114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2144 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2144  hypothetical protein  100 
 
 		 253 aa  533  1e-150  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.389277  normal  0.0100675 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2142  hypothetical protein  59.68 
 
 		 253 aa  325  4.0000000000000003e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.532898  normal  0.0656443 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2141  hypothetical protein  40.62 
 
 		 277 aa  199  3e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0962248 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0526  hypothetical protein  29.37 
 
 		 267 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0755  hypothetical protein  29 
 
 		 249 aa  108  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.684175  hitchhiker  0.00000180736 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2091  hypothetical protein  26.52 
 
 		 245 aa  59.7  0.00000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0353766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3578  LuxR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 255 aa  59.3  0.00000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.920861  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3799  response regulator receiver protein  28.02 
 
 		 248 aa  58.9  0.00000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4197  response regulator receiver protein  26.15 
 
 		 248 aa  58.2  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4329  LuxR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 248 aa  58.2  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4624  LuxR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 248 aa  57.4  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0690  LuxR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 252 aa  57.4  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1969  hypothetical protein  47.62 
 
 		 233 aa  57  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.894379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4327  ATP-dependent transcription regulator LuxR  41.94 
 
 		 1021 aa  52.4  0.000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2656  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.06 
 
 		 226 aa  52  0.000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.161573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 239 aa  50.8  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 239 aa  50.4  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2457  hypothetical protein  39.44 
 
 		 240 aa  50.1  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.418113 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3390  two component LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 226 aa  50.1  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0389848  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 239 aa  49.7  0.00004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 239 aa  49.7  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 239 aa  49.7  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 239 aa  49.7  0.00005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 239 aa  49.3  0.00006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  29.52 
 
 		 239 aa  48.1  0.0001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  29.52 
 
 		 239 aa  48.1  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.52 
 
 		 239 aa  48.1  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  29.52 
 
 		 239 aa  48.1  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  29.52 
 
 		 239 aa  48.1  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  29.52 
 
 		 239 aa  48.1  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  29.52 
 
 		 239 aa  48.1  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  29.52 
 
 		 239 aa  48.1  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1851  two component LuxR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 262 aa  47.8  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.467917  normal  0.53175 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0828  response regulator  30.59 
 
 		 216 aa  47.4  0.0002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0183204  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1168  LuxR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 216 aa  47.4  0.0002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8793  response regulator receiver protein  34.78 
 
 		 221 aa  47.8  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.321987  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1549  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.34 
 
 		 238 aa  47.4  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.196807  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4119  response regulator receiver  32.53 
 
 		 230 aa  47.8  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3628  two component LuxR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 292 aa  47  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.350857 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1731  hypothetical protein  27.89 
 
 		 240 aa  47  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000145681 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4531  transcriptional regulator, LuxR family  43.64 
 
 		 217 aa  46.6  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0993  regulatory protein, LuxR  38.1 
 
 		 920 aa  45.8  0.0006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.962183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4263  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.38 
 
 		 230 aa  45.8  0.0006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.455968 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2112  DNA-binding transcriptional activator SdiA  31.15 
 
 		 240 aa  45.8  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.722664  hitchhiker  0.0000000000000595752 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2165  DNA-binding transcriptional activator SdiA  31.15 
 
 		 240 aa  45.8  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0921825  hitchhiker  0.00000020452 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2106  DNA-binding transcriptional activator SdiA  31.15 
 
 		 240 aa  45.8  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.010871 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1170  DNA-binding transcriptional activator SdiA  31.15 
 
 		 240 aa  45.8  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0141324  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1293  DNA-binding transcriptional activator SdiA  31.15 
 
 		 240 aa  45.8  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.746399  hitchhiker  0.0000202879 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0608  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 228 aa  45.8  0.0006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1473  transcriptional regulator, LuxR family  38.24 
 
 		 203 aa  45.8  0.0007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.569189  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7160  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.51 
 
 		 224 aa  45.8  0.0007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2015  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.42 
 
 		 240 aa  45.4  0.0009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000284169  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1723  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.42 
 
 		 240 aa  45.4  0.0009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00781439  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1730  transcriptional regulator, LuxR family  28.42 
 
 		 240 aa  45.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000557622  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0366  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.32 
 
 		 220 aa  45.4  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0587069  normal  0.203995 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6753  ATP-dependent transcription regulator LuxR  37.1 
 
 		 932 aa  44.7  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.449288 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2471  two component LuxR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 220 aa  45.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.55611 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19120  transcriptional regulator RhlR  29.03 
 
 		 241 aa  45.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.420854  normal  0.170234 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4008  LuxR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 248 aa  45.4  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2503  DNA-binding transcriptional activator SdiA  31.15 
 
 		 240 aa  44.7  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000339648  normal  0.514976 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1649  transcriptional regulator RhlR  29.03 
 
 		 224 aa  44.7  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.458186  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2150  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.42 
 
 		 240 aa  45.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000560081  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2136  two component LuxR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 240 aa  45.4  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0154869 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1266  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.42 
 
 		 240 aa  45.4  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00315864  hitchhiker  0.00193945 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1044  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.42 
 
 		 240 aa  45.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000369866  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2690  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.42 
 
 		 240 aa  45.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0029365  normal  0.0383701 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2822  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.39 
 
 		 231 aa  45.4  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.311075  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6284  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.65 
 
 		 217 aa  45.4  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2037  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.12 
 
 		 225 aa  45.4  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.137578 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3244  response regulator receiver protein  34.38 
 
 		 218 aa  45.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000568428  normal  0.332742 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19850  putative transcriptional regulator  36.36 
 
 		 827 aa  44.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.326832  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1020  response regulator receiver  31.34 
 
 		 218 aa  44.3  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.648692  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0945  two component LuxR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 232 aa  44.7  0.002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1731  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.47 
 
 		 224 aa  43.9  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.550315  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5265  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.38 
 
 		 218 aa  44.3  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1951  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.94 
 
 		 226 aa  44.3  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0924411 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_934  DNA-binding response regulator, LuxR family  27.78 
 
 		 232 aa  44.3  0.002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.717523  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1063  LuxR family DNA-binding response regulator  27.27 
 
 		 232 aa  43.9  0.003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.815436  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1151  transcriptional regulator, LuxR family  36.76 
 
 		 910 aa  43.9  0.003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13150  putative transcriptional regulator  39.34 
 
 		 906 aa  43.9  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.697366  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2668  two component LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 213 aa  43.9  0.003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.18046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1186  transcriptional regulator  39.34 
 
 		 906 aa  43.9  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1706  transcriptional regulator  40.98 
 
 		 827 aa  43.5  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5235  transcriptional regulator, LuxR family  40.98 
 
 		 134 aa  43.9  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.183919  normal  0.452557 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4247  two component LuxR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 210 aa  43.5  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.798903  normal  0.133218 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6705  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.5 
 
 		 258 aa  43.5  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.318103  normal  0.0731204 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3614  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.59 
 
 		 201 aa  43.5  0.003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.765091  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2872  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.85 
 
 		 218 aa  43.5  0.003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4359  transcriptional regulator, LuxR family  27.88 
 
 		 302 aa  43.5  0.004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1509  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.38 
 
 		 221 aa  43.1  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.198395  normal  0.0597777 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3727  two component LuxR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 226 aa  43.1  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.554715 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4815  ATP-dependent transcription regulator LuxR  39.34 
 
 		 924 aa  43.5  0.004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4422  ATP-dependent transcription regulator LuxR  39.34 
 
 		 905 aa  43.1  0.004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4374  transcriptional regulator LuxR family  31.15 
 
 		 246 aa  43.5  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2232  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.82 
 
 		 302 aa  43.5  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.501029  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0110  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.41 
 
 		 222 aa  43.1  0.004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0767  LuxR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 905 aa  43.1  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5475  regulatory protein, LuxR  36.62 
 
 		 911 aa  43.1  0.005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450601  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0794  regulatory protein, LuxR  36.92 
 
 		 905 aa  43.1  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.23816 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9665  two-component transcriptional regulator LuxR family  35.48 
 
 		 240 aa  42.7  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.024682  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>