More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0321 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_0321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
255 aa  518  1e-146  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.432409 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5975  NAD/NADP dependent oxidoreductase  69.8 
 
 
255 aa  336  1.9999999999999998e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.63 
 
 
255 aa  333  1e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.618168  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2051  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.98 
 
 
255 aa  333  2e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.641389  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3583  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.65 
 
 
279 aa  333  2e-90  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0609  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.41 
 
 
255 aa  324  8.000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.224785 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2755  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.24 
 
 
259 aa  318  7e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.910839 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.26 
 
 
259 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.947162  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5199  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.66 
 
 
259 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.01 
 
 
254 aa  233  3e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.535154 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6170  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.6 
 
 
268 aa  231  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.343653 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
251 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.37 
 
 
256 aa  181  8.000000000000001e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 
251 aa  178  5.999999999999999e-44  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
250 aa  178  7e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0527344  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5564  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.69 
 
 
250 aa  172  3.9999999999999995e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0387947  normal 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 
254 aa  172  3.9999999999999995e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
254 aa  165  6.9999999999999995e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7696  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.41 
 
 
251 aa  161  1e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.984897  normal  0.462493 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.92 
 
 
250 aa  159  3e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6913  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.15 
 
 
247 aa  159  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.214979  normal  0.444362 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
249 aa  158  7e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
264 aa  158  9e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
255 aa  157  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.423234  normal  0.0918658 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
255 aa  157  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.07 
 
 
247 aa  155  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 
250 aa  154  9e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.07 
 
 
253 aa  154  9e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.16 
 
 
249 aa  155  9e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 
259 aa  154  1e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 
260 aa  154  1e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.375615 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  34.52 
 
 
247 aa  154  1e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2957  putative short-chain dehydrogenase/reductase  39.38 
 
 
247 aa  154  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 
252 aa  154  1e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.94 
 
 
257 aa  153  2e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1709  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.94 
 
 
266 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.65 
 
 
251 aa  154  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000195486  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.09 
 
 
258 aa  154  2e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.94 
 
 
257 aa  153  2e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0884  dehydrogenase  36.02 
 
 
257 aa  153  2e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.01 
 
 
252 aa  153  2.9999999999999998e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4827  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
295 aa  152  5.9999999999999996e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3466  glucose 1-dehydrogenase  33.73 
 
 
247 aa  151  8.999999999999999e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0401  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
245 aa  151  1e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.679351  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  34.63 
 
 
255 aa  150  2e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0533  short chain dehydrogenase  38.34 
 
 
257 aa  150  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
256 aa  149  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.28835 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.72 
 
 
257 aa  149  5e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
262 aa  149  6e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.98 
 
 
250 aa  148  7e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
271 aa  148  1.0000000000000001e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2035  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 
248 aa  146  4.0000000000000006e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000355798  normal  0.0941785 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.84 
 
 
283 aa  145  4.0000000000000006e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
250 aa  146  4.0000000000000006e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189012  normal  0.165554 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 
254 aa  145  6e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.708802  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.6 
 
 
252 aa  145  7.0000000000000006e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 
254 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2549  short chain dehydrogenase  36.36 
 
 
272 aa  144  9e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2499  short chain dehydrogenase  36.36 
 
 
272 aa  144  9e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.496805  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.2 
 
 
244 aa  145  9e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.846723 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2139  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.11 
 
 
256 aa  144  1e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6917  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.39 
 
 
251 aa  143  2e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.780011 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6540  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
312 aa  144  2e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.216575 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2567  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.55 
 
 
252 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2162  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.55 
 
 
252 aa  143  3e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0100529  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3472  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.58 
 
 
254 aa  143  3e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2585  short chain dehydrogenase  34.5 
 
 
259 aa  142  4e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.25122  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.07 
 
 
261 aa  142  4e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
250 aa  142  5e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.758731  normal  0.103076 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.02 
 
 
251 aa  142  5e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35 
 
 
252 aa  142  6e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.100065 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 
246 aa  142  6e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1849  short chain dehydrogenase  36.5 
 
 
255 aa  142  7e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.838313 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 
265 aa  142  7e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2045  short chain dehydrogenase  37.15 
 
 
272 aa  141  8e-33  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4572  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  37.4 
 
 
258 aa  141  8e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5049  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.97 
 
 
250 aa  141  8e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.553116  normal  0.644711 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1464  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.55 
 
 
262 aa  142  8e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.305305  normal  0.474897 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  35.14 
 
 
253 aa  141  8e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
246 aa  140  9.999999999999999e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
246 aa  141  9.999999999999999e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.27 
 
 
252 aa  141  9.999999999999999e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
250 aa  141  9.999999999999999e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3299  hypothetical protein  36.86 
 
 
257 aa  140  9.999999999999999e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.982919  normal  0.296802 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.05 
 
 
254 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7135  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.68 
 
 
254 aa  140  1.9999999999999998e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.0065631  normal  0.440854 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.43 
 
 
254 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
251 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.179495  normal  0.922727 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.84 
 
 
256 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29820  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  34.11 
 
 
261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2921  dehydrogenase  35.2 
 
 
261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.932836 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  35.91 
 
 
253 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2043  short chain dehydrogenase  35.88 
 
 
257 aa  140  3e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2060  short chain dehydrogenase  35.88 
 
 
257 aa  140  3e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.256692  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.71 
 
 
257 aa  140  3e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.19857  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2106  short chain dehydrogenase  35.88 
 
 
257 aa  140  3e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.077628 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.94 
 
 
261 aa  140  3e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.806821  normal  0.214566 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.52 
 
 
246 aa  139  3.9999999999999997e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  35.97 
 
 
251 aa  139  3.9999999999999997e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  34.75 
 
 
253 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>