More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2116 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_2116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
340 aa  649    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.112325  normal  0.169867 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7203  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  47.54 
 
 
348 aa  262  6.999999999999999e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0566155  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1267  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.99 
 
 
336 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.99 
 
 
336 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6170  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.99 
 
 
336 aa  261  2e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.353707  normal  0.0409254 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0506  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.82 
 
 
319 aa  259  4e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1600  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  50.17 
 
 
313 aa  258  1e-67  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2766  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.92 
 
 
330 aa  254  2.0000000000000002e-66  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.12 
 
 
316 aa  251  2e-65  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.112233  normal  0.156031 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3480  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.33 
 
 
321 aa  250  3e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.49 
 
 
319 aa  248  9e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.923467  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3604  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.83 
 
 
321 aa  248  1e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.49 
 
 
316 aa  241  1e-62  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.544656  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2383  dipeptide ABC transporter  50.84 
 
 
323 aa  238  1e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.53 
 
 
356 aa  220  1.9999999999999999e-56  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.4442 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34320  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  43.93 
 
 
316 aa  218  1e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0646934 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.44 
 
 
332 aa  216  2.9999999999999998e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.191743 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0940  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.6 
 
 
338 aa  214  9.999999999999999e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0444198 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.44 
 
 
345 aa  207  2e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0470  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.94 
 
 
321 aa  207  2e-52  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.166437  normal  0.409342 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2531  ABC transporter permease  37.62 
 
 
330 aa  205  8e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.839312 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0296  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.96 
 
 
315 aa  199  7e-50  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.33 
 
 
309 aa  196  6e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4828  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.23 
 
 
328 aa  194  2e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00770957  normal  0.0433123 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5082  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.62 
 
 
314 aa  191  2e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0845824 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.35 
 
 
313 aa  191  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000789572  normal  0.0157107 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12210  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  45.51 
 
 
330 aa  189  5.999999999999999e-47  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.03 
 
 
313 aa  188  1e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.348462  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24430  Binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.51 
 
 
338 aa  187  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.276655  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.06 
 
 
312 aa  187  3e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.39 
 
 
313 aa  186  6e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000799384  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.84 
 
 
308 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3222  ABC transporter, permease protein  41.23 
 
 
316 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3089  nickel ABC transporter, permease protein  39.41 
 
 
316 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.175953  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2959  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.09 
 
 
316 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7271  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  34.97 
 
 
326 aa  182  8.000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3156  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.66 
 
 
314 aa  181  1e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.46 
 
 
319 aa  180  2.9999999999999997e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4291  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.94 
 
 
338 aa  180  2.9999999999999997e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4457  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.67 
 
 
314 aa  180  4e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4175  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.67 
 
 
314 aa  179  5.999999999999999e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.03 
 
 
318 aa  179  9e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.823001  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4475  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.67 
 
 
326 aa  178  1e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.195389 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.35 
 
 
316 aa  178  1e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.26 
 
 
313 aa  178  1e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0779  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.01 
 
 
313 aa  177  2e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.41 
 
 
313 aa  177  3e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0910692  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  35.35 
 
 
313 aa  177  3e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3251  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  37.74 
 
 
312 aa  176  4e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.177339  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1620  peptide ABC transporter, permease protein  32.2 
 
 
321 aa  176  5e-43  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.911317 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.42 
 
 
312 aa  175  9e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.794004  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1613  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.76 
 
 
339 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0918  inner membrane ABC transporter permease protein YddR  35.16 
 
 
306 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.71 
 
 
306 aa  175  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14841  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2685  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.87 
 
 
315 aa  175  9.999999999999999e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0000049983  normal  0.670386 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0980  glutathione ABC transporter permease  35.16 
 
 
306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0951  glutathione ABC transporter permease  35.16 
 
 
306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.258662  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.38 
 
 
321 aa  174  1.9999999999999998e-42  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5642  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  38.71 
 
 
316 aa  174  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0251003  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.26 
 
 
311 aa  174  2.9999999999999996e-42  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1766  peptide ABC transporter, permease protein  32.82 
 
 
321 aa  173  2.9999999999999996e-42  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.147265  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4215  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.22 
 
 
315 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.39 
 
 
313 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1092  peptide ABC transporter, permease protein, putative  34.94 
 
 
314 aa  172  5e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.9 
 
 
313 aa  172  5e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.18227  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2958  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.35 
 
 
315 aa  172  5e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.97 
 
 
321 aa  173  5e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
326 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.109225  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.58 
 
 
321 aa  172  6.999999999999999e-42  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4233  oligopeptide transport, system permease  34.4 
 
 
306 aa  172  7.999999999999999e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4245  oligopeptide ABC transporter, permease  34.4 
 
 
306 aa  172  7.999999999999999e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4284  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.74 
 
 
323 aa  172  7.999999999999999e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.181861  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
327 aa  172  7.999999999999999e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4610  oligopeptide ABC transporter, permease protein  34.4 
 
 
306 aa  172  7.999999999999999e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1381  transmembrane ABC transporter protein  35.29 
 
 
307 aa  171  1e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.796345  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4392  oligopeptide ABC transporter permease  34.52 
 
 
306 aa  171  1e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0891  glutathione ABC transporter, permease protein  34.84 
 
 
306 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.976092  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5088  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  35.35 
 
 
313 aa  171  1e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4732  oligopeptide ABC transporter permease protein  34.52 
 
 
306 aa  171  1e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2408  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.19 
 
 
316 aa  171  1e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.47 
 
 
316 aa  171  1e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.143195 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.67 
 
 
315 aa  171  1e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.24032  normal  0.535319 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1001  glutathione ABC transporter permease  34.84 
 
 
306 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.37 
 
 
313 aa  172  1e-41  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.42 
 
 
306 aa  171  2e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3257  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  35.41 
 
 
306 aa  171  2e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.18 
 
 
319 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4853  putative ABC transporter (permease protein)  39.34 
 
 
314 aa  171  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.370011 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.77 
 
 
306 aa  170  2e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.51 
 
 
306 aa  171  2e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.41 
 
 
306 aa  171  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.13 
 
 
340 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.13 
 
 
321 aa  170  3e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.793124  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4200  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.87 
 
 
315 aa  170  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2717  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.54 
 
 
307 aa  169  5e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00227736  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1224  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.71 
 
 
313 aa  169  5e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1931  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport systems, permease component  32.9 
 
 
305 aa  169  5e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0719  hypothetical protein  30.32 
 
 
316 aa  169  5e-41  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.870853 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.21 
 
 
313 aa  169  6e-41  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00533013  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.03 
 
 
313 aa  169  6e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>