More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1760 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 		 327 aa  634    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.303852  normal  0.27124 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2083  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  99.39 
 
 		 327 aa  632  1e-180  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1882  peptide ABC transporter transmembrane protein  93.58 
 
 		 328 aa  584  1e-166  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0184491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.7 
 
 		 324 aa  524  1e-148  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2810  peptide ABC transporter, permease protein  73.37 
 
 		 324 aa  456  1e-127  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0199712  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2538  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  73.07 
 
 		 324 aa  455  1e-127  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000540331  normal  0.865615 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4693  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.67 
 
 		 324 aa  436  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3005  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  62.54 
 
 		 325 aa  412  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2869  transmembrane dipeptide transport system permease ABC transporter protein  62.54 
 
 		 325 aa  409  1e-113  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0598671  normal  0.76334 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1444  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.25 
 
 		 323 aa  395  1e-109  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3157  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.5 
 
 		 325 aa  394  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0019  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.07 
 
 		 325 aa  390  1e-107  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0019  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.13 
 
 		 325 aa  386  1e-106  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6293  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.07 
 
 		 323 aa  381  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.740453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2531  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.51 
 
 		 325 aa  380  1e-104  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00320592 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2616  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.99 
 
 		 324 aa  372  1e-102  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.2 
 
 		 315 aa  370  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3896  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.93 
 
 		 324 aa  341  1e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00239771  normal  0.0141944 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1241  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  54.6 
 
 		 323 aa  308  6.999999999999999e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5415  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.94 
 
 		 324 aa  298  7e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.717601 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5038  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.3 
 
 		 325 aa  297  2e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.642958  normal  0.861569 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3142  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.57 
 
 		 326 aa  292  5e-78  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.115178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7193  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  45.45 
 
 		 326 aa  286  2.9999999999999996e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0791708  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4475  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.57 
 
 		 326 aa  285  7e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.195389 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3120  IM pore protein  45.45 
 
 		 327 aa  280  2e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0682288  normal  0.0671441 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2565  peptide ABC transporter, permease protein  41.38 
 
 		 342 aa  280  3e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.304242  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1241  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.08 
 
 		 321 aa  279  5e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.9 
 
 		 328 aa  279  6e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00494  ABC transporter permease component  40.44 
 
 		 325 aa  278  8e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0274  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  43.03 
 
 		 391 aa  277  2e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1685  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.25 
 
 		 326 aa  277  2e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.49 
 
 		 326 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.443976  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0096  binding-protein-dependent transport system,inner membrane component  39.62 
 
 		 325 aa  271  1e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1793  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.81 
 
 		 325 aa  269  4e-71  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0779097  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1360  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.03 
 
 		 324 aa  269  5.9999999999999995e-71  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000247365  normal  0.354995 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001973  peptide ABC transporter permease component  40.46 
 
 		 310 aa  268  1e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0686  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.64 
 
 		 327 aa  266  2.9999999999999995e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0558864 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0664  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.64 
 
 		 327 aa  266  4e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.395027  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0563  peptide ABC transporter, protein inner membrane binding component  40.13 
 
 		 325 aa  265  8e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2800  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.54 
 
 		 325 aa  264  2e-69  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.683893 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2856  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  40.18 
 
 		 326 aa  263  3e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.247357 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3550  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.02 
 
 		 327 aa  260  3e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.74241  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.29 
 
 		 326 aa  259  4e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.19101  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1302  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.06 
 
 		 326 aa  257  2e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.844486 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1828  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.99 
 
 		 325 aa  256  3e-67  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2824  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.66 
 
 		 338 aa  254  1.0000000000000001e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.365334  normal  0.156098 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.94 
 
 		 326 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2112  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.28 
 
 		 326 aa  252  8.000000000000001e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.508516  normal  0.0813716 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1872  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.48 
 
 		 349 aa  251  1e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00059192  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.62 
 
 		 324 aa  249  6e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0421  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.61 
 
 		 321 aa  247  2e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.751263  normal  0.0835793 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  40.54 
 
 		 336 aa  245  6e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.64 
 
 		 336 aa  245  9e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.64 
 
 		 336 aa  245  9e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  39.94 
 
 		 336 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3063  alkaline phosphatase  39.64 
 
 		 336 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.273839 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  39.34 
 
 		 336 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.34 
 
 		 336 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  40.54 
 
 		 336 aa  243  3e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  39.53 
 
 		 336 aa  242  6e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0183  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  39.53 
 
 		 336 aa  241  1e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  39.82 
 
 		 337 aa  241  2e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0450  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.65 
 
 		 349 aa  239  4e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  36.42 
 
 		 336 aa  238  8e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3906  dipeptide transporter permease DppB  38.76 
 
 		 339 aa  238  1e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2357  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.04 
 
 		 336 aa  237  2e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0452163  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5117  ABC transporter permease  42.04 
 
 		 336 aa  238  2e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4097  dipeptide transporter permease DppB  38.76 
 
 		 339 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.710265  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58440  ABC transporter permease  41.54 
 
 		 336 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.514083  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.38 
 
 		 335 aa  234  1.0000000000000001e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.29 
 
 		 334 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  38.35 
 
 		 339 aa  232  7.000000000000001e-60  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3377  dipeptide ABC transporter, permease protein  39.76 
 
 		 338 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2120  dipeptide ABC transporter, permease protein  39.76 
 
 		 338 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.192679  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0257  dipeptide ABC transporter, permease protein DppB  40.3 
 
 		 336 aa  230  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0183254  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0438  dipeptide ABC transporter, permease protein  40.3 
 
 		 336 aa  230  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.287178  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0244  dipeptide ABC transporter, permease protein DppB  40.3 
 
 		 336 aa  230  3e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3302  dipeptide ABC transporter, permease protein  39.46 
 
 		 338 aa  229  4e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2970  dipeptide ABC transporter, permease protein  39.46 
 
 		 338 aa  229  4e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5793  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.94 
 
 		 322 aa  228  7e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.000255832  decreased coverage  0.000142665 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0881  alkaline phosphatase  40.9 
 
 		 336 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0920  alkaline phosphatase  40.9 
 
 		 336 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.745476  normal  0.672413 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4297  alkaline phosphatase  40.6 
 
 		 336 aa  226  3e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.259448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0924  alkaline phosphatase  40.6 
 
 		 336 aa  227  3e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0812  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.4 
 
 		 336 aa  226  4e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.153061  normal  0.318777 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0139  dipeptide transporter permease DppB  36.9 
 
 		 351 aa  225  7e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0391  Nickel-transporting ATPase  40.73 
 
 		 334 aa  225  7e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.941274  normal  0.201292 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0045  dipeptide transporter permease DppB  36.61 
 
 		 339 aa  225  1e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0050  dipeptide transporter permease DppB  36.61 
 
 		 339 aa  224  1e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.969756  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.73 
 
 		 336 aa  224  1e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.532586  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0251  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.87 
 
 		 339 aa  223  2e-57  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.09 
 
 		 310 aa  223  3e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.122408 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3841  dipeptide transporter permease DppB  36.87 
 
 		 339 aa  223  4e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3827  dipeptide transporter permease DppB  36.87 
 
 		 339 aa  223  4e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3949  dipeptide transporter permease DppB  36.87 
 
 		 339 aa  223  4e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.788898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4009  dipeptide transporter permease DppB  36.87 
 
 		 339 aa  223  4e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0066  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.34 
 
 		 334 aa  222  4.9999999999999996e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3905  dipeptide transporter permease DppB  36.87 
 
 		 339 aa  223  4.9999999999999996e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.12 
 
 		 313 aa  222  9e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4239  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.81 
 
 		 336 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0349667  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>