More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2766 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_2766  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
330 aa  622  1e-177  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1600  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  56.58 
 
 
313 aa  295  8e-79  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.4 
 
 
316 aa  294  1e-78  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.112233  normal  0.156031 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2383  dipeptide ABC transporter  57.1 
 
 
323 aa  272  5.000000000000001e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6170  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.84 
 
 
336 aa  269  5e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.353707  normal  0.0409254 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1267  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.84 
 
 
336 aa  269  5e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.84 
 
 
336 aa  269  5e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7203  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  48.56 
 
 
348 aa  265  7e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0566155  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.45 
 
 
332 aa  263  2e-69  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.191743 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.92 
 
 
340 aa  248  1e-64  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.112325  normal  0.169867 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0506  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.28 
 
 
319 aa  245  9e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.58 
 
 
319 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.923467  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47 
 
 
316 aa  241  1e-62  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.544656  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3480  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.03 
 
 
321 aa  232  6e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0470  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.05 
 
 
321 aa  226  3e-58  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.166437  normal  0.409342 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2531  ABC transporter permease  41.88 
 
 
330 aa  225  8e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.839312 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3604  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.08 
 
 
321 aa  221  9.999999999999999e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.83 
 
 
345 aa  218  8.999999999999998e-56  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.7 
 
 
356 aa  216  5.9999999999999996e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.4442 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0296  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
315 aa  209  5e-53  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12210  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  41.64 
 
 
330 aa  206  3e-52  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.78 
 
 
319 aa  197  1.0000000000000001e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24430  Binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.27 
 
 
338 aa  196  3e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.276655  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3222  ABC transporter, permease protein  42.17 
 
 
316 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1251  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.29 
 
 
313 aa  196  6e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0714175 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.53 
 
 
319 aa  196  6e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0183  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.93 
 
 
329 aa  193  3e-48  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3846  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.56 
 
 
307 aa  193  4e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.089816 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0030  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.42 
 
 
311 aa  193  4e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0364256  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4175  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.42 
 
 
314 aa  191  1e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4457  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.23 
 
 
314 aa  191  2e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.44 
 
 
313 aa  191  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1187  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.06 
 
 
304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.127096  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4828  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.69 
 
 
328 aa  190  4e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00770957  normal  0.0433123 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.44 
 
 
317 aa  190  4e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.650589  normal  0.092891 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2185  ABC transporter, inner membrane subunit  43.79 
 
 
309 aa  189  5.999999999999999e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5256  putative ABC transporter (permease protein)  36.62 
 
 
313 aa  188  1e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.173409  normal  0.132635 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34320  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  38.82 
 
 
316 aa  187  2e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0646934 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.7 
 
 
316 aa  187  2e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.143195 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.47 
 
 
321 aa  186  3e-46  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.82 
 
 
312 aa  187  3e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.37 
 
 
308 aa  186  4e-46  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.98 
 
 
310 aa  186  4e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.122408 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0644  oligopeptide ABC transporter, permease protein  33.65 
 
 
314 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0940  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.9 
 
 
338 aa  183  3e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0444198 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.35 
 
 
311 aa  184  3e-45  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.51 
 
 
313 aa  183  3e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3142  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.67 
 
 
326 aa  183  3e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.115178  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1092  peptide ABC transporter, permease protein, putative  37.14 
 
 
314 aa  182  5.0000000000000004e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.53 
 
 
313 aa  182  6e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.39 
 
 
328 aa  182  8.000000000000001e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.09 
 
 
306 aa  181  1e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.71 
 
 
307 aa  181  1e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.237541  normal  0.589028 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.91 
 
 
319 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.540957  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4291  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.89 
 
 
338 aa  181  1e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.2 
 
 
306 aa  181  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.99 
 
 
313 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.71 
 
 
307 aa  181  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.525141  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.42 
 
 
306 aa  181  2e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.740963 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.13 
 
 
306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.333133  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.42 
 
 
306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0719  hypothetical protein  33.23 
 
 
316 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.870853 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.12 
 
 
334 aa  179  4e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.56 
 
 
315 aa  179  4e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.24032  normal  0.535319 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.79 
 
 
313 aa  179  4.999999999999999e-44  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00533013  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.53 
 
 
316 aa  179  4.999999999999999e-44  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.33 
 
 
313 aa  179  4.999999999999999e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.18227  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.94 
 
 
313 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.932563 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.45 
 
 
316 aa  179  5.999999999999999e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0891  glutathione ABC transporter, permease protein  34.09 
 
 
306 aa  179  8e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.976092  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4853  putative ABC transporter (permease protein)  39.56 
 
 
314 aa  179  8e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.370011 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0918  inner membrane ABC transporter permease protein YddR  34.09 
 
 
306 aa  179  8e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1001  glutathione ABC transporter permease  34.09 
 
 
306 aa  179  8e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0586  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.54 
 
 
321 aa  178  1e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0692911 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7271  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  35.58 
 
 
326 aa  178  1e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5166  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.62 
 
 
311 aa  178  1e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.627946 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0503  ABC transporter permease protein  33.76 
 
 
311 aa  178  1e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.77 
 
 
306 aa  178  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14841  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5077  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.8 
 
 
341 aa  178  1e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.568033 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.47 
 
 
321 aa  177  2e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.793124  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0980  glutathione ABC transporter permease  33.77 
 
 
306 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0951  glutathione ABC transporter permease  33.77 
 
 
306 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.258662  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.74 
 
 
306 aa  177  2e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4833  putative ABC transporter (permease protein)  36.67 
 
 
333 aa  177  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.428785 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2408  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.12 
 
 
316 aa  177  2e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  34.71 
 
 
313 aa  177  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1381  transmembrane ABC transporter protein  34.63 
 
 
307 aa  176  4e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.796345  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.44 
 
 
311 aa  176  4e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.166982  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0897  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.23 
 
 
309 aa  176  5e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2959  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.1 
 
 
316 aa  176  5e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3089  nickel ABC transporter, permease protein  38.78 
 
 
316 aa  176  6e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.175953  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1620  peptide ABC transporter, permease protein  33.23 
 
 
321 aa  176  6e-43  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.911317 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.23 
 
 
321 aa  176  6e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.86 
 
 
314 aa  176  6e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.64 
 
 
334 aa  175  8e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4475  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.83 
 
 
326 aa  175  9e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.195389 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1798  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.31 
 
 
306 aa  175  9e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.340847  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.42 
 
 
306 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.428379  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.65 
 
 
322 aa  174  9.999999999999999e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.414511 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.65 
 
 
322 aa  174  9.999999999999999e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0476049  normal  0.20897 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>