More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2418 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_2418  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
396 aa  781    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.274162  normal  0.302095 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18680  ABC transporter, inner membrane permease component  42.65 
 
 
318 aa  177  4e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.158207  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3089  nickel ABC transporter, permease protein  41.91 
 
 
316 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.175953  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3755  extracellular solute-binding protein  55.84 
 
 
557 aa  159  7e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0296  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.69 
 
 
315 aa  154  2e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.22 
 
 
319 aa  152  1e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2959  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.07 
 
 
316 aa  152  1e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34320  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  34.64 
 
 
316 aa  148  2.0000000000000003e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0646934 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0940  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.21 
 
 
338 aa  148  2.0000000000000003e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0444198 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18670  extracellular solute-binding protein  51.88 
 
 
587 aa  147  3e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34340  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  49.12 
 
 
562 aa  144  2e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.144528  normal  0.124622 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.57 
 
 
319 aa  144  4e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2958  extracellular solute-binding protein  46.63 
 
 
543 aa  136  7.000000000000001e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0295  extracellular solute-binding protein family 5  47.53 
 
 
558 aa  134  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3088  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein, putative  47.8 
 
 
542 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.118464  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4175  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.94 
 
 
314 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3223  ABC transporter, periplasmic binding protein  52.85 
 
 
539 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.680403  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2659  extracellular solute-binding protein  46.27 
 
 
535 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.696058  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3222  ABC transporter, permease protein  52.86 
 
 
316 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4457  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.45 
 
 
314 aa  124  3e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0939  extracellular solute-binding protein family 5  50.75 
 
 
532 aa  123  5e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0467048 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0470  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.59 
 
 
321 aa  120  3e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.166437  normal  0.409342 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34390  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  46.71 
 
 
542 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.256824  normal  0.563037 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4833  putative ABC transporter (permease protein)  33.08 
 
 
333 aa  119  9e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.428785 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.63 
 
 
326 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.443976  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0030  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.02 
 
 
311 aa  117  3e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0364256  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3654  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.64 
 
 
304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276261  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.41 
 
 
310 aa  115  2.0000000000000002e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.122408 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3506  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.47 
 
 
305 aa  113  6e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.507532  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3120  IM pore protein  30.87 
 
 
327 aa  113  6e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0682288  normal  0.0671441 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.59 
 
 
312 aa  113  7.000000000000001e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2856  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  25.94 
 
 
326 aa  111  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.247357 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.57 
 
 
313 aa  110  3e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3629  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.57 
 
 
305 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2083  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.97 
 
 
327 aa  110  6e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.97 
 
 
327 aa  110  6e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.303852  normal  0.27124 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1267  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
336 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
336 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5183  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  33.47 
 
 
336 aa  108  1e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0469  extracellular solute-binding protein family 5  39.22 
 
 
554 aa  108  1e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.232879  normal  0.208856 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3156  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.5 
 
 
314 aa  108  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6170  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.93 
 
 
336 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.353707  normal  0.0409254 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4853  putative ABC transporter (permease protein)  33.97 
 
 
314 aa  107  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.370011 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1302  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.7 
 
 
326 aa  107  3e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.844486 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05560  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  33.55 
 
 
337 aa  107  4e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0332044  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0686  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.78 
 
 
327 aa  107  4e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0558864 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3276  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.39 
 
 
306 aa  107  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.819891  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0664  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.78 
 
 
327 aa  107  5e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.395027  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4828  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.58 
 
 
328 aa  106  6e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00770957  normal  0.0433123 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.4 
 
 
317 aa  106  6e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000398499 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3257  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  33.99 
 
 
306 aa  106  7e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5290  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  27.73 
 
 
307 aa  106  8e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.728282  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4733  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.23 
 
 
305 aa  106  8e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.587247  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.2 
 
 
306 aa  106  8e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2767  extracellular solute-binding protein  45.64 
 
 
555 aa  106  9e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3823  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.91 
 
 
305 aa  105  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.99301  normal  0.480947 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4475  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.27 
 
 
326 aa  104  3e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.195389 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.64 
 
 
306 aa  103  4e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14841  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.78 
 
 
305 aa  103  5e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.64 
 
 
306 aa  103  6e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7193  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  30.74 
 
 
326 aa  103  6e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0791708  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.8 
 
 
306 aa  102  8e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4854  putative ABC transporter (substrate binding protein)  42.33 
 
 
554 aa  102  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.441686 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.92 
 
 
309 aa  101  2e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.75 
 
 
326 aa  102  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.04 
 
 
307 aa  101  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.30112  hitchhiker  0.0000547502 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1752  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.86 
 
 
306 aa  100  3e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0655426  normal  0.0792402 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1241  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.95 
 
 
321 aa  100  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2798  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.46 
 
 
341 aa  100  5e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0673833  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3896  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.88 
 
 
324 aa  100  5e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00239771  normal  0.0141944 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2276  nickel transporter permease NikB  28.57 
 
 
314 aa  100  6e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.293593  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.3 
 
 
329 aa  100  6e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0558965  normal  0.0907281 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.15 
 
 
326 aa  99.8  7e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.19101  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4392  oligopeptide ABC transporter permease  28.8 
 
 
306 aa  99.4  9e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4233  oligopeptide transport, system permease  28.8 
 
 
306 aa  99.4  9e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4245  oligopeptide ABC transporter, permease  28.8 
 
 
306 aa  99.4  9e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4732  oligopeptide ABC transporter permease protein  28.8 
 
 
306 aa  99.4  9e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0031  extracellular solute-binding protein family 5  41.89 
 
 
547 aa  99.4  1e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.255435  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.57 
 
 
313 aa  99  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.75 
 
 
306 aa  99.4  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.333133  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7174  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  36.26 
 
 
314 aa  99  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.281542  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1440  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.01 
 
 
317 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.721893  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0644  oligopeptide ABC transporter, permease protein  27.03 
 
 
314 aa  98.2  2e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1278  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.37 
 
 
317 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0415626  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4849  ABC transporter, permease  31.62 
 
 
310 aa  98.2  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.315179  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16520  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  32.17 
 
 
321 aa  98.6  2e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.488375  normal  0.713064 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1057  extracellular solute-binding protein  43.12 
 
 
557 aa  98.6  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.553694 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.96 
 
 
313 aa  98.2  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.932563 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3550  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.57 
 
 
327 aa  98.2  2e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.74241  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2003  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.39 
 
 
315 aa  98.2  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.872908 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5087  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.98 
 
 
310 aa  98.6  2e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.221009 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4610  oligopeptide ABC transporter, permease protein  28.8 
 
 
306 aa  98.6  2e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0803  nickel transporter permease NikB  28.79 
 
 
314 aa  97.8  3e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.226349  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.35 
 
 
316 aa  97.4  3e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.143195 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0753  nickel transporter permease NikB  28.79 
 
 
314 aa  97.4  3e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7614  nickel transporter permease NikB  28.12 
 
 
314 aa  97.8  3e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3392  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.86 
 
 
322 aa  97.8  3e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.86 
 
 
322 aa  97.8  3e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0476049  normal  0.20897 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2854  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.06 
 
 
308 aa  97.8  3e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.87491 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.86 
 
 
322 aa  97.8  3e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.414511 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>