More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3222 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3222  ABC transporter, permease protein  100 
 
 		 316 aa  618  1e-176  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3089  nickel ABC transporter, permease protein  80.06 
 
 		 316 aa  489  1e-137  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.175953  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2959  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  78.8 
 
 		 316 aa  483  1e-135  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18680  ABC transporter, inner membrane permease component  78.48 
 
 		 318 aa  468  1.0000000000000001e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.158207  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.23 
 
 		 319 aa  350  2e-95  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34320  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  50.96 
 
 		 316 aa  304  1.0000000000000001e-81  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0646934 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0296  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.37 
 
 		 315 aa  281  1e-74  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0940  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.42 
 
 		 338 aa  279  4e-74  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0444198 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.99 
 
 		 319 aa  265  5e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0470  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.15 
 
 		 321 aa  261  1e-68  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.166437  normal  0.409342 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4175  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.76 
 
 		 314 aa  252  6e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4828  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.23 
 
 		 328 aa  250  2e-65  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00770957  normal  0.0433123 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4457  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.79 
 
 		 314 aa  248  7e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0030  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.6 
 
 		 311 aa  238  1e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0364256  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3156  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.96 
 
 		 314 aa  233  3e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7174  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  45.16 
 
 		 314 aa  230  3e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.281542  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.52 
 
 		 312 aa  217  2e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1056  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.37 
 
 		 315 aa  213  4.9999999999999996e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.586464 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4853  putative ABC transporter (permease protein)  42.49 
 
 		 314 aa  211  1e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.370011 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.13 
 
 		 316 aa  209  4e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.112233  normal  0.156031 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.27 
 
 		 332 aa  209  4e-53  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.191743 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6170  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.78 
 
 		 336 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.353707  normal  0.0409254 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1267  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.78 
 
 		 336 aa  208  1e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.78 
 
 		 336 aa  208  1e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7203  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  39.42 
 
 		 348 aa  207  3e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0566155  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.63 
 
 		 329 aa  206  4e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0558965  normal  0.0907281 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05560  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  44.3 
 
 		 337 aa  206  5e-52  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0332044  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.3 
 
 		 306 aa  205  7e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0506  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.48 
 
 		 319 aa  205  8e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3276  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.03 
 
 		 306 aa  202  5e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.819891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.71 
 
 		 306 aa  202  7e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3257  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  38.71 
 
 		 306 aa  202  8e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.34 
 
 		 308 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.44 
 
 		 313 aa  201  9.999999999999999e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2748  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.48 
 
 		 318 aa  201  9.999999999999999e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.589805  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.22 
 
 		 309 aa  199  7e-50  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.48 
 
 		 319 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.923467  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0644  oligopeptide ABC transporter, permease protein  36.19 
 
 		 314 aa  195  9e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.87 
 
 		 345 aa  195  1e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.46 
 
 		 322 aa  194  2e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.3137  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.61 
 
 		 317 aa  194  2e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000398499 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.03 
 
 		 313 aa  193  3e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4817  nickel transporter permease NikB  38.51 
 
 		 314 aa  192  4e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5290  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  37.06 
 
 		 307 aa  192  8e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.728282  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03326  nickel transporter subunit  38.51 
 
 		 314 aa  192  9e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0238  nickel ABC transporter, permease subunit NikB  38.51 
 
 		 314 aa  192  9e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3676  nickel transporter permease NikB  38.51 
 
 		 314 aa  192  9e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0239  nickel transporter permease NikB  38.51 
 
 		 314 aa  192  9e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03279  hypothetical protein  38.51 
 
 		 314 aa  192  9e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3844  nickel transporter permease NikB  38.51 
 
 		 314 aa  192  9e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3959  nickel transporter permease NikB  38.51 
 
 		 314 aa  192  9e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  35.59 
 
 		 336 aa  191  1e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3761  nickel transporter permease NikB  38.51 
 
 		 314 aa  191  1e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 		 313 aa  191  1e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.380096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.66 
 
 		 313 aa  190  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.932563 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.57 
 
 		 311 aa  191  2e-47  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.57 
 
 		 308 aa  189  4e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311261  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.68 
 
 		 313 aa  189  7e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3846  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.86 
 
 		 307 aa  189  8e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.089816 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2383  dipeptide ABC transporter  41.04 
 
 		 323 aa  188  8e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1600  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  40.79 
 
 		 313 aa  188  9e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1224  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.66 
 
 		 313 aa  188  9e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  35 
 
 		 336 aa  188  1e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  35.09 
 
 		 339 aa  188  1e-46  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3480  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.59 
 
 		 321 aa  188  1e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  35.88 
 
 		 336 aa  188  1e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.68 
 
 		 313 aa  188  1e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0183  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  35.29 
 
 		 336 aa  188  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0803  nickel transporter permease NikB  36.31 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.226349  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0262  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.17 
 
 		 320 aa  187  2e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.663455  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35 
 
 		 336 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35 
 
 		 336 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.62 
 
 		 313 aa  187  2e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.459958  normal  0.0393248 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1299  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.23 
 
 		 307 aa  187  3e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10735  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.3 
 
 		 313 aa  187  3e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4833  putative ABC transporter (permease protein)  38.08 
 
 		 333 aa  187  3e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.428785 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13220  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  36.77 
 
 		 308 aa  186  4e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.444748  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.42 
 
 		 310 aa  186  4e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.122408 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1187  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.55 
 
 		 304 aa  186  4e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.127096  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3063  alkaline phosphatase  35 
 
 		 336 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.273839 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.83 
 
 		 306 aa  186  4e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.333133  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.09 
 
 		 316 aa  186  5e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  35 
 
 		 336 aa  185  8e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0270  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.19 
 
 		 321 aa  185  8e-46  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.350596  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.59 
 
 		 334 aa  185  9e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.87 
 
 		 334 aa  185  9e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0753  nickel transporter permease NikB  35.99 
 
 		 314 aa  185  9e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.12 
 
 		 318 aa  185  9e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.823001  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35 
 
 		 336 aa  185  9e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  35 
 
 		 336 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7327  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  36.22 
 
 		 306 aa  184  1.0000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5642  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  38.73 
 
 		 316 aa  184  1.0000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0251003  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1040  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.46 
 
 		 325 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.314534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.13 
 
 		 324 aa  184  2.0000000000000003e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.54 
 
 		 325 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.15877 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.74 
 
 		 316 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.143195 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.98 
 
 		 306 aa  183  3e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2917  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.72 
 
 		 325 aa  183  3e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0648374  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.92 
 
 		 314 aa  183  3e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4291  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.22 
 
 		 338 aa  183  3e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>