 
555 aa  89.4  1e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000106566  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3580  carbon starvation protein CstA  25.05 
 
 
615 aa  89  2e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.863613  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4167  carbon starvation protein CstA  26.94 
 
 
742 aa  88.6  2e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.586353  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0990  carbon starvation protein CstA  25.25 
 
 
537 aa  86.3  0.000000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000027285  normal  0.0507495 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2607  carbon starvation protein CstA  28.57 
 
 
691 aa  85.1  0.000000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.325051  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6471  carbon starvation protein CstA  24.86 
 
 
692 aa  85.1  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.333661 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0148  carbon starvation protein CstA  33.08 
 
 
596 aa  84.7  0.000000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0850  carbon starvation protein CstA  36.15 
 
 
624 aa  82.8  0.00000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7759  carbon starvation protein CstA  24.46 
 
 
692 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.354244  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2711  carbon starvation protein CstA  37.3 
 
 
617 aa  81.3  0.00000000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4191  carbon starvation protein CstA  23.99 
 
 
688 aa  79.7  0.00000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.421404  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2696  carbon starvation protein CstA  43.56 
 
 
615 aa  79.7  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3001  carbon starvation protein CstA  25.25 
 
 
603 aa  79.7  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08610  carbon starvation protein, predicted membrane protein  40.16 
 
 
753 aa  79.3  0.0000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0831  carbon starvation protein CstA  38.02 
 
 
765 aa  79  0.0000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.464079 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0681  carbon starvation protein CstA  38.84 
 
 
766 aa  77.8  0.0000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4534  carbon starvation protein CstA  27.16 
 
 
686 aa  76.6  0.0000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0845129  normal  0.908498 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0314  carbon starvation protein CstA  31.87 
 
 
586 aa  75.9  0.000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.326681  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0894  carbon starvation protein CstA  34.13 
 
 
592 aa  76.6  0.000000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.355401  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3404  carbon starvation protein CstA  37.27 
 
 
684 aa  75.5  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5210  carbon starvation protein CstA  39.81 
 
 
691 aa  75.9  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>