More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_12210 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_12210  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  100 
 
 
330 aa  627  1e-179  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.44 
 
 
356 aa  286  4e-76  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.4442 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.57 
 
 
316 aa  227  2e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.112233  normal  0.156031 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.27 
 
 
345 aa  223  3e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.37 
 
 
332 aa  218  1e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.191743 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1600  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  44.3 
 
 
313 aa  216  5e-55  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0470  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.25 
 
 
321 aa  208  1e-52  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.166437  normal  0.409342 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2766  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.64 
 
 
330 aa  203  3e-51  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.46 
 
 
316 aa  201  9.999999999999999e-51  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.544656  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24430  Binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.69 
 
 
338 aa  201  9.999999999999999e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.276655  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7203  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  39.17 
 
 
348 aa  200  3e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0566155  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2531  ABC transporter permease  38.51 
 
 
330 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.839312 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.35 
 
 
340 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2383  dipeptide ABC transporter  42.11 
 
 
323 aa  193  3e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.31 
 
 
340 aa  191  1e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0506  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.19 
 
 
319 aa  191  2e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3480  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.51 
 
 
321 aa  188  1e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1267  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.8 
 
 
336 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.8 
 
 
336 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6170  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.8 
 
 
336 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.353707  normal  0.0409254 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.49 
 
 
319 aa  186  6e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.923467  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4853  putative ABC transporter (permease protein)  39.68 
 
 
314 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.370011 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0030  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.31 
 
 
311 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0364256  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4175  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.91 
 
 
314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3132  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.36 
 
 
340 aa  183  3e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.51 
 
 
340 aa  183  4.0000000000000006e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.112325  normal  0.169867 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4457  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.91 
 
 
314 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0238  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.94 
 
 
311 aa  181  2e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.82352 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.13 
 
 
319 aa  178  9e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4291  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.8 
 
 
338 aa  178  9e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.67 
 
 
309 aa  178  1e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2266  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.16 
 
 
305 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0437136  normal  0.510815 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.02 
 
 
318 aa  177  2e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.823001  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2575  peptide ABC transporter, permease protein  35.83 
 
 
305 aa  176  6e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.71 
 
 
315 aa  175  9.999999999999999e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.24032  normal  0.535319 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3222  ABC transporter, permease protein  38.8 
 
 
316 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5234  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.17 
 
 
323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3026  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.8 
 
 
334 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04490  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  35.15 
 
 
318 aa  173  2.9999999999999996e-42  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.311717  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.19 
 
 
308 aa  173  3.9999999999999995e-42  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.42 
 
 
305 aa  172  5e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2717  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.54 
 
 
307 aa  172  5e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00227736  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0719  hypothetical protein  32.2 
 
 
316 aa  173  5e-42  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.870853 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4733  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.42 
 
 
305 aa  172  9e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.587247  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.14 
 
 
316 aa  172  9e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.143195 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.07 
 
 
313 aa  172  9e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2185  ABC transporter, inner membrane subunit  42.02 
 
 
309 aa  171  1e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0779  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.76 
 
 
313 aa  171  1e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3604  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.37 
 
 
321 aa  171  2e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13220  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  34.32 
 
 
308 aa  171  2e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.444748  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.55 
 
 
313 aa  171  2e-41  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00533013  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2408  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.34 
 
 
316 aa  171  2e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3654  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.22 
 
 
304 aa  170  3e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276261  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1510  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.94 
 
 
341 aa  169  4e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000209407  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.15 
 
 
312 aa  169  6e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1498  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.05 
 
 
308 aa  169  8e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.241637  normal  0.263961 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0262  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.39 
 
 
320 aa  168  1e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.663455  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.14 
 
 
304 aa  168  1e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.029766 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.72 
 
 
311 aa  167  2e-40  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3251  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  36.67 
 
 
312 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.177339  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.23 
 
 
313 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.348462  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18680  ABC transporter, inner membrane permease component  37.94 
 
 
318 aa  167  2.9999999999999998e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.158207  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.69 
 
 
312 aa  166  4e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.794004  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  36.18 
 
 
313 aa  166  4e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4779  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
319 aa  166  4e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000244558 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4337  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
319 aa  166  5e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.692549  normal  0.354058 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5642  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  36.05 
 
 
316 aa  166  5e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0251003  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0940  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.57 
 
 
338 aa  166  5e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0444198 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4028  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.92 
 
 
307 aa  166  5.9999999999999996e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.373349  normal  0.751724 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0146  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.74 
 
 
318 aa  166  6.9999999999999995e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.472408  normal  0.510417 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.85 
 
 
336 aa  166  8e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.144815  normal  0.108193 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3156  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.86 
 
 
314 aa  165  8e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4693  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.97 
 
 
324 aa  165  8e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0953  peptide ABC transporter, permease protein, putative  27.67 
 
 
333 aa  165  9e-40  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.353357  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.75 
 
 
313 aa  165  9e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.18227  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.08 
 
 
306 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4538  peptide ABC transporter, permease protein  34.92 
 
 
315 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4215  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.59 
 
 
315 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.96 
 
 
317 aa  165  1.0000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.650589  normal  0.092891 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1299  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.38 
 
 
307 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10735  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0538  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.9 
 
 
311 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.396259 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.2 
 
 
333 aa  165  1.0000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2083  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.64 
 
 
327 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2798  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.42 
 
 
341 aa  164  2.0000000000000002e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0673833  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2031  ABC transporter, permease protein  34.52 
 
 
313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.381274  normal  0.768388 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0296  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.02 
 
 
315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0425  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.64 
 
 
324 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.366309  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.23 
 
 
320 aa  164  2.0000000000000002e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000183272  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1382  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.53 
 
 
341 aa  164  2.0000000000000002e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.714161  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.95 
 
 
324 aa  163  3e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  31.58 
 
 
339 aa  164  3e-39  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.64 
 
 
327 aa  164  3e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.303852  normal  0.27124 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.81 
 
 
322 aa  163  4.0000000000000004e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.3137  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2794  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.11 
 
 
315 aa  163  4.0000000000000004e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.59 
 
 
306 aa  163  5.0000000000000005e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1092  peptide ABC transporter, permease protein, putative  33.75 
 
 
314 aa  162  6e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_3995  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.42 
 
 
325 aa  162  7e-39  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.39 
 
 
306 aa  162  9e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.740963 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5166  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.09 
 
 
311 aa  162  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.627946 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4119  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  33.24 
 
 
341 aa  160  2e-38  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>