More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0657 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0657  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 202 aa  408  1e-113  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.769936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3793  short chain dehydrogenase  57.21 
 
 		 207 aa  242  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3670  short chain dehydrogenase  54.73 
 
 		 208 aa  234  7e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0789  short chain dehydrogenase  54.23 
 
 		 205 aa  223  1e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4312  short chain dehydrogenase  49.75 
 
 		 199 aa  214  7e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1238  short chain dehydrogenase  48.98 
 
 		 199 aa  209  3e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.945039 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50610  short chain dehydrogenase  47.21 
 
 		 223 aa  207  1e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0391945 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3138  short chain dehydrogenase  49.24 
 
 		 200 aa  206  2e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4284  short chain dehydrogenase  46.94 
 
 		 201 aa  197  7.999999999999999e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.206363 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06295  short chain dehydrogenase  49.25 
 
 		 200 aa  197  9e-50  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0613  short chain dehydrogenase  47.96 
 
 		 201 aa  196  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0886445 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1664  short chain dehydrogenase  46.19 
 
 		 199 aa  196  2.0000000000000003e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4448  short chain dehydrogenase  45.92 
 
 		 201 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3331  short chain dehydrogenase  48.24 
 
 		 201 aa  191  8e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0313  short chain dehydrogenase  43.88 
 
 		 199 aa  189  2.9999999999999997e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0297  short chain dehydrogenase  43.88 
 
 		 199 aa  189  2.9999999999999997e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5629  short chain dehydrogenase  45.73 
 
 		 198 aa  184  8e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.973642 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3200  short chain dehydrogenase  44.44 
 
 		 217 aa  181  6e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3526  short chain dehydrogenase  47.09 
 
 		 233 aa  179  2e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0150103 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0927  short chain dehydrogenase  40 
 
 		 200 aa  179  2.9999999999999997e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.115438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4883  short chain dehydrogenase  43.72 
 
 		 202 aa  178  4e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5475  short chain dehydrogenase  43.22 
 
 		 202 aa  175  3e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5387  short chain dehydrogenase  43.22 
 
 		 202 aa  175  3e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.255767 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05280  short chain dehydrogenase  43.15 
 
 		 200 aa  174  9e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2493  short chain dehydrogenase  41.92 
 
 		 200 aa  171  1e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2619  short chain dehydrogenase  44.33 
 
 		 201 aa  165  2.9999999999999998e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1726  short chain dehydrogenase  39.39 
 
 		 200 aa  164  8e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2520  short chain dehydrogenase  43.22 
 
 		 199 aa  162  2.0000000000000002e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0216463  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3613  short chain dehydrogenase  43.37 
 
 		 199 aa  159  4e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2512  short chain dehydrogenase  37.63 
 
 		 199 aa  150  1e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.296656  normal  0.253878 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl362  short chain dehydrogenase  42.57 
 
 		 202 aa  150  2e-35  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  3.68833e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1873  short chain dehydrogenase  39.49 
 
 		 201 aa  146  3e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1736  short chain dehydrogenase  38.78 
 
 		 201 aa  144  1e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.544896  normal  0.157452 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4306  short chain dehydrogenase  35.68 
 
 		 197 aa  142  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1778  short chain dehydrogenase  41.55 
 
 		 202 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6188  short chain dehydrogenase  39.68 
 
 		 198 aa  134  8e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2324  short chain dehydrogenase  32.26 
 
 		 245 aa  77  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2087  short chain dehydrogenase  29.38 
 
 		 245 aa  75.1  0.0000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.319948  normal  0.613238 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2025  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.37 
 
 		 288 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000209901 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0802  short chain dehydrogenase  26.9 
 
 		 238 aa  68.6  0.00000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.414553  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2533  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32 
 
 		 243 aa  68.6  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4477  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.39 
 
 		 257 aa  66.2  0.0000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.211006  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06495  oxidoreductase  28.76 
 
 		 222 aa  65.5  0.0000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.41 
 
 		 262 aa  65.1  0.0000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.48 
 
 		 248 aa  65.1  0.0000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7193  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.98 
 
 		 250 aa  64.3  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.839106  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.35 
 
 		 248 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.35 
 
 		 252 aa  63.2  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1079  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.98 
 
 		 237 aa  62  0.000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.236839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.06 
 
 		 286 aa  61.6  0.000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3870  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.78 
 
 		 259 aa  61.2  0.000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2086  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.54 
 
 		 245 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00879174  normal  0.332592 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5800  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.99 
 
 		 285 aa  60.8  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0775551 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1379  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.34 
 
 		 286 aa  60.5  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.268463  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4560  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.04 
 
 		 241 aa  60.1  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.84586  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5398  short chain dehydrogenase  26.28 
 
 		 237 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.448232  normal  0.960589 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2913  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.96 
 
 		 234 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.98827 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7850  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.21 
 
 		 256 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.48 
 
 		 285 aa  59.7  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.359984 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4750  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.74 
 
 		 288 aa  58.9  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.306467  normal  0.765133 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.48 
 
 		 256 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.68 
 
 		 255 aa  58.5  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0185948  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4155  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  29.12 
 
 		 243 aa  58.2  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0471031  normal  0.022218 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.34 
 
 		 245 aa  58.2  0.00000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0259  hypothetical protein  30.12 
 
 		 232 aa  57.8  0.0000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.4 
 
 		 246 aa  57.4  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.139456 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1317  Short-chain dehydrogenase  26.79 
 
 		 288 aa  57  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169913  normal  0.0434292 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4285  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  27.53 
 
 		 249 aa  57  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.81 
 
 		 285 aa  56.2  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.136189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.99 
 
 		 285 aa  56.2  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.402229  normal  0.230445 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3655  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.56 
 
 		 259 aa  56.2  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.429144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2695  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.74 
 
 		 285 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00727931 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3482  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.13 
 
 		 248 aa  56.2  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1091  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  25.14 
 
 		 246 aa  56.2  0.0000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0983747 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.21 
 
 		 287 aa  56.6  0.0000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.77 
 
 		 285 aa  55.8  0.0000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.717925 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1106  short chain dehydrogenase  24.2 
 
 		 240 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.256004  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0953  short chain dehydrogenase  24.2 
 
 		 240 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0211  short chain dehydrogenase  24.2 
 
 		 240 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0327074  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.61 
 
 		 285 aa  55.8  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000245222 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11957  short chain dehydrogenase  28.64 
 
 		 255 aa  55.8  0.0000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0556392  normal  0.717734 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.34 
 
 		 248 aa  55.5  0.0000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.997672 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1548  short chain dehydrogenase  24.2 
 
 		 240 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6701  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.44 
 
 		 285 aa  55.5  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.539155  normal  0.142405 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.15 
 
 		 286 aa  55.5  0.0000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.239121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1057  short chain dehydrogenase; 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  29.17 
 
 		 230 aa  55.5  0.0000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.474453 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2492  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  28.57 
 
 		 245 aa  55.5  0.0000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1352  short chain dehydrogenase  26.61 
 
 		 204 aa  54.7  0.0000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.297804  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2992  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.22 
 
 		 285 aa  54.7  0.0000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.22 
 
 		 285 aa  54.3  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0264  hypothetical protein  28.92 
 
 		 232 aa  54.7  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1880  short chain dehydrogenase  23.57 
 
 		 270 aa  54.3  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0386097  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3184  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.42 
 
 		 249 aa  54.7  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0196402  normal  0.84005 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3123  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  25.74 
 
 		 251 aa  54.3  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0932491  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.25 
 
 		 238 aa  54.3  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.290784  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5588  dehydrogenase  27.81 
 
 		 285 aa  54.3  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.11 
 
 		 285 aa  53.5  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.319892  normal  0.963036 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.68 
 
 		 255 aa  53.5  0.000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000170009  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.58 
 
 		 255 aa  53.5  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.432409 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.08 
 
 		 245 aa  53.9  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.93473  normal  0.931681 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>