More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4028 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_4028  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
307 aa  600  1e-170  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.373349  normal  0.751724 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5079  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.7 
 
 
305 aa  449  1e-125  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.310783  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5402  Nickel-transporting ATPase  60.2 
 
 
304 aa  372  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.997864  hitchhiker  0.00986644 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3986  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.39 
 
 
304 aa  374  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.18 
 
 
304 aa  368  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.440678 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1023  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.55 
 
 
309 aa  325  9e-88  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.51287  normal  0.365022 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1951  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.82 
 
 
305 aa  311  6.999999999999999e-84  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.238423  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0029  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.48 
 
 
309 aa  304  1.0000000000000001e-81  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0359534 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5399  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.67 
 
 
306 aa  280  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.539656  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.56 
 
 
305 aa  271  1e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5066  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.14 
 
 
306 aa  258  6e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.24 
 
 
306 aa  237  2e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.333133  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2789  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.1 
 
 
306 aa  228  1e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1187  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.53 
 
 
304 aa  226  5.0000000000000005e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.127096  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3451  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.31 
 
 
309 aa  224  1e-57  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13220  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  39.61 
 
 
308 aa  223  4e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.444748  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1251  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.73 
 
 
313 aa  216  2.9999999999999998e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0714175 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.6 
 
 
324 aa  216  4e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.63 
 
 
308 aa  216  5e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1798  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.74 
 
 
306 aa  215  7e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.340847  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.51 
 
 
312 aa  214  9.999999999999999e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0719  hypothetical protein  38.79 
 
 
316 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.870853 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2854  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.3 
 
 
308 aa  212  7e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.87491 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2856  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  37.3 
 
 
326 aa  212  7e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.247357 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.84 
 
 
308 aa  211  1e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311261  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  36.34 
 
 
336 aa  210  2e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  35.54 
 
 
333 aa  210  3e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1444  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.22 
 
 
323 aa  209  6e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  37.82 
 
 
313 aa  208  7e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
308 aa  207  2e-52  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.68 
 
 
326 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.443976  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.01 
 
 
335 aa  207  2e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.39 
 
 
311 aa  207  2e-52  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1299  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.79 
 
 
307 aa  206  4e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10735  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.73 
 
 
334 aa  206  5e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2575  peptide ABC transporter, permease protein  38.03 
 
 
305 aa  205  6e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2266  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.7 
 
 
305 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0437136  normal  0.510815 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2717  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.92 
 
 
307 aa  204  2e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00227736  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0139  dipeptide transporter permease DppB  35.5 
 
 
351 aa  204  2e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2185  ABC transporter, inner membrane subunit  38.03 
 
 
309 aa  203  3e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.97 
 
 
306 aa  203  3e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58440  ABC transporter permease  37.01 
 
 
336 aa  203  3e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.514083  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.95 
 
 
332 aa  202  5e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.16 
 
 
310 aa  202  5e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.122408 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3846  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.44 
 
 
307 aa  202  7e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.089816 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.39 
 
 
309 aa  202  7e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2408  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.64 
 
 
316 aa  201  9e-51  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4074  dipeptide transporter permease DppB  35.5 
 
 
339 aa  200  1.9999999999999998e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2054  peptide ABC transporter permease  36.23 
 
 
336 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0359637  normal  0.365039 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.22 
 
 
336 aa  200  1.9999999999999998e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.532586  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0089  dipeptide transporter permease DppB  35.5 
 
 
339 aa  200  1.9999999999999998e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.297234  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0185  dipeptide transporter permease DppB  35.21 
 
 
339 aa  200  3e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.446355  normal  0.432086 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3675  oligopeptide ABC transporter, permease  37.37 
 
 
316 aa  199  3e-50  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0490538 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3905  dipeptide transporter permease DppB  34.62 
 
 
339 aa  199  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3020  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.2 
 
 
305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000121257  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0330  nickel-transporting ATPase  35.74 
 
 
334 aa  199  5e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0802428 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0465  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.88 
 
 
309 aa  199  5e-50  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.000000243016  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3906  dipeptide transporter permease DppB  34.32 
 
 
339 aa  199  5e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0924  alkaline phosphatase  36.42 
 
 
336 aa  199  6e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4097  dipeptide transporter permease DppB  34.32 
 
 
339 aa  199  6e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.710265  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4562  dipeptide ABC transporter, permease protein  36.72 
 
 
336 aa  198  7e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.44 
 
 
321 aa  199  7e-50  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0881  alkaline phosphatase  36.42 
 
 
336 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4239  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.72 
 
 
336 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0349667  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0812  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.12 
 
 
336 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.153061  normal  0.318777 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.04 
 
 
334 aa  198  7.999999999999999e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.186843  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4297  alkaline phosphatase  36.42 
 
 
336 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.259448  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0920  alkaline phosphatase  36.42 
 
 
336 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.745476  normal  0.672413 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.03 
 
 
334 aa  198  7.999999999999999e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03394  dipeptide transporter  34.62 
 
 
339 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0169  Alkaline phosphatase  34.62 
 
 
339 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0045  dipeptide transporter permease DppB  34.91 
 
 
339 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3742  dipeptide transporter permease DppB  34.62 
 
 
339 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03345  hypothetical protein  34.62 
 
 
339 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0050  dipeptide transporter permease DppB  34.91 
 
 
339 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.969756  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3827  dipeptide transporter permease DppB  34.62 
 
 
339 aa  198  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0172  dipeptide transporter permease DppB  34.62 
 
 
339 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4009  dipeptide transporter permease DppB  34.62 
 
 
339 aa  198  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.01 
 
 
306 aa  198  1.0000000000000001e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3841  dipeptide transporter permease DppB  34.62 
 
 
339 aa  198  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3988  dipeptide transporter permease DppB  34.62 
 
 
339 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3949  dipeptide transporter permease DppB  34.62 
 
 
339 aa  198  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.788898  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3862  dipeptide transporter permease DppB  34.62 
 
 
339 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4035  dipeptide transporter permease DppB  34.62 
 
 
339 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4693  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 
324 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5358  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  36.54 
 
 
315 aa  197  2.0000000000000003e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4911  dipeptide transporter permease DppB  34.62 
 
 
381 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1620  peptide ABC transporter, permease protein  34.06 
 
 
321 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.911317 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2276  nickel transporter permease NikB  35.71 
 
 
314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.293593  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0759  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.88 
 
 
306 aa  196  3e-49  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000961636  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0470  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.26 
 
 
321 aa  196  3e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.166437  normal  0.409342 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0019  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.68 
 
 
325 aa  196  5.000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6467  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  33.66 
 
 
309 aa  196  6e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0019  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.68 
 
 
325 aa  195  9e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6293  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.76 
 
 
323 aa  194  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.740453  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5117  ABC transporter permease  36.12 
 
 
336 aa  194  1e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0066  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.44 
 
 
334 aa  195  1e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.46 
 
 
313 aa  195  1e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.348462  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.94 
 
 
334 aa  194  2e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  35.91 
 
 
336 aa  194  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.634321 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>