More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_34340 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_34340  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  100 
 
 		 562 aa  1125    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.144528  normal  0.124622 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2659  extracellular solute-binding protein  48.64 
 
 		 535 aa  457  1e-127  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.696058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0295  extracellular solute-binding protein family 5  46.55 
 
 		 558 aa  452  1.0000000000000001e-126  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0939  extracellular solute-binding protein family 5  50.79 
 
 		 532 aa  454  1.0000000000000001e-126  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0467048 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34390  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  44.82 
 
 		 542 aa  385  1e-105  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.256824  normal  0.563037 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3755  extracellular solute-binding protein  40.11 
 
 		 557 aa  328  2.0000000000000001e-88  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0469  extracellular solute-binding protein family 5  39.74 
 
 		 554 aa  327  3e-88  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.232879  normal  0.208856 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3088  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein, putative  36.89 
 
 		 542 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.118464  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2958  extracellular solute-binding protein  36.38 
 
 		 543 aa  300  4e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18670  extracellular solute-binding protein  35.75 
 
 		 587 aa  296  5e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4174  extracellular solute-binding protein family 5  35.63 
 
 		 545 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3223  ABC transporter, periplasmic binding protein  35.96 
 
 		 539 aa  286  5e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.680403  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4456  extracellular solute-binding protein family 5  35.89 
 
 		 545 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0031  extracellular solute-binding protein family 5  35.3 
 
 		 547 aa  281  3e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.255435  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0033  extracellular solute-binding protein family 5  35.88 
 
 		 547 aa  280  6e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7175  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  34.79 
 
 		 543 aa  278  1e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4854  putative ABC transporter (substrate binding protein)  35.3 
 
 		 554 aa  278  2e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441686 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2767  extracellular solute-binding protein  35.58 
 
 		 555 aa  270  4e-71  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.26917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1057  extracellular solute-binding protein  35.08 
 
 		 557 aa  266  7e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.553694 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3603  extracellular solute-binding protein family 5  35.26 
 
 		 542 aa  266  8.999999999999999e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3157  extracellular solute-binding protein  35.09 
 
 		 541 aa  264  3e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.821676 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3479  extracellular solute-binding protein family 5  34.18 
 
 		 541 aa  262  1e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2311  extracellular solute-binding protein family 5  33.65 
 
 		 562 aa  251  2e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.34367  normal  0.0804809 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4820  extracellular solute-binding protein  35.16 
 
 		 556 aa  248  2e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.161411 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05550  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  36.01 
 
 		 550 aa  244  3e-63  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.163393  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0428  extracellular solute-binding protein family 5  31.75 
 
 		 537 aa  243  5e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.970035  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0507  extracellular solute-binding protein family 5  32.05 
 
 		 537 aa  238  2e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1797  extracellular solute-binding protein family 5  33.9 
 
 		 551 aa  234  2.0000000000000002e-60  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.645119  normal  0.0256709 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2749  extracellular solute-binding protein family 5  33.7 
 
 		 550 aa  229  7e-59  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.954537  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3479  extracellular solute-binding protein  31.83 
 
 		 546 aa  229  1e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.116614  normal  0.0951056 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4832  putative ABC transporter (substrate binding protein)  30.66 
 
 		 551 aa  225  2e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.264059  normal  0.92248 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2115  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 511 aa  223  4.9999999999999996e-57  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.435863  normal  0.188347 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5184  ABC-type transporter, substrate binding protein  31.48 
 
 		 550 aa  214  3.9999999999999995e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.532866  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4320  extracellular solute-binding protein family 5  30.86 
 
 		 554 aa  213  1e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1779  extracellular solute-binding protein family 5  32.11 
 
 		 547 aa  211  4e-53  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000779401 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12220  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  31.58 
 
 		 550 aa  209  1e-52  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3498  extracellular solute-binding protein family 5  32.09 
 
 		 560 aa  204  3e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.716688 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2530  putative ABC transporter  29.27 
 
 		 553 aa  199  7.999999999999999e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.745103 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1599  extracellular solute-binding protein family 5  31.36 
 
 		 535 aa  198  2.0000000000000003e-49  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.525219 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2173  extracellular solute-binding protein family 5  31.13 
 
 		 544 aa  194  3e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2382  peptide ABC transporter  29.96 
 
 		 560 aa  181  2e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6171  4-phytase  30.49 
 
 		 546 aa  177  3e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.194184 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1266  extracellular solute-binding protein  30.49 
 
 		 546 aa  177  4e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.335203  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6565  extracellular solute-binding protein  30.49 
 
 		 546 aa  177  4e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0953437  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0241  extracellular solute-binding protein family 5  30.9 
 
 		 551 aa  167  6.9999999999999995e-40  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.161576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  26.92 
 
 		 524 aa  148  3e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  25.29 
 
 		 534 aa  147  6e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6076  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  29.74 
 
 		 524 aa  137  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.814144  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0804  nickel ABC transporter, nickel-binding protein, putative  27.74 
 
 		 526 aa  136  8e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0754  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  27.74 
 
 		 526 aa  136  8e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2418  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.53 
 
 		 396 aa  136  9.999999999999999e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.274162  normal  0.302095 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3845  extracellular solute-binding protein  25.71 
 
 		 564 aa  134  3.9999999999999996e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.267838  normal  0.0712114 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3988  extracellular solute-binding protein  27.87 
 
 		 540 aa  133  6.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3255  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  27.76 
 
 		 540 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.433609  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  29.41 
 
 		 529 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  25.29 
 
 		 535 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3275  hypothetical protein  27.74 
 
 		 540 aa  130  7.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.349389  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3852  extracellular solute-binding protein  30.47 
 
 		 521 aa  129  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0773863  normal  0.697886 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5711  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  30.5 
 
 		 529 aa  129  2.0000000000000002e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.146794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  23.97 
 
 		 541 aa  129  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18790  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.13 
 
 		 540 aa  129  2.0000000000000002e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00232176  normal  0.206883 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  25.98 
 
 		 559 aa  127  8.000000000000001e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2033  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  26.16 
 
 		 530 aa  125  2e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0273  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  28.95 
 
 		 525 aa  125  3e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  27.46 
 
 		 540 aa  124  4e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  27.35 
 
 		 546 aa  123  7e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4615  4-phytase  30.1 
 
 		 502 aa  123  8e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1135  4-phytase  24.08 
 
 		 520 aa  122  9.999999999999999e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00134056  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24440  extracellular solute-binding protein  30.45 
 
 		 601 aa  122  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  25.53 
 
 		 510 aa  122  1.9999999999999998e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2197  extracellular solute-binding protein family 5  25.83 
 
 		 556 aa  122  1.9999999999999998e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7613  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  27.19 
 
 		 526 aa  121  3e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0266  extracellular solute-binding protein family 5  27.32 
 
 		 575 aa  121  3e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5083  4-phytase  26.63 
 
 		 495 aa  121  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.116329 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2678  extracellular solute-binding protein  26.72 
 
 		 500 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00233729  normal  0.64261 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2543  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  27.68 
 
 		 532 aa  120  4.9999999999999996e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0657942  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0255  extracellular solute-binding protein  29.75 
 
 		 554 aa  120  4.9999999999999996e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.192685  hitchhiker  0.00254463 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2494  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  27.68 
 
 		 532 aa  120  4.9999999999999996e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0259695  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7212  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  25.9 
 
 		 531 aa  120  6e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3005  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  26.14 
 
 		 488 aa  120  7e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.441724 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  28.73 
 
 		 529 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5116  extracellular solute-binding protein family 5  30 
 
 		 532 aa  118  3e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.682235 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  30.93 
 
 		 505 aa  118  3.9999999999999997e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5088  extracellular solute-binding protein family 5  25.88 
 
 		 553 aa  117  5e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.416607 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  25.52 
 
 		 565 aa  117  5e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2226  extracellular solute-binding protein family 5  26.52 
 
 		 507 aa  117  6.9999999999999995e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0969064 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  29.35 
 
 		 529 aa  116  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  25.19 
 
 		 544 aa  116  8.999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0689  extracellular solute-binding protein family 5  25.3 
 
 		 544 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0219  extracellular solute-binding protein  27.66 
 
 		 575 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2438  extracellular solute-binding protein  26.42 
 
 		 526 aa  115  2.0000000000000002e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01730  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.07 
 
 		 560 aa  115  2.0000000000000002e-24  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19540  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.69 
 
 		 567 aa  115  2.0000000000000002e-24  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.394832  normal  0.058637 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  28.11 
 
 		 519 aa  115  2.0000000000000002e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  26.23 
 
 		 528 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0753  extracellular solute-binding protein  27.47 
 
 		 490 aa  115  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.139724  normal  0.17962 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2998  extracellular solute-binding protein family 5  26.97 
 
 		 610 aa  114  3e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.869563  normal  0.0845343 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  28.69 
 
 		 530 aa  115  3e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0942  extracellular solute-binding protein  26.9 
 
 		 621 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0611  extracellular solute-binding protein family 5  29.05 
 
 		 527 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>