More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0427 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
319 aa  625  1e-178  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.923467  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0506  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  94.98 
 
 
319 aa  598  1e-170  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3604  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  83.12 
 
 
321 aa  481  1e-135  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3480  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  83.12 
 
 
321 aa  474  1e-133  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.67 
 
 
316 aa  274  1.0000000000000001e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.112233  normal  0.156031 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7203  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  47.51 
 
 
348 aa  264  2e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0566155  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1600  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  48.52 
 
 
313 aa  255  7e-67  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1267  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.6 
 
 
336 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.6 
 
 
336 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6170  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.6 
 
 
336 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.353707  normal  0.0409254 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2383  dipeptide ABC transporter  47.18 
 
 
323 aa  238  1e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.24 
 
 
332 aa  237  2e-61  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.191743 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.56 
 
 
316 aa  229  6e-59  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.544656  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0296  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.78 
 
 
315 aa  228  1e-58  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.49 
 
 
340 aa  225  7e-58  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.112325  normal  0.169867 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2766  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.58 
 
 
330 aa  222  6e-57  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0940  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.82 
 
 
338 aa  218  1e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0444198 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34320  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  40.76 
 
 
316 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0646934 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0470  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.19 
 
 
321 aa  213  3.9999999999999995e-54  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.166437  normal  0.409342 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2531  ABC transporter permease  38.03 
 
 
330 aa  211  1e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.839312 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.45 
 
 
345 aa  209  4e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.47 
 
 
356 aa  204  1e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.4442 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24430  Binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.36 
 
 
338 aa  196  3e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.276655  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.99 
 
 
319 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3222  ABC transporter, permease protein  39.48 
 
 
316 aa  193  4e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0030  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.41 
 
 
311 aa  192  5e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0364256  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4828  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.46 
 
 
328 aa  190  2.9999999999999997e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00770957  normal  0.0433123 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4175  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.62 
 
 
314 aa  190  4e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.74 
 
 
319 aa  189  4e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.07 
 
 
309 aa  189  5e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.46 
 
 
310 aa  188  8e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.122408 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4457  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.98 
 
 
314 aa  188  1e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.5 
 
 
311 aa  187  3e-46  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3089  nickel ABC transporter, permease protein  37.79 
 
 
316 aa  185  8e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.175953  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.09 
 
 
313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.21 
 
 
308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.27 
 
 
313 aa  183  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.932563 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3156  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.31 
 
 
314 aa  182  6e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5256  putative ABC transporter (permease protein)  32.47 
 
 
313 aa  182  7e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.173409  normal  0.132635 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3392  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.14 
 
 
322 aa  182  7e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.14 
 
 
322 aa  182  7e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.414511 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.14 
 
 
322 aa  182  7e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0476049  normal  0.20897 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.76 
 
 
313 aa  181  1e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0910692  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.81 
 
 
312 aa  182  1e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3906  dipeptide transporter permease DppB  33.83 
 
 
339 aa  181  1e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2959  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.63 
 
 
316 aa  181  2e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0050  dipeptide transporter permease DppB  33.53 
 
 
339 aa  180  2e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.969756  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.21 
 
 
311 aa  181  2e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.642024 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0045  dipeptide transporter permease DppB  33.53 
 
 
339 aa  181  2e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.41 
 
 
313 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.348462  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00798  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  33.55 
 
 
306 aa  179  4e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.472093  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.55 
 
 
306 aa  179  4e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0889  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  33.55 
 
 
306 aa  179  4e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.952014  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1001  glutathione ABC transporter permease  34.87 
 
 
306 aa  179  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0891  glutathione ABC transporter, permease protein  34.87 
 
 
306 aa  179  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.976092  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00815  hypothetical protein  33.55 
 
 
306 aa  179  4e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.558182  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0902  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  33.55 
 
 
306 aa  179  4e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1224  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.92 
 
 
313 aa  179  4e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4097  dipeptide transporter permease DppB  33.53 
 
 
339 aa  180  4e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.710265  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.55 
 
 
306 aa  179  4e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0856  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  33.55 
 
 
306 aa  179  4e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.54 
 
 
306 aa  179  4.999999999999999e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.333133  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0982  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  33.55 
 
 
306 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0581  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
318 aa  178  1e-43  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.448412  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0980  glutathione ABC transporter permease  34.44 
 
 
306 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.42 
 
 
313 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000789572  normal  0.0157107 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.49 
 
 
315 aa  178  1e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.24032  normal  0.535319 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0951  glutathione ABC transporter permease  34.44 
 
 
306 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.258662  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4538  peptide ABC transporter, permease protein  36.81 
 
 
315 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.47 
 
 
313 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0918  inner membrane ABC transporter permease protein YddR  34.54 
 
 
306 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1836  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.1 
 
 
313 aa  177  2e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.589529  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2517  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  33.22 
 
 
306 aa  176  3e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503163  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0139  dipeptide transporter permease DppB  33.83 
 
 
351 aa  176  3e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.08 
 
 
322 aa  176  5e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.3137  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.44 
 
 
334 aa  176  5e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33 
 
 
306 aa  176  5e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2003  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.58 
 
 
315 aa  175  9e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.872908 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2357  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.33 
 
 
336 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0452163  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3774  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.14 
 
 
320 aa  175  9.999999999999999e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.542684  normal  0.67395 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.44 
 
 
313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000799384  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7174  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  37.18 
 
 
314 aa  174  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.281542  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05560  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  40.13 
 
 
337 aa  174  1.9999999999999998e-42  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0332044  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.44 
 
 
306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14841  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.81 
 
 
336 aa  174  1.9999999999999998e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.144815  normal  0.108193 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18680  ABC transporter, inner membrane permease component  38.08 
 
 
318 aa  173  2.9999999999999996e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.158207  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3257  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  35.74 
 
 
306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.44 
 
 
321 aa  174  2.9999999999999996e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1552  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.44 
 
 
306 aa  174  2.9999999999999996e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12210  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  38.49 
 
 
330 aa  173  3.9999999999999995e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  32.14 
 
 
339 aa  173  5e-42  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.55 
 
 
313 aa  172  5e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.380096  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4833  putative ABC transporter (permease protein)  35.85 
 
 
333 aa  172  5e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.428785 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0089  dipeptide transporter permease DppB  32.13 
 
 
339 aa  172  5.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.297234  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4074  dipeptide transporter permease DppB  32.13 
 
 
339 aa  172  5.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03394  dipeptide transporter  32.13 
 
 
339 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3742  dipeptide transporter permease DppB  32.13 
 
 
339 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3862  dipeptide transporter permease DppB  32.13 
 
 
339 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0172  dipeptide transporter permease DppB  32.13 
 
 
339 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03345  hypothetical protein  32.13 
 
 
339 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>