More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6212 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_6212  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 319 aa  653    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5941  LysR family transcriptional regulator  78.6 
 
 		 308 aa  483  1e-135  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.122613 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6183  LysR family transcriptional regulator  76.3 
 
 		 311 aa  483  1e-135  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.543426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5035  transcriptional regulator, LysR family  75.33 
 
 		 310 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.776496  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4915  transcriptional regulator, LysR family  70.65 
 
 		 315 aa  449  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5026  transcriptional regulator, LysR family  72.82 
 
 		 327 aa  448  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4024  transcriptional regulator, LysR family  67.53 
 
 		 308 aa  431  1e-119  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.715762  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7723  LysR family transcriptional regulator  65.02 
 
 		 304 aa  403  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.262185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3833  LysR family transcriptional regulator  61.04 
 
 		 308 aa  392  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1535  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  221  9.999999999999999e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.418397  hitchhiker  0.00238453 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3434  LysR family transcriptional regulator  41.31 
 
 		 333 aa  221  9.999999999999999e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0866  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 299 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3196  nodulation protein d1  39.73 
 
 		 312 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4833  LysR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 308 aa  211  2e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939705 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0163  LysR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 303 aa  202  4e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1227  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 302 aa  201  9.999999999999999e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.268765  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6227  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.67 
 
 		 334 aa  199  7e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0896126  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1932  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 302 aa  198  7.999999999999999e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.795465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0846  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 303 aa  198  9e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3148  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 309 aa  190  2.9999999999999997e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0853  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 302 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255595  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3057  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 303 aa  168  9e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.061728 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5485  transcriptional regulator LysR family  32.89 
 
 		 318 aa  158  1e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.781611  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  34.23 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 305 aa  136  5e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 345 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 320 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 300 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 320 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 300 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4276  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 309 aa  130  3e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.580603 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 305 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2387  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 303 aa  129  9.000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1762  transcriptional regulator, LysR family  32.7 
 
 		 321 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3550  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 325 aa  127  4.0000000000000003e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 304 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0693  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 300 aa  124  1e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 304 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1942  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 320 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000680141 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  31.02 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 342 aa  124  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0902  transcriptional regulator, LysR family  30.9 
 
 		 321 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  30.41 
 
 		 304 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4339  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.08 
 
 		 330 aa  124  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 301 aa  124  3e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  30.53 
 
 		 314 aa  123  5e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3538  transcriptional regulator, LysR family  29.63 
 
 		 337 aa  122  6e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 315 aa  122  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 304 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1036  transcriptional regulator, LysR family  30.16 
 
 		 320 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 304 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3889  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.246193  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 309 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 331 aa  120  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 307 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  29.25 
 
 		 302 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 314 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  32.77 
 
 		 319 aa  119  6e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1962  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 307 aa  119  6e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 314 aa  119  6e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  32.77 
 
 		 316 aa  119  7e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  28.25 
 
 		 316 aa  119  7e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 307 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 297 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  30.91 
 
 		 314 aa  119  9e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 308 aa  119  9e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 299 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 307 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2243  transcription regulator protein  31.8 
 
 		 326 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.145641  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 307 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 305 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 307 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  29.53 
 
 		 309 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 306 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 307 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 319 aa  118  9.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 307 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1485  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.397513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 322 aa  117  1.9999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001651  transcriptional regulator LysR family  28.01 
 
 		 319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.34 
 
 		 309 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 314 aa  117  3e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2746  transcriptional regulator MexT  30.72 
 
 		 304 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.1 
 
 		 300 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 309 aa  116  3.9999999999999997e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00823  leucine transcriptional activator  28.52 
 
 		 319 aa  116  5e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 301 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3118  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 310 aa  116  5e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 301 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  32.43 
 
 		 319 aa  116  6e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 306 aa  116  6e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32410  transcriptional regulator MexT  30.72 
 
 		 304 aa  116  6e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.282605  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>