More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1180 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 		 692 aa  1418    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0908  signal transduction histidine kinase-like protein  55.77 
 
 		 680 aa  763    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1084  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  58.94 
 
 		 678 aa  831    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.48408  normal  0.101861 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1275  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  75.15 
 
 		 679 aa  1056    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0693701 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2024  fused PAS sensor histidine kinase protein and response regulator  34.67 
 
 		 1005 aa  279  1e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00627468  normal  0.216163 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3277  ATP-binding region, ATPase-like  30.92 
 
 		 812 aa  254  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.438196  hitchhiker  0.00707292 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.08 
 
 		 812 aa  248  2e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.87 
 
 		 588 aa  247  6e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0474386 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2189  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.63 
 
 		 628 aa  246  8e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0671838  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6615  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.66 
 
 		 660 aa  244  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0224174  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.65 
 
 		 1022 aa  243  7.999999999999999e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3257  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.02 
 
 		 589 aa  243  7.999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5111  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.02 
 
 		 589 aa  243  7.999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4524  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.02 
 
 		 589 aa  243  9e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.77 
 
 		 589 aa  243  1e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.153925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.92 
 
 		 732 aa  241  2e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.598305 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0284  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.56 
 
 		 1105 aa  241  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0846765 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0163  sensory box histidine kinase/response regulator  34.19 
 
 		 611 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0137  sensory box histidine kinase/response regulator  34.19 
 
 		 611 aa  241  4e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1307  sensory box histidine kinase/response regulator  34.19 
 
 		 611 aa  241  4e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1830  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.95 
 
 		 1165 aa  239  1e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3355  PAS  37.97 
 
 		 646 aa  239  1e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.996652  normal  0.102892 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3564  histidine kinase  31.87 
 
 		 544 aa  239  1e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2778  Signal transduction histidine kinase  33.96 
 
 		 611 aa  239  1e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1041  sensory box histidine kinase/response regulator  33.96 
 
 		 611 aa  239  2e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0545  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.09 
 
 		 1053 aa  239  2e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0920041 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2635  sensory box histidine kinase/response regulator  33.96 
 
 		 611 aa  239  2e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3795  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.28 
 
 		 807 aa  238  3e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.750808 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4788  histidine kinase  34.74 
 
 		 685 aa  238  3e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4874  histidine kinase  30.67 
 
 		 544 aa  237  4e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.300744  normal  0.0460746 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2148  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.31 
 
 		 655 aa  238  4e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.440522  normal  0.494902 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.41 
 
 		 1050 aa  237  6e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.64 
 
 		 957 aa  236  7e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3068  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.94 
 
 		 622 aa  236  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.231547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2842  PAS sensor protein  34.94 
 
 		 622 aa  236  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.174863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0036  histidine kinase  35.38 
 
 		 556 aa  235  2.0000000000000002e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.526737  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4711  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.34 
 
 		 683 aa  235  3e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0019  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.11 
 
 		 681 aa  235  3e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.746553  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0024  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.17 
 
 		 734 aa  234  4.0000000000000004e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.07 
 
 		 1631 aa  234  4.0000000000000004e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1581  histidine kinase  31.98 
 
 		 541 aa  234  6e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0290  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.06 
 
 		 758 aa  234  6e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.312795 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0018  ATPase domain-containing protein  35.59 
 
 		 681 aa  233  8.000000000000001e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.434302  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3791  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.16 
 
 		 492 aa  233  8.000000000000001e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.107728 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2229  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.08 
 
 		 553 aa  233  9e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.638317 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0495  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.44 
 
 		 1076 aa  233  1e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.359716  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.45 
 
 		 1089 aa  233  1e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2960  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.52 
 
 		 622 aa  233  1e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1939  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  32.35 
 
 		 1328 aa  232  2e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.282055  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0038  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.19 
 
 		 681 aa  232  2e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0323591 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.06 
 
 		 943 aa  232  2e-59  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3366  histidine kinase  34.49 
 
 		 580 aa  232  2e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0044  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.4 
 
 		 810 aa  232  2e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.89 
 
 		 916 aa  232  2e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3018  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.87 
 
 		 522 aa  231  3e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0381782 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0366  sensor histidine kinase/response regulator  34.44 
 
 		 742 aa  231  5e-59  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5603  hypothetical protein  37.06 
 
 		 756 aa  230  6e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3545  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.08 
 
 		 553 aa  230  7e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.70141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3375  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.01 
 
 		 714 aa  230  8e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2505  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.44 
 
 		 707 aa  230  8e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  34.62 
 
 		 1651 aa  230  8e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.24 
 
 		 966 aa  230  8e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3584  sensory box histidine kinase/response regulator  36.2 
 
 		 646 aa  229  1e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4726  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.77 
 
 		 625 aa  229  1e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.140851  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.54 
 
 		 814 aa  229  1e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0134  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.26 
 
 		 682 aa  229  1e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.574481  normal  0.0374693 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  35.01 
 
 		 1036 aa  229  1e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3567  histidine kinase  31.07 
 
 		 539 aa  229  1e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.464366  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2976  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.64 
 
 		 889 aa  229  1e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.29382  normal  0.115477 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.44 
 
 		 807 aa  228  2e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2406  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 773 aa  228  2e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3362  PAS sensor protein  31.89 
 
 		 678 aa  228  3e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6946  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.14 
 
 		 789 aa  228  3e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  33.66 
 
 		 571 aa  228  3e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7104  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.87 
 
 		 1646 aa  228  3e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3081  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.52 
 
 		 638 aa  227  4e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0200059 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6162  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.45 
 
 		 673 aa  227  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30079  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4749  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.1 
 
 		 781 aa  227  6e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.872225  normal  0.641352 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2443  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.92 
 
 		 657 aa  227  7e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3596  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.02 
 
 		 926 aa  227  7e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0542  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.65 
 
 		 1050 aa  227  7e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.757487  normal  0.763027 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.95 
 
 		 999 aa  226  8e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1931  histidine kinase  31.45 
 
 		 541 aa  226  9e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300086  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  35.71 
 
 		 691 aa  226  9e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.66 
 
 		 703 aa  226  9e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1649  histidine kinase  31.45 
 
 		 541 aa  226  9e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.784453 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6778  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.41 
 
 		 905 aa  226  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.433337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0247  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.82 
 
 		 640 aa  226  1e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0678153 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.44 
 
 		 998 aa  225  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2357  histidine kinase  29.68 
 
 		 533 aa  225  2e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0826278 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0801  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.1 
 
 		 953 aa  225  2e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.220837  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2373  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.95 
 
 		 769 aa  225  2e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.12 
 
 		 743 aa  224  3e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.58 
 
 		 1215 aa  224  4e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.59 
 
 		 1095 aa  224  4e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.22 
 
 		 1086 aa  224  4e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  31.46 
 
 		 1065 aa  224  6e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1300  PAS  29.6 
 
 		 695 aa  224  6e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.233563 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3211  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.14 
 
 		 696 aa  224  6e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.7085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.02 
 
 		 695 aa  223  7e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.02065  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>