More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5183 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5183  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  100 
 
 
336 aa  659    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4833  putative ABC transporter (permease protein)  79.94 
 
 
333 aa  519  1e-146  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.428785 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70 
 
 
323 aa  377  1e-103  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.29 
 
 
317 aa  365  1e-100  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000398499 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4175  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.13 
 
 
314 aa  229  6e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4457  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.8 
 
 
314 aa  228  1e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0030  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.54 
 
 
311 aa  215  9.999999999999999e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0364256  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4853  putative ABC transporter (permease protein)  39.8 
 
 
314 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.370011 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7174  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  39.14 
 
 
314 aa  206  3e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.281542  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05560  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  37.72 
 
 
337 aa  204  2e-51  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0332044  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0940  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.04 
 
 
338 aa  201  9.999999999999999e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0444198 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3156  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.14 
 
 
314 aa  201  9.999999999999999e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34320  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  38.68 
 
 
316 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0646934 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0296  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.83 
 
 
315 aa  199  7e-50  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2748  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.19 
 
 
318 aa  194  2e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.589805  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.18 
 
 
313 aa  193  4e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0470  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.69 
 
 
321 aa  192  5e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.166437  normal  0.409342 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.25 
 
 
319 aa  191  1e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.77 
 
 
329 aa  189  7e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0558965  normal  0.0907281 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1056  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.87 
 
 
315 aa  187  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.586464 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3222  ABC transporter, permease protein  38.24 
 
 
316 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2517  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  35.26 
 
 
306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503163  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.9 
 
 
311 aa  173  2.9999999999999996e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.642024 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1001  glutathione ABC transporter permease  33.88 
 
 
306 aa  172  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0891  glutathione ABC transporter, permease protein  33.88 
 
 
306 aa  172  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.976092  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0982  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  35.26 
 
 
306 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00798  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  35.26 
 
 
306 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.472093  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.26 
 
 
306 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0856  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  35.26 
 
 
306 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00815  hypothetical protein  35.26 
 
 
306 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.558182  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0918  inner membrane ABC transporter permease protein YddR  33.88 
 
 
306 aa  172  7.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0902  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  35.26 
 
 
306 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.26 
 
 
306 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0889  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  35.26 
 
 
306 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.952014  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4828  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.18 
 
 
328 aa  171  1e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00770957  normal  0.0433123 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0951  glutathione ABC transporter permease  34.94 
 
 
306 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.258662  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0980  glutathione ABC transporter permease  34.94 
 
 
306 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.99 
 
 
306 aa  171  2e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0506  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.28 
 
 
319 aa  171  2e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.87 
 
 
306 aa  171  2e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18680  ABC transporter, inner membrane permease component  37.91 
 
 
318 aa  169  5e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.158207  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.29 
 
 
319 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4425  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.5 
 
 
306 aa  169  6e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.856308  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3089  nickel ABC transporter, permease protein  36.27 
 
 
316 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.175953  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3352  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.22 
 
 
306 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.17239  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4164  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.22 
 
 
306 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.191651  hitchhiker  0.00741174 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.29 
 
 
306 aa  165  8e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.740963 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1851  ABC transport permease  33.87 
 
 
306 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0976  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  33.87 
 
 
306 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00545821  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1357  putative glutathione ABC transporter, permease protein  33.87 
 
 
306 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.255381  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0323  ABC transporter permease protein  33.87 
 
 
306 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1766  putative glutathione ABC transporter, permease protein  33.87 
 
 
306 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0400  putative glutathione ABC transporter, permease protein  33.87 
 
 
306 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.668867  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0240  putative glutathione ABC transporter, permease protein  33.87 
 
 
306 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2959  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.6 
 
 
316 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1114  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  33.87 
 
 
327 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.97 
 
 
306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.79 
 
 
306 aa  164  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6122  normal  0.137292 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.65 
 
 
306 aa  163  4.0000000000000004e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1866  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  32.9 
 
 
306 aa  162  7e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.555152  normal  0.486498 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.41 
 
 
306 aa  162  7e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4053  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.47 
 
 
306 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.221048  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2276  nickel transporter permease NikB  32.68 
 
 
314 aa  161  2e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.293593  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.46 
 
 
319 aa  160  3e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.923467  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.76 
 
 
312 aa  160  3e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.3 
 
 
313 aa  159  6e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.18227  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7327  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  31.7 
 
 
306 aa  159  9e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.31 
 
 
317 aa  158  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.650589  normal  0.092891 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
313 aa  157  2e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.69 
 
 
313 aa  157  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.380096  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35 
 
 
309 aa  158  2e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4224  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.01 
 
 
306 aa  157  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.913097  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.59 
 
 
316 aa  157  3e-37  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.544656  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.01 
 
 
306 aa  156  4e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.628351  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.66 
 
 
310 aa  156  4e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.122408 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.59 
 
 
306 aa  156  4e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14841  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3257  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  33.33 
 
 
306 aa  155  6e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
306 aa  156  6e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4693  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
324 aa  155  7e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0823  oligopeptide ABC transporter, permease  29.94 
 
 
316 aa  155  8e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.164685  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0837  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  32.15 
 
 
306 aa  155  9e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.039737  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5290  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  31.56 
 
 
307 aa  155  9e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.728282  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.48 
 
 
307 aa  155  1e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.525141  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.78 
 
 
313 aa  154  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.15 
 
 
306 aa  155  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.428379  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1381  transmembrane ABC transporter protein  33.12 
 
 
307 aa  154  2e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.796345  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4849  ABC transporter, permease  32.8 
 
 
310 aa  154  2e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.315179  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1492  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
306 aa  154  2e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.7 
 
 
311 aa  154  2e-36  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.48 
 
 
307 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.237541  normal  0.589028 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0946  oligopeptide ABC transporter, permease protein  28.98 
 
 
316 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.170303  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4385  oligopeptide ABC transporter, permease protein  28.98 
 
 
316 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  1.02052e-22 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0644  oligopeptide ABC transporter, permease protein  30 
 
 
314 aa  153  4e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2789  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.6 
 
 
306 aa  153  4e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1251  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.97 
 
 
313 aa  153  5e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0714175 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1925  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.35 
 
 
306 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.730701  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0511  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.91 
 
 
314 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3276  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.01 
 
 
306 aa  152  7e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.819891  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1552  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.76 
 
 
306 aa  152  7e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3142  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.15 
 
 
326 aa  152  7e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.115178  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>